Stephen Hillenburg concibió originalmente las primeras versiones de los personajes de Bob Esponja Pantalones Cuadrados en 1989, mientras enseñaba y estudiaba biología marina en lo que ahora es el Instituto Marino del Condado de Orange en Dana Point, California. Durante este período, Hillenburg se fascinó con la animación y escribió un libro de historietas titulado La Zona Intermareal, protagonizado por varias formas antropomórficas de criaturas marinas. Muchas de las cuales serían personajes de Bob Esponja, incluyendo al propio «Bob la Esponja», que fue el coanfitrión del cómic y que se parecía a una esponja de mar real, en contraposición al Bob Esponja de la serie animada. En 1987, Hillenburg dejó el instituto para perseguir su sueño de convertirse en un animador.

Bob Esponja, Patricio, Don Cangrejo, Pearl y Calamardo fueron los primeros personajes que Hillenburg creó.^[1]​ Muchas de sus características se inspiraron en los rasgos de sus especies que Hillenburg conoció durante su época en el Instituto Oceánico. La personalidad de Patricio encarna la naturaleza de las estrellas de mar; según Hillenburg, parecen «tontas y lentas» pero en realidad son «muy activas y agresivas», como Patricio.^[2]​ Hillenburg se inspiró en su antiguo gerente de un restaurante de mariscos al crear Don Cangrejo.^[3]​ Según él, este gerente era pelirrojo, musculoso y ex cocinero del ejército; todos estos rasgos se adaptaron al carácter de Cangrejo. Su decisión de diseñar a Pearl estuvo influenciada por su supervisión regular de los avistamientos de ballenas en el Instituto Oceánico, así como por un esqueleto de cetáceo en el instituto.^[4]​ Dibujó a Pearl con una cabeza sobredimensionada, casi geométrica, como referencia a los cachalotes que tienen el mayor tamaño cerebral de cualquier animal existente en la Tierra.^[1]​ Diseñó a Calamardo como un pulpo debido al manto bulboso de la especie; el pulpo, dijo, tiene «una cabeza bulbosa tan grande y Calamardo piensa que es un intelectual, así que por supuesto que va a tener uno».^[2]​ Hillenburg dibujó a Calamardo con seis tentáculos porque «era realmente más simple para la animación dibujarlo con seis patas en lugar de ocho».^[2]​

Se hicieron varias adiciones al reparto principal de la serie antes y después de que Hillenburg lanzara la serie a Nickelodeon; en su biblia de la serie, añadió a Arenita Mejillas la ardilla como un nuevo amigo de Bob Esponja.^[5]​ Plankton y Karen fueron incluidos en su biblia pero no estaban destinados a hacer apariciones regulares; el actor de voz de Plankton, Mr. Lawrence, dijo que «se suponía que solo iba a estar en uno o dos episodios, pero yo era un escritor en la serie y me gustaba mucho este personaje».^[6]​ Tras su primera grabación de voz, Lawrence redactó algunas de sus propias ideas, con la esperanza de «demostrar que Plankton podía sobrevivir como algo más que un personaje de una sola nota». A partir de entonces, los papeles de Plankton y Karen en la serie fueron creciendo a medida que Lawrence escribía ideas para darles más personalidad; en particular, decidió escribir a Karen como la esposa de Plankton, en lugar de solo su ordenador como se pretendía en un principio.^[7]​ Ambos fueron ascendidos oficialmente a miembros del reparto principal en los créditos de la película teatral de 2004, en la que desempeñan papeles centrales.

Hillenburg añadió a la Señora Puff en respuesta a una petición de Nickelodeon para que Bob Esponja vaya a la escuela. Los ejecutivos de Nickelodeon inicialmente querían hacer de Bob Esponja un niño, ya que sus dibujos animados más exitosos de la época se centraban en personajes jóvenes en edad escolar.^[8]​ Hillenburg declaró que la cadena quería que Bob Esponja fuera como «Arnold de ¡Oye, Arnold! bajo el mar», pero él les dijo, «No, ese no es el show».^[8]​ Como compromiso, decidió poner a Bob Esponja en una escuela de manejo de botes, permitiéndole seguir escribiendo a Bob Esponja como un adulto mientras usa la escuela como un elemento principal de la trama.^[8]​ El Show-runner Vincent Waller sugirió que si Nickelodeon tenía control creativo sobre Bob Esponja, casi todos los episodios tendrían lugar en la escuela de la Señora Puff, en lugar de en una variedad de lugares.^[9]​ La elección de hacer de la Señora Puff un pez globo, que se infla en un balón cuando Bob Esponja choca, se hizo para evocar la aparición de las bolsas de aire de los coches.^[10]​

Bob Esponja Pantalones Cuadrados (SpongeBob SquarePants en inglés, originalmente llamado SpongeBoy): es el protagonista titular de la serie y es una Esponja amarilla antropomórfica que suele llevar pantalones cortos marrones, una camisa blanca de cuello y una corbata roja. Vive junto con su mascota caracol Gary en una piña y trabaja como cocinero en un restaurante de comida rápida llamado Krusty Krab.^[11]​ Asiste diligentemente a la escuela de navegación de la Señora Puff pero nunca ha aprobado; su falta de licencia de conducir es un chiste común en toda la serie. Bob es implacablemente optimista y entusiasta hacia su trabajo y sus amigos. Los pasatiempos de Bob incluyen atrapar medusas, soplar burbujas, jugar con su mejor amigo Patricio e irritar sin querer a su vecino Calamardo. Aparece por primera vez en Se Busca Ayuda.

