Ecuador tiene un total de 30 especies de tortuga que se agrupan en 9 familias. Entre ellas, 5 especies marinas, casi todas en peligro de extinción. Se incluye también 2 especies extintas, y 1 especie extinta en estado silvestre.

Orden: Testudines · Familia: Cheloniidae

Las tortugas marinas (Cheloniidae) son una familia de grandes tortugas que se encuentran en todos los mares tropicales y algunos mares subtropicales y templados. Las tortugas marinas se desarrollaron a partir de las tortugas de tierra hace unos 120 millones de años y están bien adaptadas a la vida en el mar. Se alimentan principalmente de medusas, crustáceos y calamares. Existen 5 o 6 especies en el mundo, de las cuales al menos 5 están actualmente en peligro de extinción.

• Caretta caretta (Linnaeus, 1758) EN
• Chelonia mydas (Linnaeus, 1758) EN
• Eretmochelys imbricata (Linnaeus, 1766) CR

Orden: Testudines · Familia: Dermochelyidae

La tortuga laúd (Dermochelys coriacea) es la mayor de todas las tortugas existentes y puede alcanzar una longitud de 2 metros y un peso de más de 600 kg. Se encuentra en todos los mares tropicales o subtropicales. A diferencia de la mayoría de las tortugas marinas, las tortugas laúd a menudo se encuentran en las aguas más frías de las zonas templadas. Es la única especie existente de la familia Dermochelyidae y se considera en peligro crítico de extinción. Todas las demás especies de esta familia sólo se conocen como fósiles.

• Dermochelys coriacea (Vandelli, 1761) CR

Orden: Testudines · Familia: Chelidae

• Chelus fimbriatus (Schneider, 1783)
• Mesoclemmys gibba (Schweigger, 1812)
• Mesoclemmys heliostemma (McCord, Joseph-Ouni & Lamar, 2001)
• Mesoclemmys raniceps (Gray, 1855)
• Phrynops geoffroanus (Schweigger, 1812)
• Phrynops tuberosus (Peters, 1870)
• Platemys platycephala (Schneider, 1792)

Orden: Testudines · Familia: Chelidae

• Chelydra acutirostris Peters, 1862

Orden: Testudines · Familia: Emydidae

Los emídidos (Emydidae) son una familia de tortugas acuáticas y semiacuáticas carnívoras. Viven la mayor parte del tiempo en estanques, embalses y ríos, yendo a la tierra cuando tienen que encontrar lugares adecuados para la puesta. Esta familia está conformada de 10 géneros que contienen más de 50 especies. Dos de ellas ocurren en Ecuador.

• Trachemys scripta (Thunberg in Schoepff, 1792)

Orden: Testudines · Familia: Geoemydidae

• Rhinoclemmys annulata (Gray, 1860)
• Rhinoclemmys melanosterna (Gray, 1861)
• Rhinoclemmys nasuta (Boulenger, 1902)

Orden: Testudines · Familia: Kinosternidae

Los quinostérnidos (Kinosternidae), o tortugas de pantano, son una familia de tortugas propias de América. En su mayoría son tortugas pequeñas que habitan los cuerpos de agua dulce con fondos blandos y fangosos con una abundancia de vegetación. Todos los miembros de la familia son carnívoros y se alimentan de crustáceos, insectos acuáticos, moluscos, anélidos, anfibios, peces pequeños y a veces carroña. La familia Kinosternidae tiene un total de 4 géneros y 25 especies. Una especie ocurre en Ecuador.

