Alrededor de 1989, Atari empezaría a trabajar en una nueva consola, que aprovechaba la tecnología de la familia de computadoras Atari ST. Aunque originalmente se denominó Super XE, siguiendo el nombre del XE Game System, finalmente se convirtió en la Panther, con una arquitectura de 16 o 32 bits. También se comenzó a trabajar en un sistema más avanzado, cuyo nombre en clave era Jaguar.

Ambas fueron desarrolladas por Flare Technology, una compañía formada por Martin Brennan y John Mathieson. Impresionados por el trabajo hecho en la Konix Multisystem, Atari los convenció de que dejaran su compañía y formaran una nueva llamada Flare II, con Atari pagando su fundación.

Al ver como el trabajo con el diseño de la Jaguar iba más rápido que con la Panther, Atari decidió en 1991, cancelar el desarrollo de este último para enfocarse más en la Jaguar. Así mismo, Atari cesó el soporte a la familia de computadoras de 8-bits para dicho propósito. La consola no sería presentado al público hasta agosto de 1993, durante una feria en Chicago.

La consola fue lanzada el 23 de noviembre de 1993. Tras su lanzamiento, tuvo dificultades para conseguir una base de usuarios significativa. Atari informó de que había vendido 17 000 unidades como parte de una prueba de mercado realizado ese año. A finales de 1994, reportó que había vendido aproximadamente 100 000 unidades.

Computer Gaming World escribió en enero de 1994 que la Jaguar era "una gran máquina en busca de desarrolladores y clientes", ya que Atari tenía que "superar el estigma de su nombre (falta de marketing y atención al cliente, así como malas relaciones con los desarrolladores en el pasado)". Atari se había "aventurado tarde en el soporte de software de terceros" para la Jaguar, pero la "campaña publicitaria de 18 meses" de la consola competidora 3DO dio como resultado "una avalancha de soporte de software".

Durante su vida útil, el sistema tuvo cincuenta juegos. Aunque la consola tuvo juegos destacables como Alien vs. Predator, Tempest 2000, Wolfenstein 3D o Doom, estos no fueron suficientes, dado que sus competidores tenían un flujo continuo de software aclamado por la crítica. Así mismo, juegos como Trevor McFur in the Crescent Galaxy, Raiden y Evolution: Dino Dudes, recibieron críticas pobres, y en el caso de las dos últimas, los críticos indicaron que ambos juegos fallaban en aprovechar el potencial del hardware de la consola. Cybermorph, incluido en el paquete, fue uno de los primeros juegos basados en polígonos para consolas, pero fue criticado por sus defectos de diseño y su paleta de colores poco llamativa, y se comparó desfavorablemente con Star Fox.

A inicios de 1995, Atari anunció una rebaja en el precio de la consola, para que sea más competitivo. Así mismo, Atari produjo infomerciales con vendedores entusiastas promocionando la consola durante la mayor parte del año, pero no logró vender las existencias restantes.

En su reporte anual, Atari informó que las ventas de la consola estaban por debajo de lo previsto, y los resultados tanto administrativos como financieros de la empresa estaban afectados, debido a que la empresa continuaba invirtiendo fuertemente en el desarrollo de juegos para la consola, además de atribuir el pésimo desempeño de la consola a dos factores, siendo una de ellas la aparición de productos por parte de Sega y Sony en 1995.

En su presentación 10-K405 ante la SEC, presentada el 12 de abril de 1996, Atari informó a los accionistas que sus ingresos se habían reducido a más de la mitad, además, informó que entre finales de 1993 y finales de 1995, su consola había vendido aproximadamente 125 000 unidades, y que para el 31 de diciembre de ese año, Atari tenía en su inventario aproximadamente 100 000 unidades. Así mismo, Atari declaró que había abandonado la consola en noviembre de 1995, y en los meses siguientes se dedicó principalmente a liquidar su inventario de productos Jaguar.

Tras la fusión entre Atari y JTS, para la formación de JTS Corporation, el inventario restante de la Jaguar quedó sin vender. Finalmente, fue movido a Tiger Software, un liquidador privado, el 23 de diciembre de 1996.

Antes del lanzamiento de la consola en noviembre de 1993, Atari anunció una variedad de periféricos que serían lanzados durante su vida útil. Sin embargo, debido a las pésimas ventas del sistema y que dicho sistema pasó a ser un fracaso comercial, muchos periféricos en desarrollo fueron cancelados.

Es un periférico de CD-ROM para videojuegos. Se lanzó al mercado en septiembre de 1995, dos años después del lanzamiento de la Jaguar. Once juegos fueron lanzados para el sistema.

Memory Track es un accesorio en forma de cartucho para dicho periférico que proporciona a los juegos de Jaguar CD una memoria EEPROM de 128 K para el almacenamiento permanente de datos, como preferencias y partidas guardadas.

Atari presentaría en la Consumer Electronics Show de Invierno de 1995, unas gafas de realidad virtual compatibles con la consola, cuyo nombre provisional era Jaguar VR.^[4]​ Este periférico fue desarrollado como respuesta a la Virtual Boy, consola de Nintendo, que había sido anunciado el año anterior. El periférico se planeaba ser lanzado para la Navidad de 1995, sin embargo, Atari abandonó el acuerdo que tenía con Virtuality en octubre.

Tras la fusión entre Atari y JTS en 1996, todos los prototipos del periférico fueron supuestamente destruidos. Sin embargo, dos prototipos funcionales, uno de baja resolución con gráficos en rojo y gris y otro de alta resolución con gráficos en azul y gris, se exhiben regularmente en convenciones y festivales dedicados a los videojuegos retro.^[5]​^[6]​

En 1997, Imagin Systems, un fabricante de equipos de imágenes dentales, compró los moldes de cartuchos y consolas Jaguar, incluidos los moldes para el complemento de CD, de JTS.^[7]​ Con una modificación menor, se adaptaron a su HotRod camera,^[8]​ y los moldes de cartuchos se reutilizaron para crear una tarjeta de expansión de memoria opcional.^[9]​ En una retrospectiva, el fundador de Imagin, Steve Mortenson, elogió el diseño, pero admitió que su dispositivo llegó en el momento de la transición de la industria dental a USB y, aparte de algunos prototipos, los moldes no se utilizaron.^[10]​

En diciembre de 2014, Mike Kennedy, propietario de la revista Retro Videogame Magazine financiada por Kickstarter compró los moldes a Imagin Systems para proponer una nueva consola de videojuegos financiada colectivamente, la Retro VGS,^[11]​ que luego se rebautizó como Coleco. Chameleon^[12]​con un acuerdo de licencia con Coleco. La compra de los moldes fue mucho más barata que diseñar y fabricar moldes completamente nuevos, y Kennedy describió su adquisición como "la razón principal por la que [la Retro VGS] es posible".^[13]​Sin embargo, el proyecto se canceló en marzo de 2016 tras las críticas a Kennedy^[14]​y las dudas sobre la demanda de la consola propuesta. Se descubrió que dos "prototipos" eran falsos y Coleco se retiró del proyecto.^[15]​Después de la finalización del proyecto, los moldes se vendieron a Albert Yarusso, el fundador del sitio web AtariAge.^[16]​

• Anexo:Videojuegos para Atari Jaguar
• Videoconsolas de quinta generación

• Atari Times, Jaguar Archivado el 3 de noviembre de 2019 en Wayback Machine.
• AtariAge - Have You Played Atari Today?
• Open Directory - Games: Video Games: Console Platforms: Atari: Jaguar 64
• JagWire