Patricio Estrella (Patrick Star en inglés): Es una alegre estrella de mar rosa que vive bajo una roca. Viste pantalones cortos de color verde estampados con flores púrpura. Es perezoso, con sobrepeso, y es el mejor amigo de Bob Esponja. Su rasgo más destacado es su nula capacidad de concentración, su ingenuidad y su escasa inteligencia. Aunque junto a Bob Esponja realiza actividades divertidas e inocentes (como soplar burbujas o cazar medusas), Patricio es una influencia negativa para él, pues también fomenta actividades peligrosas e irracionales, que en muchas ocasiones causan giros inesperados en la trama del programa. Patricio suele estar desempleado en el transcurso de la serie, o con trabajos de corto plazo. Por lo general es lento y simpático pero a veces puede ponerse muy agresivo y grosero, igual que las estrellas de mar reales.

Calamardo Tentáculos (Squidward Tentacles en inglés): Es un pulpo de color azul verdoso, amargado y arrogante. Se puede decir que Calamardo es el antihéroe, puesto que busca estar alejado de Bob Esponja y Patricio aunque a veces se alía con ellos en diversas situaciones; es un decadente vecino cefalópodo de ambos. No obstante, Bob y Patricio lo consideran su amigo, aunque Calamardo los detesta por su falta de inteligencia, el odia mucho trabajar en el Krusty Krab, es cajero ya que se duerme mucho cuando no hay clientes a la vista. Sin embargo, en el fondo los quiere mucho, como se ve en el episodio Muriendo por pasteles, cuando lloró porque creyó que Bob había muerto, o en Don Cangrejo nace de nuevo cuando regañó a Don Cangrejo por «vender el alma» de Bob. Incluso en el primer especial de Navidad, donde regaló todas sus cosas para que Bob Esponja se sintiera feliz y volviera a creer en la Navidad. Calamardo tiene diversas inclinaciones artísticas y a lo largo de la serie ha practicado la danza, la pintura, el teatro, la escultura y la música, entre otros. Su más grande sueño es destacar como un excelente clarinetista, aunque toca muy mal el clarinete; el apodo de su clarinete es Clarry.

Eugene H. Cangrejo (Eugene H. Krabs o Mr. Krabs en inglés - Eugene H. Cangrejo o Señor Cangrejo en España, Eugenio H. Cangrejo o Don Cangrejo en Hispanoamérica): es un cangrejo muy avaricioso y tacaño con el dinero que gana (a veces incluso hasta el punto de la locura) y detesta gastarlo; sin dudarlo, parece una parodia de Scrooge McDuck. Él es el dueño del Krusty Krab y jefe de Bob Esponja y Calamardo. El egoísmo y codicia de Don Cangrejo son tan extremos que prioriza al dinero sobre todas las cosas, actuando con poco respeto a las personas que no son económicamente estables, y llegando incluso a mofarse de Bob Esponja. Tiene una hija adolescente llamada Pearl (Lori Alan), a pesar de que es una ballena, y no ha habido pistas que informen si Don Cangrejo tuvo una esposa. Pearl es la única persona con la que se permite derrochar dinero para hacerla feliz. Su enemigo de negocios es Plankton, aunque en ocasiones se puede ver que dejan esas diferencias empresariales atrás para aliarse en algún trama.

Arenita Mejillas (Sandy Cheeks en inglés): es una ardilla de tierra muy inteligente, aunque algo presumida. Es originaria de Texas como su madre, de lo que presume con orgullo con su forma de caminar. Es la mejor amiga de Bob Esponja y Patricio, aunque se pelea a menudo con este último. Es la ciudadana más inteligente de todo Fondo de Bikini. Toda criatura marina que entre a su casa debe usar un casco lleno de agua. Arenita suele diseñar nuevos inventos y en su tiempo libre práctica el karate. Intrépida, valiente y aventurera, a menudo suele alentar a Bob Esponja a practicar deportes extremos junto a ella. Arenita también es el único ser de tierra con papel protagonista en toda la serie. Debuta en Té en La Bóveda Del Árbol.

Sra. Puff (Mrs. Puff en inglés; no se sabe si es su nombre real ya que se ha mencionado en la serie sobre sus varias identidades): es una pez globo con el pelo rubio. Es la directora y profesora de La Escuela de Botes de la Señora Puff (análoga a las escuelas de conducción, dado que los «botes» son equivalentes a los automóviles). Su peor alumno es Bob Esponja, quien debido a su pésima concentración al volante, ha tenido que hacer la prueba de conducción una infinidad de veces, lo que provoca choques y caos en Fondo de Bikini. Parece una profesora dedicada e interesada por el futuro de sus alumnos, especialmente de Bob, aunque a veces llega a indignarla por la poca capacidad de concentración de este (y otras veces trata de matar a Bob). En otros episodios, además de dar clases de conducción, la Sra. Puff da clases de ortografía y matemáticas. En varios episodios, cuando Bob provoca choques y caos, ella se infla como un pez globo al igual que los airbags de los coches que se ha hecho peor a través de la serie. También se ha mostrado que tiene de síndrome de estrés postraumático, esquizofrenia y cleptomanía. Por causa de Bob Esponja, ha tenido que ir a la cárcel por varios delitos. En lo que a Bob Esponja se refiere, es prácticamente un sueño dorado para la Sra. Puff lograr librarse de él haciéndolo pasar el examen de conducir. En algunos episodios se puede ver que tiene una relación amorosa con Don Cangrejo.