• Cryptochelys leucostomum (Duméril, Bibron & Duméril, 1851)
• Kinosternon scorpioides (Linnaeus, 1766)

Orden: Testudines · Familia: Podocnemididae

• Peltocephalus dumerilianus (Schweigger, 1812) VU
• Podocnemis expansa (Schweigger, 1812)
• Podocnemis unifilis Troschel, 1848 VU

Orden: Testudines · Familia: Testudinidae

• Chelonoidis abingdonii (Günther, 1877) EX
• Chelonoidis chathamensis (van Denburgh, 1907) VU
• Chelonoidis denticulatus (Linnaeus, 1766) VU
• Chelonoidis duncanensis (Garman, 1966) EW
• Chelonoidis hoodensis (van Denburgh, 1907) CR
• Chelonoidis niger (Quoy & Gaimard, 1824) EX
• Chelonoidis phantastica (van Denburgh, 1907) CR
• Chelonoidis porteri (Rothschild, 1903) EN
• Chelonoidis vicina (Günther, 1874) VU

Orden: Crocodylia · Familia: Alligatoridae

Los aligatóridos (Alligatoridae) son una familia de saurópsidos (reptiles) crocodilianos propios de América (con excepción de una especie), conocidos vulgarmente como aligatores, caimanes y yacarés. Incluye los géneros existentes Alligator, Caiman, Melanosuchus y Paleosuchus, así como numerosos géneros extintos. De las 7 especies que habitan América, 4 ocurren en Ecuador.

• Caiman crocodilus (Linnaeus, 1758)
• Paleosuchus palpebrosus (Cuvier, 1807)
• Paleosuchus trigonatus (Schneider, 1801)
• Melanosuchus niger (Spix, 1825)

Orden: Crocodylia · Familia: Crocodylidae

Los crocodílidos (Crocodylidae) son una familia de saurópsidos (reptiles) arcosaurios comúnmente conocidos como cocodrilos. Esta familia incluye 14 especies de grandes reptiles semiacuáticos que habitan las zonas tropicales del mundo. Los cocodrilos tienden a congregar en hábitats de agua dulce, como ríos, lagos, humedales y a veces en agua salobre. Son cazadores de emboscada que suelen esperar que sus presas, generalmente peces o animales de tierra, se acercan, para lanzarse sobre ellas. Se alimentan principalmente de vertebrados como peces, reptiles y mamíferos, y a veces invertebrados como moluscos y crustáceos, dependiendo de la especie. Como depredadores de sangre fría, tienen un metabolismo lento y por lo tanto pueden sobrevivir largos períodos sin alimentos. Pese a su apariencia lenta, los cocodrilos son muy rápidos en distancias cortas, incluso fuera del agua.

• Crocodylus acutus (Cuvier, 1807) VU

Ecuador tiene 177 especies de lagartos, que se agrupan en 15 familias.

Orden: Squamata · Familia: Amphisbaenidae

• Amphisbaena alba LINNAEUS, 1758
• Amphisbaena bassleri VANZOLINI, 1951
• Amphisbaena varia LAURENTI, 1768

Orden: Squamata · Familia: Corytophanidae

• Basiliscus basiliscus (LINNAEUS, 1758)
• Basiliscus galeritus DUMÉRIL, 1851

Orden: Squamata · Familia: Dactyloidae

• Anolis aequatorialis WERNER, 1894
• Anolis auratus DAUDIN, 1802
• Anolis binotatus PETERS, 1863
• Anolis biporcatus (WIEGMANN, 1834)
• Anolis bitectus COPE, 1864
• Anolis chloris BOULENGER, 1898
• Anolis eulaemus BOULENGER, 1908
• Anolis fasciatus BOULENGER, 1885
• Anolis festae PERACCA, 1904
• Anolis fitchi WILLIAMS & DUELLMAN, 1984
• Anolis fraseri GÜNTHER, 1859
• Anolis fuscoauratus D’ORBIGNY, 1837
• Anolis gemmosus O’SHAUGHNESSY, 1875
• Anolis gracilipes BOULENGER, 1898
• Anolis granuliceps BOULENGER, 1898
• Anolis latifrons BERTHOLD, 1846
• Anolis lemniscatus BOULENGER, 1898
• Anolis lynchi MIYATA, 1985
• Anolis lyra POE, VELASCO, MIYATA & WILLIAMS, 2009
• Anolis maculiventris BOULENGER, 1898
• Anolis nigrolineatus WILLIAMS, 1965
• Anolis orcesi (LAZELL, 1969)
• Anolis ortonii COPE, 1868
• Anolis otongae AYALA-VARELA & VELASCO, 2010
• Anolis parilis WILLIAMS, 1975
• Anolis peraccae BOULENGER, 1898
• Anolis podocarpus AYALA-VARELA & TORRES-CARVAJAL, 2010
• Anolis princeps BOULENGER, 1902
• Anolis proboscis PETERS & ORCES, 1956
• Anolis punctatus DAUDIN, 1802
• Anolis scypheus COPE, 1864
• Anolis soinii POE & YAÑEZ-MIRANDA, 2008
• Anolis trachyderma COPE, 1876
• Anolis transversalis DUMÉRIL, 1851
• Anolis tropidogaster HALLOWELL, 1856
• Anolis vanzolinii (WILLIAMS, ORCES, MATHEUS & BLEIWEISS, 1996)

Orden: Squamata · Familia: Diploglossidae

• Diploglossus monotropis (KUHL, 1820)

Orden: Squamata · Familia: Gekkonidae

• Hemidactylus frenatus SCHLEGEL, 1836
• Hemidactylus mabouia (MOREAU DE JONNÈS, 1818)
• Lepidodactylus lugubris (DUMÉRIL & BIBRON, 1836)

Orden: Squamata · Familia: Gymnophthalmidae

• Alopoglossus angulatus (LINNAEUS, 1758)
• Alopoglossus atriventris DUELLMAN, 1973
• Alopoglossus buckleyi (O’SHAUGHNESSY, 1881)
• Alopoglossus copii BOULENGER, 1885
• Alopoglossus festae PERACCA, 1904
• Anadia ocellata GRAY, 1845
• Anadia petersi OFTEDAL, 1974
• Anadia rhombifera (GÜNTHER, 1859)
• Arthrosaura reticulata (O’SHAUGHNESSY, 1881)
• Arthrosaura versteegii LIDTH DE JEUDE, 1904
• Bachia trisanale (COPE, 1868)
• Cercosaura argulus PETERS, 1863
• Cercosaura dicra (UZZELL, 1973)
• Cercosaura manicata O’SHAUGHNESSY, 1881
• Cercosaura vertebralis O’SHAUGHNESSY, 1879
• Echinosaura brachycephala KÖHLER, BÖHME & SCHMITZ, 2004
• Echinosaura horrida BOULENGER, 1890
• Echinosaura orcesi FRITTS, ALMENDÁRIZ & SAMEC, 2002
• Euspondylus guentheri (O’SHAUGHNESSY, 1881)
• Euspondylus maculatus TSCHUDI, 1845
• Iphisa elegans GRAY, 1851
• Leposoma parietale (COPE, 1885)
• Macropholidus annectens (PARKER, 1930)
• Pholidobolus affinis (PETERS, 1863)
• Pholidobolus macbrydei MONTANUCCI, 1973
• Pholidobolus montium (PETERS, 1863)
• Pholidobolus prefrontalis MONTANUCCI, 1973
• Potamites cochranae (BURT & BURT, 1931)
• Potamites ecpleopus (COPE, 1876)
• Potamites flavogularis ALTAMIRANO-BENAVIDES, ZAHER, LOBO, GRAZZIOTIN, SALES NUNES & RODRIGUES, 2013
• Potamites strangulatus (COPE, 1868)
• Ptychoglossus bilineatus BOULENGER, 1890
• Ptychoglossus brevifrontalis BOULENGER, 1912
• Ptychoglossus gorgonae HARRIS, 1994
• Riama anatoloros (KIZIRIAN, 1996)
• Riama aurea SÁNCHEZ-PARECO, AGUIRRE-PENAFIEL & TORRES-CARVAJAL, 2012
• Riama balneator (KIZIRIAN, 1996)
• Riama cashcaensis (KIZIRIAN & COLOMA, 1991)
• Riama colomaromani (KIZIRIAN, 1996)
• Riama columbiana (ANDERSSON, 1914)
• Riama crypta SÁNCHEZ-PACHECO, KIZIRIAN & SALES NUNES, 2011
• Riama hyposticta (BOULENGER, 1902)
• Riama kiziriani SÁNCHEZ-PARECO, AGUIRRE-PENAFIEL & TORRES-CARVAJAL, 2012
• Riama labionis (KIZIRIAN, 1996)
• Riama meleagris (BOULENGER, 1885)
• Riama oculata (O'SHAUGHNESSY, 1879)
• Riama orcesi (KIZIRIAN, 1995)
• Riama petrorum (KIZIRIAN, 1996)
• Riama raneyi (KIZIRIAN, 1996)
• Riama simotera (O’SHAUGHNESSY, 1879)
• Riama stigmatoral (KIZIRIAN, 1996)
• Riama unicolor GRAY, 1858
• Riama vespertina (KIZIRIAN, 1996)
• Riama vieta (KIZIRIAN, 1996)
• Teuchocercus keyi FRITTS & SMITH, 1969