Sheldon J. Plankton: es un copépodo de color verde. Su nombre de pila es Sheldon. Originalmente, este personaje fue diseñado como un villano recurrente que ocasionalmente irrumpiría en la rutina para crear algunas situaciones caóticas, pero la popularidad de Plankton le ha asegurado un puesto fijo en el elenco de personajes habituales de la serie. Se considera el rival de Don Cangrejo, hecho por el cual también creó el restaurante de comida rápida Chum Bucket (Cubo de Cebo en España y Balde de Carnada en Hispanoamérica) para competir con él, y es debido al poco éxito de su negocio que Plankton ejerce la competencia desleal frecuentemente, con tal de buscar alguna forma de superarlo. Llama a su comida Pinchitos de cebo en España y Paletas de carnada en Hispanoamérica, una preparación de su restaurante. Su objetivo principal en la serie es robar la fórmula secreta de las cangreburgers, (cangre-, por Don Cangrejo y burgers, por hamburguesa), receta que él nunca pudo descubrir, y así arruinarle el restaurante a su rival. Plankton desea algún día dominar el mar, pero todos sus planes terminan en fracaso al ser arruinados principalmente por Don Cangrejo y Bob Esponja. Él y Don Congrejo fueron amigos de la infancia, pero una disputa sobre la receta de las cangreburgers finalizó su amistad. Aunque esta relación no es odio mutuo, ya que cuando no están disputándose la receta trabajan juntos e incluso se comportan como amigos. A lo largo de la serie se ve que los planes de Plankton se hacen cada vez más complejos y estratégicos, pero aun así no funcionan debido a su incompetencia y a la intervención del resto de los personajes de la serie, además tiene pánico a las ballenas porque son sus depredadores naturales.^[12]​

Karen Plankton: es una supercomputadora y la esposa de Plankton. A menudo expresa emociones humanas (regularmente ironía y sarcasmo) y actúa como un humano. Karen por lo general ayuda a su esposo en sus planes para robar la fórmula de las cangreburgers o causar problemas en general. Argumentando a menudo en la serie, los planes de Karen son ignorados o él se apropia del crédito de ellos; suele parecer ser más pensativa, inteligente, y lógica que Plankton. En ocasiones, cuando Plankton fracasa con uno de sus planes, no puede evitar reírse de los errores que comete o del resultado de su plan. Karen era una cámara de seguridad, y Plankton la remodeló, volviéndola con actitudes humanas. Karen no tenía mucha participación en las primeras temporadas, pero durante las más recientes ha adquirido más protagonismo, al punto de que la aparición de Plankton en un episodio siempre está ligada a la de ella. De hecho como dato curioso, aparece clasificada en "main cast" (reparto principal) en los créditos de la película de 2004, cuando en ese entonces todavía era un personaje secundario.

Pearl Cangrejo (Pearl Krabs en inglés, Perla en España y Perlita en Hispanoamérica): es la hija adolescente de Don Cangrejo. Es una ballena joven (un cachalote) y es una chica consentida y presumida que gusta de andar a la moda como sus amigas de la escuela. Es con frecuencia avergonzada por la actitud mezquina de su padre, y muchas veces le obliga a tratar de cambiar sus hábitos. Debido a su tamaño, cada vez que algo la entristece o decepciona, al llorar inunda el lugar donde se encuentra. También le gustan las matemáticas y el hacer compras. En la temporada 9, Pearl obtiene un trabajo como asistente en el centro comercial.

Gary el caracol (Gary the Snail en inglés) es un caracol de mar, mascota de Bob Esponja. Su nombre completo es Gary Wilson Jr. (es hijo de Gary Wilson) como se reveló en el episodio llamado Delicias. Dentro de la serie, los caracoles son análogos a los gatos, por lo que Gary vocaliza como un felino. Por otro lado, los gusanos se comportan como perros, y se comunican ladrando. A pesar de esto, otros personajes pueden entender y comunicarse con él. Es un animal inquisitivo, curioso y siempre está listo para aprender algo nuevo. Representado como un personaje sensato, Gary a veces sirve como voz de la razón de Bob Esponja, y resuelve los problemas que su propietario no puede.

Larry la Langosta (Larry the Lobster en inglés): es una langosta forzuda y musculosa que está como salvavidas en la Laguna Pegajosa. Larry además es fisicoculturista y levantadora de pesas. En una ocasión, estuvo a punto de morir porque se le paró el corazón por una sobredosis de píldoras de bronceado. Aparece por primera vez en Pantalones Rotos de la primera temporada. En el capítulo El gimnasio de Larry inaugura un gimnasio y enseña a Bob Esponja a tomar mucha agua y a hidratarse bien.

El Narrador francés (también llamado Francesito en algunos episodios): es un oceanógrafo que filma el mundo submarino usando una cámara. Él habla en el comienzo de algunos episodios y durante intertítulos en inglés con acento francés. Él se muestra en la serie como un buzo con una cámara de televisión. En el de noviembre de 2004 episodio del programa de NPR Fresh Air con Terry Gross, Kenny admitió que Jacques Cousteau fue la inspiración para el narrador francés, y Stephen Hillenburg, creador de la serie, lo consideraba un ídolo.

Sireno Man (en Hispanoamérica) o Tritón Man (en España) (Mermaid Man en inglés): es un superhéroe anciano y retirado parcialmente que vive en una casa de retiro, a quien Bob Esponja y Patricio ve su programa en TV. A diferencia de su compañero, el Chico Percebe, es un poco menos gruñón y algo más tolerante con el optimismo extático de Bob Esponja, pero sólo hasta cierto punto. Las tendencias distraídas del hombre. Es retratado estereotipadamente como un senil y parece sufrir una ligera pérdida de memoria, ya que el comportamiento de los demás lo confunde fácilmente, aunque esto también podría atribuirse en parte a su pérdida de audición. Él y Chico Percebe son los únicos humanos en Fondo de Bikini.