Orden: Squamata · Familia: Hoplocercidae

• Enyalioides cofanorum DUELLMAN, 1973
• Enyalioides heterolepis (BOCOURT, 1874)
• Enyalioides laticeps (GUICHENOT, 1855)
• Enyalioides microlepis (O’SHAUGHNESSY, 1881)
• Enyalioides oshaughnessyi (BOULENGER, 1881)
• Enyalioides praestabilis (O’SHAUGHNESSY, 1881)
• Enyalioides rubrigularis TORRES-CARVAJAL, DE QUEIROZ & ETHERIDGE, 2009
• Enyalioides touzeti TORRES-CARVAJAL, ALMENDÁRIZ, VALENCIA, YÚNEZ-MUÑOS & REYES, 2008
• Morunasaurus annularis (O’SHAUGHNESSY, 1881)

Orden: Squamata · Familia: Iguanidae

• Amblyrhynchus cristatus BELL, 1825 VU

Orden: Squamata · Familia: Leiosauridae

• Enyalius pictus (WIED-NEUWIED, 1825)

Orden: Squamata · Familia: Phyllodactylidae

• Phyllodactylus galapagensis PETERS, 1869
• Phyllodactylus kofordi DIXON & HUEY, 1970
• Phyllodactylus leoni TORRES-CARVAJAL, CARVAJAL-CAMPOS BARNES, NICHOLLS & POZO-ANDRADE, 2013
• Phyllodactylus pumilus DIXON & HUEY, 1970
• Phyllodactylus reissii PETERS, 1862
• Thecadactylus solimoensis BERGMANN & RUSSELL, 2007

Orden: Squamata · Familia: Polychrotidae

• Polychrus femoralis WERNER, 1910
• Polychrus gutturosus BERTHOLD, 1846
• Polychrus marmoratus (LINNAEUS, 1758)
• Polychrus peruvianus (NOBLE, 1924)

Orden: Squamata · Familia: Scincidae

• Copeoglossum nigropunctatum (SPIX, 1825)
• Varzea altamazonica (MIRALLES, BARRIO-AMOROS, RIVAS, CHAPARRO-AUZA, 2006)

Orden: Squamata · Familia: Sphaerodactylidae

• Gonatodes caudiscutatus (GÜNTHER, 1859)
• Gonatodes concinnatus (O’SHAUGHNESSY, 1881)
• Gonatodes humeralis (GUICHENOT, 1855)
• Lepidoblepharis buchwaldi WERNER, 1910
• Lepidoblepharis conolepis AVILA-PIRES, 2001
• Lepidoblepharis festae (PERACCA, 1897)
• Lepidoblepharis grandis MIYATA, 1985
• Lepidoblepharis intermedius BOULENGER, 1914
• Lepidoblepharis oxycephalus (WERNER, 1894)
• Lepidoblepharis ruthveni PARKER, 1926
• Pseudogonatodes guianensis PARKER, 1935
• Sphaerodactylus scapularis BOULENGER, 1902

Orden: Squamata · Familia: Teiidae

• Ameiva ameiva (LINNAEUS, 1758)
• Callopistes flavipunctatus (DUMÉRIL & BIBRON, 1839)
• Dicrodon guttulatum DUMÉRIL & BIBRON, 1839
• Dracaena guianensis DAUDIN, 1802
• Holcosus bridgesii (COPE, 1869)
• Holcosus orcesi (PETERS, 1964)
• Holcosus septemlineatus (DUMÉRIL, 1851)
• Kentropyx altamazonica (COPE, 1876)
• Kentropyx pelviceps (COPE, 1868)
• Medopheos edracanthus (BOCOURT, 1874)
• Tupinambis teguixin (LINNAEUS, 1758)