Chico Percebe (Barnacle Boy en inglés): es el compañero de Mermaid Man, más joven y subestimado que él. Gruñón y ligeramente de mal humor, el Chico Percebe se destaca por su carácter melancólico y su exasperación por el comportamiento distraído de su amigo como resultado de la vejez, e incluso en sus años dorados, todavía es tratado de manera juvenil. En un episodio, cansando de que Mermaid Man lo trate como a un joven, él decide hacerse villano llamándose "Hombre Percebe" y se alía con viejos enemigos como Manta Raya y Burbuja Sucia, aunque posteriormente regresaría a su estado de héroe. Pese a su edad, ha mantenido en gran medida su físico esbelto y anodino a lo largo del tiempo. Tiene un cierto parecido con Calamardo, ya sea en la actitud o en forma de su nariz. Él y Mermaid Man son los únicos humanos en Fondo de Bikini.

El Holandés Volador/El Holandés Errante (Flying Dutchman en inglés): es un fantasma pirata. Vive navegando por el mar en una nave gigante, y recoge las almas. No acepta ningún tipo de falta de respeto. Él también se destaca por tener una serie de poderes sobrenaturales en la serie, tal como la intangibilidad, la levitación, tele-transportación, proyección de la energía, cambiar de forma, viajes inter-dimensionales, transmutación de la materia y conceder deseos, entre otras cosas. No puede comer ni dormir, si no dispone de su «calceta de viaje». Él se encarga de las almas de los difuntos, llevándolos al Casillero de Davy Jones. En el episodio «SpongeBob versus The Big One», se presenta al músico del mismo nombre.

El Rey Neptuno (King Neptune en inglés): es el rey y dios del mar. En "Bob Esponja y la Furia de Tritón", se muestra que tiene un hijo llamado Tritón y está casado con la Reina Amphitrite. Su nombre también se utiliza con frecuencia como sustituto de "Dios" en frases coloquiales (por ejemplo: "Oh, por Neptuno!"). Neptuno también aparece como uno de los personajes centrales de la película, aunque con una apariencia muy diferente, incluyendo una cabeza calva, de color verde, tiene un tridente y no es representado como un dios sino como un rey mágico. En su versión de la película también se destaca por tener una hija llamada Mindy. Es muy probable que el aspecto diferente se debe a que esté más viejo, ya que como lo ha confirmado Steven Hillenburg: la película tiene lugar después de la serie, ya que supuestamente la película es la conclusión de la serie.

Parche el pirata (Patchy the Pirate en inglés): es el presentador de los episodios especiales de la serie. Vive en el suburbio de Encino, en Los Ángeles. Es un pirata real que es el presidente del club de admiradores de Bob Esponja. Su mayor sueño es conocer a Bob Esponja en persona, pero siempre fracasaba en sus intentos, hasta en el especial del vigésimo aniversario de la serie donde finalmente cumple ese objetivo. Es uno de los pocos personajes que han hehco apariciones fuera del universo de Bob Esponja, apareciendo en la serie live-action Big Time Rush en su episodio «Big Time Beach Party» de la segunda temporada. También posee un loro de mascota llamado Potty.

Róbalo Burbuja (Bubble Bass en inglés): es un pez gordo de color verdoso, viejo rival de Bob Esponja. Inicialmente tuvo apareciones menores en la serie, debutando en el episodio «Pepinillos», cuando pide una Cangreburger para degustarla, y queda claro que él y Bob Esponja ya se conocían antes. Su segunda aparición fue en "F.U.N." cuando se sienta encima de Plankton y al final lo confunde con un caramelo. Hizo una tercera aparición en el episodio «El Ojo Bueno de Plankton», donde Plankton (por culpa de un ojo con ADN de Bob Esponja que le vuelve bueno como él) le ayuda dejando que Róbalo Burbuja caiga encima de él para salvarle de un incendio en un edificio donde él estaba atrapado. Desde la segunda mitad de la novena temporada en adelante es un personaje recurrente de la serie.

El Viejo Jenkins ('Old Man Jenkins en inglés): es un viejo pez granjero con barba y loca personalidad. Vive en la residencia de ancianos Shady Shoals y es un cliente habitual del Crustáceo Cascarudo. Jenkins suele tocar el banjo de estilo country cada vez que aparece.

Nosferatu (cuyo nombre real es Conde Orlok): es un vampiro de Transilvania. Originalmente apareció en la escena final del episodio Graveyard Shift, donde aparece encendiendo y apagando repetidamente las luces dentro del Crustáceo Cascarudo a altas horas de la noche como una broma para asustar a Bob Esponja y Calamardo. Más tarde, Nosferatu se convierte en un personaje recurrente menor a partir de la temporada 11 en adelante. Se muestra que trabaja como gerente del turno de noche para el Crustáceo Cascarudo.

Calamarino Elegante: es el millonario y excéntrico excompañero de Calamardo, que ha tenido éxito en todo lo que éste había aspirado. Es dueño de una mansión de cuatro pisos con un amplio jardín en la azotea. Calamarino también conduce el programa de T.V. «Casa elegante».

Narlene: es una de las protagonistas del spin off Kamp Koral, aunque aparece en la serie original desde la temporada 13. Narlene es retratada como una narval valiente y muy ingeniosa, además de poseer un don para inventar y disfrazarse de otra persona. Suele verse con su hermano menor Nobby, a quien adora. Al igual que Kamp Koral, utiliza sus pies para cualquier tarea.

Nobby: es el hermano menor de Narlene, que también tuvo su primera aparición en Kamp Koral y más tarde en la serie original. Se muestra muy hiperactivo e infantil, causando caos en el campamento y dispuesto a hacer bromas. Es un narval amarillo grande y musculoso, aunque conserva su característico sombrero.

Sra. Cangrejo/Betsy Cangrejo: es la madre de Don Cangrejo. Apareció por primera vez en el capítulo Boca de marinero. Plankton se enamora de ella en el capítulo "Enemigo político", lo cual no le agrada a Don Cangrejo, pero después se revela que sale con ella para obtener la fórmula de la cangreburger.

Harold Pantalones Cuadrados: es el padre de Bob Esponja y esposo de Margaret. Usualmente no aparece en la serie, pero se han visto en algunos capítulos.