Orden: Squamata · Familia: Tropiduridae

• Microlophus albemarlensis (BAUR, 1890)
• Microlophus bivittatus (PETERS, 1871)
• Microlophus delanonis (BAUR, 1890)
• Microlophus duncanensis (BAUR, 1890)
• Microlophus grayii (BELL, 1843)
• Microlophus habelii (STEINDACHNER, 1876)
• Microlophus occipitalis (PETERS, 1871)
• Microlophus pacificus (STEINDACHNER, 1876)
• Microlophus peruvianus (LESSON, 1830)
• Plica umbra (LINNAEUS, 1758)
• Stenocercus aculeatus (O’SHAUGHNESSY, 1879)
• Stenocercus angel TORRES-CARVAJAL, 2000
• Stenocercus angulifer (WERNER, 1901)
• Stenocercus cadlei TORRES-CARVAJAL & MAFLA-ENDARA, 2013
• Stenocercus carrioni PARKER, 1934
• Stenocercus chota TORRES-CARVAJAL, 2000
• Stenocercus festae (PERACCA, 1897)
• Stenocercus guentheri (BOULENGER, 1885)
• Stenocercus haenschi (WERNER, 1901)
• Stenocercus humeralis (GÜNTHER, 1859)
• Stenocercus iridescens (GÜNTHER, 1859)
• Stenocercus limitaris CADLE, 1998
• Stenocercus ornatus (GRAY, 1845)
• Stenocercus puyango TORRES-CARVAJAL, 2005
• Stenocercus rhodomelas (BOULENGER, 1899)
• Stenocercus simonsii BOULENGER, 1899
• Stenocercus varius BOULENGER, 1885
• Uracentron flaviceps (GUICHENOT, 1855)

Ecuador tiene 216 especies de serpientes, agrupadas en 9 familias.^[2]​ La mayoría de las serpientes pertenece a las familias de los dipsádidos (Dipsadidae) con 111 especies y los colúbridos (Colubridae) con 48 especies, seguido por los elápidos (Elapidae) (23 especies) y los vipéridos (Viperidae) (18 especies).

Orden: Squamata · Familia: Aniliidae

• Anilius scytale (LINNAEUS, 1758)

Orden: Squamata · Familia: Anomalepididae

• Anomalepis flavapices PETERS, 1957
• Liotyphlops albirostris (PETERS, 1857)

Orden: Squamata · Familia: Boidae

• Boa constrictor LINNAEUS, 1758
• Corallus batesi (GRAY, 1860)
• Corallus blombergi (RENDAHL & VESTERGREN, 1941)
• Corallus hortulanus (LINNAEUS, 1758)
• Epicrates cenchria (LINNAEUS, 1758)
• Eunectes murinus (LINNAEUS, 1758)