Margaret Pantalones Cuadrados: es la madre de Bob Esponja y esposa de Harold. Al igual que su marido, no aparece en la serie tan a menudo, pero se han visto en algunos capítulos. En el episodio El ataque de los Wellks, Bob Esponja revela que el apellido de soltera de su madre es Fondo Espumoso.

Abuela Pantalones Cuadrados: es la abuela paterna de Bob Esponja. Ella mima a Bob cada vez que visita su casa con galletas suéteres y cuentos para dormir, aunque posteriormente Bob Esponaja considera que ya es muy adulto para ello.

Señora Tentáculos es la anciana madre de Calamardo. En episodios anteriores, solo aparece como alucinaciones que atormentan a su hijo, pero luego aparece en persona en Torre Cascaruda. Vive en un moai como Calamardo, pero con una estructura similar a un cabello rizado en el techo y bolas similares a aretes colgando de los lados.

Fred: es un pez marrón de pantalones azules, a menudo se lo ve comiendo en el Krusty Krab. Tuvo su primer papel relevante en el episodio Mi pierna, y aparece gritando cuando algo lastima su pierna.

Scooter: es un pez de color lila que le gusta el surf. Él se ve principalmente en la Laguna Goo. A pesar de ser un personaje genérico y recurrente en la serie, es un pez que nunca cambia de apariencia. A veces se le muestra como un personaje con mala suerte ya que tiene dos accidentes, el primero; cuando se ahogó en la Laguna Pegajosa, y el otro; cuando Misterio (el caballo de Bob Esponja) lo arrojó lejos de Fondo de Bikini al incrustarle una moneda creyendo que era de juguete.

Nancy O'Malley: es una pez rubia y de color morado, que también es una policía. Es muy estricta al igual que sus compañeros.

Harold Scott: es un pez azul, que por lo general lleva una camisa blanca y unos pantalones cortos rojos con rayas blancas. Aparece en muchos episodios, en su mayoría no se lleva bien con Don Cangrejo (a pesar de que es uno de los mejores clientes del Krusty Krab). Supuestamente le gustan los deportes.

Nat Peterson: es un pez de pantalón azul, en algunos episodios es un conductor de autobús, en una fábrica de comida de caracol como ejecutivo, haciendo pasteles, trabajando en la feria, en el cine viendo una película o trabajando ahí y en un episodio fue cliente de Plankton dejando atrás al Krusty Krab y se aburre de las cangreburgers pero al final tiene dolor estomacal por las paletas de carnada de Plankton, en el episodio "Cazador de Medusas" trató de venderle algo a Bob Esponja con otro pez pero falló.

Lenny: es una anchoa de color azul que aparece en algunos episodios, es muy frecuente verlo con especies idénticas a él. En los primeros capítulos vestía con solo una camisa blanca, pero más tarde viste con camisa, corbata, zapatos, pantalones, un sombrero, y una maletero, se cree que puede ser oficinista. Es uno de los clientes frecuentes del Krusty Krab.

Lou: es un pez de color naranja que se ve comúnmente como un vendedor de alimentos en muchos episodios. Se le ve trabajando en un puesto de perritos calientes, helados, en Barg and Mart, y muchos otros lugares.

Granny: es una abuela pez que aparece de forma muy recurrente en el capítulo ¿Han visto a este caracol?. Es la abuela que recogió a Gary y apodó "Señorita Tootsie". Posee un automóvil de carreras.

Frank: es un pez naranja que usa una camisa azul. Se lo ve en ciertos episodios y es uno de los clientes más frecuentes del Krusty Krab.

Oficial John: es un pez color moreno que trabaja como policía en el Departamento de Fondo de Bikini. Parece ser bastante estricto y serio.

Oficial Rob: es un pez color azul que al igual que su compañero, trabaja en el Departamento de Fondo de Bikini.

Perka Perkins: es un reportero, también es el animador de la Laguna Pegajosa.

Nancy Suzy Pez: es una pez de color gris y cabello blanco, es una de las mejores amigas de Pearl y compañera de clase conocida de Bob Esponja. Ella es a menudo vista comiendo en el Krusty Krab, y en varios episodios se ve que asiste a La Escuela de Botes de la Señora Puff. En algunos episodios aparece como cajera de banco en el "Primer Banco Náutico". Se cree que puede tener entre 18 y 21 años.

Manta Raya: es el más notable enemigo de Sireno Man y el Chico Percebe. Es un hombre con máscara azul y su boca como una radio, es violento e insoportable, en algunos episodios se le ve un con cinturón haciendo cosquillas y al final se quita la máscara y aparece como un hombre sin cabeza. Le gusta dominar el mundo y atacar a los ciudadanos, tiene poderes mágicos; en el capítulo El juego del tejo, a Manta Raya se le hizo pequeña la máscara por la "lavadora seca" que le hizo Bob Esponja mientras paseaba con Mabel, la chica que estuvo con él en el Instituto.

La Burbuja Mala/Sucia: es el archienemigo de Mermaid Man y el Chico Percebe. Es una burbuja marrón gigante con una cara que es vulnerable a los objetos puntiagudos. Fue uno de los fundadores de la malvada organización EVIL (abreviatura de Every Villain is Lemons) en Mermaid Man and Barnacle Boy IV y fue parte del grupo nuevamente en Captain Pipsqueak. También se muestra que es miembro de BGATFBC.

Gerald: es el jefe del Anticuario Militar de Fondo de Bikini. Es una anchoa de color verde que aparece por primera vez en el episodio La visita de Gerald, quien es visitado por Bob Esponja y este lo conoce. Es representado como un pez con la aleta derecha amputada, ya que la perdió en la guerra. Siguió apareciendo en el episodio Anticuario Militar vs. Medusas, donde su ejército lanza conchas de caracoles a las medusas en un combate. En el capítulo Patricio el soplón, simuló su suicidio estrellándose con su avioneta en una obra del recién inaugurado Teatro Gary. Cuando Bob Esponja creyó que había muerto perdió la fe en Neptuno y lloró a mares en el escenario. Curiosamente Gerald está vivo. En el capítulo El pergamino de Patricio, Bob Esponja lo rescata cuando Patricio lo dejó casi incinerado en la lava de un volcán y lo lleva hacia el centro de la ciudad, donde le pone una aleta robótica y agradece a Bob Esponja.

Amigo burbuja: es una pompa de jabón que Bob Esponja creó en el capítulo Amigo Burbuja. El amigo Burbuja y Bob hacen enfadar a la gente (haciéndolos esperar por nada, pagando con burbujas e incluso matando a un hombre con la marea alta porque el Amigo Burbuja fue incapaz de desenterrarlo) y Calamardo creó una turba para hacerlo estallar. Durante el episodio, el amigo Burbuja es inanimado hasta el final, cuando Calamardo dirige la aguja contra él, lo detiene con la mano ante la sorpresa de los presentes, antes de irse en un taxi hecho de burbuja mientras grita: «Feliz día de Leif Ericson». Se sabe que sufre de intolerancia a la lactosa y que no le gustan los bordes en una Cangreburgers. En el episodio El Regreso del Amigo Burbuja se cuenta que tiene un hijo llamado Lustroso y lo deja con Bob Esponja para que lo cuide.

Kevin: Es un pepino de mar, jefe del club de observador de medusas y héroe de Bob Esponja. Tiene una corona pegada en su cabeza que en realidad es parte de su cuerpo. Aunque le hace una broma a Bob Esponja, de que debe atrapar una medusa reina con un silbato que dice «Fracasado», para después empujar a Bob Esponja al cañón con otros admiradores de Kevin.

Gorila: Es uno de los pocos animales no marinos en aparecer en la serie. Sus apariciones más protagónicas fueron en los capítulos Tuve un accidente y Amigo o Enemigo. En el primero, aparece confrontando a Patricio (quien se disfrazó de gorila como parte de un plan de Arenita para que Bob Esponja superara el miedo a salir de casa), donde lo persigue a él y a Arenita y posteriormente divide a Bob Esponja por la mitad, éste no se cree que un gorila pueda vivir debajo del mar, a lo que el gorila trata de explicarse sin éxito antes de irse acompañado de un caballo cebra. En el segundo, ocupa el lugar de Parche el Pirata en un puesto de hamburguesas, y cuando Parche lo confronta, el Gorila se defiende arrojándole carne cruda.

David Hasselhoff: Aparece en la película donde ayuda a Bob Esponja y Patricio a llevar la corona de Neptuno al Fondo de Bikini. También aparece en El Cumpleaños De Bob Esponja.

• Princesa Mindy: (Scarlett Johansson). Es la hija del Rey Neptuno. Ella conoce todos los nombres de las criaturas del mar. El rey Neptuno la corona Reina del Mar. Es conocida por mostrar mucha más compasión que su padre. Solamente apareció en la película de 2004 ocupando un papel muy importante. Patricio está enamorado de ella, y dijo que "es bonita y sensual".

• Dennis: (Alec Baldwin) Su única aparición solo fue en la película de 2004. Es un asesino a sueldo contratado por Plancton para destruir a Bob y Patricio, posee una motocicleta negra con una matrícula que dice «te mataré», y en el cromo del acelerador «aquí va tu cabeza». También lleva el nombre de un excompañero de escuela de Bob en el episodio La Esponja que podía volar.

• Cíclope: Apareció en Bob Esponja La Película cuando van de camino a Ciudad Almeja (Concha City en España), es un buzo y en realidad Ciudad Almeja es una tienda de regalos donde vende sus recuerdos.

• Barba Burger: (Antonio Banderas) es un pirata que aparece en la segunda película de la serie Bob Esponja: Un héroe fuera del agua y es el antagonista de la misma, quien encuentra un libro mágico en la isla del Atolón Bikini donde cuenta las aventuras de Bob Esponja, haciendo que todo lo que escriba en él, se haga realidad, consiguiendo con él robar la fórmula secreta de la Cangreburger y abrir su propio restaurante en un camión de comida que en realidad es su barco pirata. Tiene gaviotas como mascotas, y fue el culpable de que Fondo de Bikini entrara en pánico tras desaparecer la fórmula de las Cangreburgers culpando a Bob Esponja y Plankton de haberla robado juntos, al final Plankton (convertido en Plankton-Man) recupera la fórmula y lo manda de regreso a la isla del Atolón Bikini siendo enterrado en la arena con su cabeza fuera, haciendo que sus gaviotas cantaran con él la canción de Bob Esponja, revelando que es la verdadera encarnación del Pirata de la pintura quien siempre aparece al inicio de la secuencia de apertura de la serie cantando la canción.

• Jack Kahuna Laguna «JKL»: Es el mejor surfista del mundo, solo apareció en un episodio, enseñó a Patricio y a Bob a surfear ya que Calamardo creía que lo que hacía era una estupidez. Al final, JKL es tragado por la gran ola, pero regresa a la playa vivo.

• Jim: Fue el mejor cocinero de hamburguesas de Fondo de Bikini que trabajó en el Krusty Krab, y por hacer hamburguesas podridas, fue despedido por Don Cangrejo. Poco después de que lo despidieran, fue reemplazado por Bob Esponja.

• El Estrangulador de Soplones: un ladrón que estrangula a cualquier soplón que se mete con él. Corre de la casa de Bob cuando celebran fiestas, se va en taxi al aeropuerto, se cae del avión y aterriza en la estación de policía con Patricio y le revela a Bob Esponja que es el estrangulador y no su guardaespaldas.