Orden: Squamata · Familia: Colubridae

• Chironius carinatus (LINNAEUS, 1758)
• Chironius exoletus (LINNAEUS, 1758)
• Chironius fuscus (LINNAEUS, 1758)
• Chironius grandisquamis (PETERS, 1869)
• Chironius monticola ROZE, 1952
• Chironius multiventris SCHMIDT & WALKER, 1943
• Chironius scurrulus (WAGLER, 1824)
• Dendrophidion bivittatus (DUMÉRIL, BIBRON & DUMÉRIL, 1854)
• Dendrophidion brunneum (GÜNTHER, 1858)
• Dendrophidion clarkii DUNN, 1933
• Dendrophidion dendrophis (SCHLEGEL, 1837)
• Dendrophidion graciliverpa CADLE, 2012
• Dendrophidion prolixum CADLE, 2012
• Drymarchon corais (BOIE, 1827)
• Drymarchon melanurus (DUMÉRIL, BIBRON & DUMÉRIL, 1854)
• Drymobius rhombifer (GÜNTHER, 1860)
• Drymoluber dichrous (PETERS, 1863)
• Lampropeltis triangulum (LACÉPÈDE, 1789)
• Leptophis ahaetulla (LINNAEUS, 1758)
• Leptophis cupreus (COPE, 1868)
• Leptophis depressirostris (COPE, 1861)
• Leptophis riveti DESPAX, 1910
• Mastigodryas boddaerti (SENTZEN, 1796)
• Mastigodryas danieli AMARAL, 1935
• Mastigodryas heathii (COPE, 1876)
• Mastigodryas melanolomus (COPE, 1868)
• Mastigodryas pulchriceps (COPE, 1868)
• Mastigodryas reticulatus (PETERS, 1863)
• Oxybelis aeneus (WAGLER, 1824)
• Oxybelis brevirostris (COPE, 1861)
• Oxybelis fulgidus (DAUDIN, 1803)
• Pliocercus euryzonus COPE, 1862
• Pseustes poecilonotus (GÜNTHER, 1858)
• Pseustes shropshirei (BARBOUR & AMARAL, 1924)
• Rhinobothryum bovallii (ANDERSSON, 1916)
• Rhinobothryum lentiginosum (SCOPOLI, 1785)
• Spilotes pullatus (LINNAEUS, 1758)
• Spilotes sulphureus (WAGLER, 1824)
• Stenorrhina degenhardtii (BERTHOLD, 1846)
• Tantilla andinista WILSON & MENA, 1980
• Tantilla capistrata COPE, 1876
• Tantilla fraseri (GÜNTHER, 1895)
• Tantilla insulamontana WILSON & MENA, 1980
• Tantilla longifrontalis (BOULENGER, 1896)
• Tantilla melanocephala (LINNAEUS, 1758)
• Tantilla miyatai WILSON & KNIGHT, 1987
• Tantilla petersi WILSON, 1979
• Tantilla supracincta (PETERS, 1863)