• Craig Mammaltol: es un león marino, el más bronceado de Fondo de Bikini que ofrece fiestas para los bronceados. Apareció en el capítulo Descolorido por el sol.

• Warden: es el director de la prisión de la Isla Inferno al que Bob Esponja y Patricio creen que es el campamento al que el primero iba, que aparece en The Inmates of Summer. Su comportamiento es el estereotipo de un sargento de instrucción: estricto, exigente y siempre hablando en voz alta.

• Jack M. Pezloco: Es un gran pez que aparece en el episodio Esponja negra. Es un pez en el sueño de Bob Esponja, pero en realidad es un tipo real que vive en Fondo de Bikini. Bob Esponja llega con un ojo negro tras una lucha contra Pezloco. Luego viene al Krusty Krab, porque se entera de que Bob Esponja hace grandes cangreburgers, y tiene ganas de comer uno. También hace un cameo en 20.000 hamburguesas submarinas a pesar de que solo le tira piedras a Plankton. Jack es un pez con un cuerpo muy grande. Lleva un traje marrón y una camisa amarilla debajo. Tiene un gran bigote y un pequeño sombrero verde encima de su cabeza. Su piel es de color púrpura.

• Plano el Lenguado: es un lenguado grande y con poco espesor (También llamado Flatts Platija). Aparece por primera vez en el capítulo El cohete de Arenita cuando Bob Esponja lo captura con una pistola. Es un alumno matón en la escuela de conducción de la Señora Puff, que solo desea «patear traseros» y que no respeta ni a su propio padre. Jura patear el trasero de Bob Esponja, lo que provoca divertidas escenas de huidas de Bob, hasta que finalmente, viendo que no podrá huir, decide dejarse golpear. Siendo una forma de vida esponjosa, los golpes no lo afectan y hasta le hacen cosquillas, por lo que no se molesta en quitarse a Plano, que no deja de propinarle golpes durante varias horas seguidas. Finalmente, agotado de tanto pegarle a Bob, el cae exhausto en el aula de la escuela de conducción, provocando la ira de la Señora Puff cuando lo ve a él en el piso, creyendo que había sido golpeado por Bob Esponja.

• Trazo/Garabato: es un dibujo gigante de Bob Esponja que cobra vida en el episodio Frankentrazo. Es un dibujo que Bob Esponja dibujó para hacerle una broma a Calamardo. La broma se sale de control cuando Trazo golpea a Calamardo y huye con el lápiz gigante de Bob Esponja. Él y Patricio se enfrentan a Trazo, Bob lo borra con el lápiz, y felices, se van. Sin embargo, una mano de Trazo sigue con vida. Bob se duerme diciendo que Trazo era como un hijo para él. Mientras está acostado, la mano de Trazo se infiltra en la casa, roba el lápiz y se dibuja de nuevo, pero con la capacidad de hablar esta vez y le dice a Bob que él (Bob) es Trazo y que él (Trazo) es Bob Esponja. Bob huye de él, ya que Trazo quiere borrarlo, tras un enfrentamiento (En el que el lápiz se parte en dos y la situación queda igualada), Bob lo encierra en un papel para siempre y lo cuelga en la pared. Bob y Patricio se deshacen del lápiz, pues su poder era muy grande para el fondo del mar. Aparece nuevamente en Dimensión Trazo, mientras Bob Esponja y Patricio están en la dimensión trazo, Patricio vuelve crear a Trazo accidentalmente, el cual intenta atacar al dúo, pero ambos escapan regresando a su dimensión.

• Chef Bob: Es una marioneta hecha de una bolsa de papel, es la versión títere de Bob esponja, éste aparece en el episodio del mismo nombre, en el capítulo Bob crea a una marioneta cuándo tiene pánico escénico, para entretener a los clientes, ya que Don Cangrejo se lo pide, éste es el villano del capítulo ya que mientras el episodio avanza Bob esponja se da cuenta de que el títere cobra vida y ya no puede controlarlo; entonces éste empieza a insultar a los clientes, y ellos piensan que es parte del show, Bob esponja se deshace del títere y cuando piensan que no provocará más problemas aparece en un programa de televisión sin que una mano lo controle.

• Sam Roderick es un estricto sargento instructor tiburón que reemplaza temporalmente a la Sra. Puff como maestra en la escuela de navegación en Sra. Puff, está usted despedida. Se dice que es el instructor de manejo más estricto del mar, aunque ni siquiera él puede enseñarle a Bob Esponja a conducir con éxito.

• Burbujas el Delfín (Matt Berry): Es un delfín del futuro que aparece únicamente en Bob Esponja: Un héroe fuera del agua contemplando a Júpiter y Saturno.

• El Aperitivo: Un monstruo hecho por Don Cangrejo de carne y otras sustancias. Apareció en El Regreso de Calamarino.

• Stanley: Es primo de Bob Esponja. Es como él pero su cuerpo es delgado llegando a su cabeza más cuadrada y tiene pelo. Es hijo del tío Sherm y destruye cuando lo toca, lo cual resulta un problema al buscar empleos. En el doblaje español, lo dobla Jorge Saudinós, hermano de Álex Saudinós (Doblador de Bob Esponja).

• Cachiporra Pantalones Cuadrados (Black Jack Pantalones Cuadrados en España): es otro primo de Bob Esponja, su personalidad agresiva lo convierte en el «matón» de la familia, cuando salió de la cárcel Bob Esponja creyó que trataría de hacerle algo malo a sus padres, pero todo fue un malentendido, además de que es demasiado pequeño (como Plankton).

• Olafs: Todos los vikingos se llaman Olaf. Fueron enviados por el rey vikingo para capturar a Bob Esponja y decirle que son los vikingos.