Orden: Squamata · Familia: Dipsadidae

• Atractus badius (BOIE, 1827)
• Atractus bocourti BOULENGER, 1894
• Atractus carrioni PARKER, 1930
• Atractus collaris PERACCA, 1897
• Atractus duboisi (BOULENGER, 1880)
• Atractus dunni SAVAGE, 1955
• Atractus ecuadorensis SAVAGE, 1955
• Atractus elaps (GÜNTHER, 1858)
• Atractus gaigeae SAVAGE, 1955
• Atractus gigas MYERS & SCHARGEL, 2006
• Atractus lehmanni BOETTGER, 1898
• Atractus major BOULENGER, 1894
• Atractus microrhynchus (COPE, 1868)
• Atractus modestus BOULENGER, 1894
• Atractus multicinctus (JAN, 1865)
• Atractus occidentalis SAVAGE, 1955
• Atractus occipitoalbus (JAN, 1862)
• Atractus orcesi SAVAGE, 1955
• Atractus paucidens DESPAX, 1910
• Atractus resplendens WERNER, 1901
• Atractus roulei DESPAX, 1910
• Atractus snethlageae DA CUNHA & DO NASCIMENTO , 1983
• Atractus touzeti SCHARGEL, LAMAR, PASSOS, VALENCIA, CISNEROS-HEREDA & CAMPBELL, 2013
• Clelia clelia (DAUDIN, 1803)
• Clelia equatoriana (AMARAL, 1924)
• Coniophanes dromiciformis (PETERS, 1863)
• Coniophanes fissidens (GÜNTHER, 1858)
• Conolophus marthae GENTILE & SNELL, 2009
• Conolophus pallidus HELLER, 1903
• Conolophus subcristatus (GRAY, 1831)
• Diaphorolepis wagneri JAN, 1863
• Dipsas andiana (BOULENGER, 1896)
• Dipsas catesbyi (SENTZEN, 1796)
• Dipsas elegans (BOULENGER, 1896)
• Dipsas ellipsifera (BOULENGER, 1898)
• Dipsas gracilis (BOULENGER, 1902)
• Dipsas indica LAURENTI, 1768
• Dipsas oreas (COPE, 1868)
• Dipsas pavonina SCHLEGEL, 1837
• Dipsas peruana (BOETTGER, 1898)
• Dipsas temporalis (WERNER, 1909)
• Dipsas vermiculata PETERS, 1960
• Drepanoides anomalus (JAN, 1863)
• Echinanthera undulata (WIED, 1824)
• Emmochliophis fugleri FRITTS & SMITH, 1969
• Emmochliophis miops (BOULENGER, 1898)
• Erythrolamprus aesculapii (LINNAEUS, 1758)
• Erythrolamprus breviceps (COPE, 1861)
• Erythrolamprus cobella (LINNAEUS, 1758)
• Erythrolamprus epinephelus (COPE, 1862)
• Erythrolamprus festae (PERACCA, 1897)
• Erythrolamprus guentheri GARMAN, 1883
• Erythrolamprus miliaris (LINNAEUS, 1758)
• Erythrolamprus mimus (COPE, 1868)
• Erythrolamprus poecilogyrus (WIED-NEUWIED, 1825)
• Erythrolamprus pygmaeus (COPE, 1868)
• Erythrolamprus reginae (LINNAEUS, 1758)
• Erythrolamprus subocularis (BOULENGER, 1902)
• Erythrolamprus typhlus (LINNAEUS, 1758)
• Erythrolamprus vitti (DIXON, 2000)
• Helicops angulatus (LINNAEUS, 1758)
• Helicops leopardinus (SCHLEGEL, 1837)
• Helicops pastazae SHREVE, 1934
• Helicops petersi ROSSMAN, 1976
• Hydrops martii (WAGLER, 1824)
• Hydrops triangularis (WAGLER, 1824)
• Imantodes cenchoa (LINNAEUS, 1758)
• Imantodes chocoensis TORRES-CARVAJAL, YÁNEZ-MUÑOZ, QUIROLA, SMITH & ALMENDÁRIZ, 2012
• Imantodes inornatus (BOULENGER, 1896)
• Imantodes lentiferus (COPE, 1894)
• Leptodeira annulata (LINNAEUS, 1758)
• Leptodeira septentrionalis KENNICOTT, 1859
• Lygophis lineatus (LINNAEUS, 1758)
• Ninia atrata (HALLOWELL, 1845)
• Ninia hudsoni PARKER, 1940
• Nothopsis rugosus COPE, 1871
• Oxyrhopus fitzingeri (TSCHUDI, 1845)
• Oxyrhopus formosus (WIED, 1820)
• Oxyrhopus leucomelas (WERNER, 1916)
• Oxyrhopus melanogenys (TSCHUDI, 1845)
• Oxyrhopus petolarius (LINNAEUS, 1758)
• Oxyrhopus vanidicus LYNCH, 2009
• Philodryas amaru ZAHER, ARREDONDO, VALENCIA, ARBELÁEZ, RODRIGUES & ALTAMIRANO-BENAVIDES, 2014
• Philodryas argenteus (DAUDIN, 1803)
• Philodryas simonsii BOULENGER, 1900
• Philodryas viridissima (LINNAEUS, 1758)
• Pseudalsophis elegans (TSCHUDI, 1845)
• Pseudalsophis hoodensis (VAN DENBURGH, 1912)
• Pseudalsophis slevini (VAN DENBURGH, 1912)
• Pseudalsophis steindachneri (VAN DENBURGH, 1912)
• Pseudoboa coronata SCHNEIDER, 1801
• Pseudoeryx plicatilis (LINNAEUS, 1758)
• Saphenophis antioquiensis (DUNN, 1943)
• Saphenophis atahuallpae (STEINDACHNER, 1901)
• Saphenophis boursieri (JAN, 1867)
• Sibon dunni PETERS, 1957
• Sibon nebulatus (LINNAEUS, 1758)
• Sibynomorphus oligozonatus ORCES & ALMENDARIZ, 1989
• Sibynomorphus petersi ORCES & ALMENDARIZ, 1989
• Siphlophis cervinus (LAURENTI, 1768)
• Siphlophis compressus (DAUDIN, 1803)
• Synophis bicolor PERACCA, 1896
• Synophis calamitus HILLIS, 1990
• Synophis lasallei (MARIA, 1950)
• Taeniophallus brevirostris (PETERS, 1863)
• Tretanorhinus mocquardi BOCOURT, 1891
• Tretanorhinus taeniatus BOULENGER, 1903
• Urotheca decipiens (GÜNTHER, 1893)
• Urotheca fulviceps (COPE, 1886)
• Urotheca lateristriga (BERTHOLD, 1859)
• Urotheca pachyura (COPE, 1875)
• Xenodon rabdocephalus (WIED, 1824)
• Xenodon severus (LINNAEUS, 1758)
• Xenopholis scalaris (WUCHERER, 1861)

Orden: Squamata · Familia: Elapidae

• Hydrophis platurus (LINNAEUS, 1766)
• Micrurus ancoralis JAN, 1872
• Micrurus annellatus (PETERS, 1871)
• Micrurus bocourti JAN, 1872
• Micrurus catamayensis ROZE, 1989
• Micrurus diastema (DUMÉRIL, BIBRON & DUMÉRIL, 1854)
• Micrurus dumerilii JAN, 1858
• Micrurus filiformis (GÜNTHER, 1859)
• Micrurus hemprichii (JAN, 1858)
• Micrurus langsdorffi (WAGLER, 1824)
• Micrurus lemniscatus (LINNAEUS, 1758)
• Micrurus margaritiferus ROZE, 1967
• Micrurus mertensi SCHMIDT, 1936
• Micrurus mipartitus (DUMÉRIL, BIBRON & DUMÉRIL, 1854)
• Micrurus multiscutatus RENDAHL & VESTERGREN, 1940
• Micrurus narduccii (JAN, 1863)
• Micrurus ornatissimus (JAN, 1858)
• Micrurus peruvianus SCHMIDT, 1936
• Micrurus petersi ROZE, 1967
• Micrurus scutiventris (COPE, 1869)
• Micrurus steindachneri (WERNER, 1901)
• Micrurus surinamensis (CUVIER, 1817)
• Micrurus tschudii JAN, 1858

Orden: Squamata · Familia: Leptotyphlopidae

• Epictia subcrotilla (KLAUBER, 1939)
• Trilepida anthracina (BAILEY, 1946)
• Trilepida guayaquilensis (OREJAS-MIRANDA & PETERS, 1970)

Orden: Squamata · Familia: Viperidae

• Bothriechis schlegelii (BERTHOLD, 1846)
• Bothrops asper (GARMAN, 1883)
• Bothrops atrox (LINNAEUS, 1758)
• Bothrops bilineata (WIED, 1825)
• Bothrops brazili AMARAL, 1923
• Bothrops lojanus PARKER, 1930
• Bothrops osbornei FREIRE-LASCANO, 1991
• Bothrops pulchra (PETERS, 1862)
• Bothrops punctatus (GARCIA, 1896)
• Bothrops taeniata (WAGLER, 1824)
• Bothrocophias campbelli (FREIRE-LASCANO, 1991)
• Bothrocophias hyoprora (AMARAL, 1935)
• Bothrocophias microphthalmus (COPE, 1876)
• Lachesis acrochorda (GARCIA, 1896)
• Lachesis muta (LINNAEUS, 1766)
• Porthidium arcosae SCHÄTTI & KRAMER, 1993
• Porthidium lansbergii (SCHLEGEL, 1841)
• Porthidium nasutum (BOCOURT, 1868)

Orden: Squamata · Familia: Tropidophiidae

• Trachyboa boulengeri PERACCA, 1910
• Trachyboa gularis PETERS, 1860
• Tropidophis battersbyi LAURENT, 1949
• Tropidophis taczanowskyi (STEINDACHNER, 1880)

• Anexo:Anfibios de Ecuador

• Uetz, P. & Jirí Hošek (ed.). «Ecuador». The Reptile Database. Reptarium. Consultado el 23 de junio de 2014.