• Señorita Horrorosa: es una mujer vieja y fea. Es la presidenta del grupo «Organización de peces en Contra de las Cosas Divertidas y Deliciosas». Quiere cerrar el Krusty Krab, pero luego prueba las Cangreburgers, rejuvenece y le encantan.

• Jefe Al Horroroso: es el esposo de la señorita Horrorosa. Es el jefe policial y cierra los negocios de quienes insulten a su mujer.

• Calamarina Estrella: es la hermana menor de Patricio.

• Calamardia: Es un calamar hembra y novia de Calamardo. Este intenta hacer hasta lo imposible por conquistarla, y al final lo consigue mostrando su ira hacia Bob Esponja y Patricio.

• Achucho Abrazón: Es un hámster gigante que aparece en el episodio homónimo como amigo imaginario de Bob Esponja. Aparece cada vez que Bob come una hamburguesa podrida. Fue al Krusty Krab para que lo reconozcan como alguien real, pero se volvió feroz y se comió a los clientes. Al día siguiente le revela a Bob Esponja que se comió a los clientes por su nombre completo, Tierno Glotón Abrazador.

• La Polilla (Mark Hamill): Es un supervillano de Sireno Man y Chico Percebe. Tiene la apariencia de una polilla y al final es derrotado por Bob Esponja al dejarle atrapado en faro, aunque logra escapar y se lleva la casa de Bob consigo.

• Gil: es un pez martillo que trabaja haciendo películas en el videojuego Bob Esponja: ¡Luces, Cámara, Pantalones!.

• Monty P. Bolsasdedinero: es un coleccionista de arte que apareció en el capítulo "Artista desconocido" donde Calamardo tiene su escuela de arte y busca esculturas para su nuevo museo, y cuando ve la escultura de Bob Esponja promete dar dinero, fama, fortuna y lo que el creador quisiera.

• Tony Rápido y Tony Rápido Jr.: es un conocido piloto de carreras de automóviles, junto con su hijo que iba a la escuela de conducir, pero se cambió de escuela por un accidente.

• Grupo Chicos que lloran: es la banda favorita de Perlita, Calamardo y otros adolescentes. Es una parodia de los Jonas Brothers y The Beatles.

• Ned y los peces aguja: es un grupo de Música rock que aparece en La Peluca. Ned es un calvo que para esconder su calva usa peluca, su última peluca la perdió y casi son despedidos pero Bob Esponja que tenía la peluca, la tira y Ned la encuentra y su rock fue tan bueno que todos aparecen con peluca, hasta los que tenían pelo; Bob Esponja se sintió traicionado después de eso y Patricio le deja una.

• Los revienta burbujas: el grupo de chicos malos de la ciudad de Nueva Alga. Allí Bob Esponja los derrotó y se convirtió en alcalde de la ciudad de Nueva Alga.

• Ahhh: Solo aparece en el especial de las Leyendas de Fondo de Bikini. Apareció en el episodio El monstruo que llegó a Fondo de Bikini.

• EsponjaGarr: Es el ancestro de Bob Esponja en la prehistoria.

• Sir Esponja: Es el ancestro de Bob Esponja en la era medieval.

• Buck Esponja: Es el ancestro de Bob Esponja en el viejo oeste.

• PatGarr: Es el ancestro de Patricio en la prehistoria.

• Sir Estrella: Es el ancestro de Patricio en la era medieval.

• Patricio Revere: Es el ancestro de Patricio en el viejo oeste.

• Medusa: son criaturas rosadas con manchas, algunas son de color verde, amarillo y rojo. Otro más conocido el azul (que Bob Esponja trata de atrapar, le dice "sin nombre" pero por fin, le llama "Amiga"), tienen la jalea de medusas por dentro, pero sus picaduras son molestas, viven en el campo de Medusas. No son mascotas, son criaturas salvajes análogas a las abejas, hay varias especies de medusas. Probablemente sean Chrysaora fuscescens.

• Nematodos: son unas lombrices traviesas que devoran de todo, en el capítulo Hogar dulce Piña, los Nematodos devoraron la casa de Bob al volverse una semilla e iba a mudarse con Mamá y Papá. Al final, luego de plantar la semilla y con una lágrima de Bob, su casa de Piña vuelve a crecer.

• Manchitas: es la mascota de Plankton, aparece por única vez en el episodio La Mascota de Plankton, Manchitas es una amiba de color verde grisáceo, en el episodio se pierde y aparece en la córnea de Plankton. No vuelve a aparecer, aunque Plankton se encariña con ella. Al parecer es análoga a un perro.

• Señor Tutú: es el gusano de Don Cangrejo. Es un gusano que al parecer es análogo a un perro y no deja de babear aunque sea la mascota de Don Cangrejo nunca se le ve en la casa de este. No aparece mucho en la serie, apareció en un episodio en el que Gary prefiere estar con Patricio (que al final solamente estaba con él por una galleta en su pantalón) y Bob Esponja lo toma prestado de Don Cangrejo, sin embargo este se escapa en un autobús.

• Gusanito: es el gusano de Arenita. Se vuelve mejor amigo de Bob Esponja y Patricio, se convierte en mariposa monarca y todos creen que es un monstruo. Bob Esponja y Patricio regresan al domo de Arenita creyendo que la mariposa lo comió.

• Rocky: el caracol de Patricio que compitió contra Gary y Snellie en "La gran carrera de caracoles". Aparentemente es una roca, pero al final ganó la carrera. Según Patricio, tiene «nervios de acero».

• Snellie: el caracol de Calamardo que compitió contra Gary y Rocky en "La gran carrera de caracoles". Casi gana, pero regresa para consolar a Gary.

• Misterio: es un caballo de mar verde de Bob Esponja, al ver por primera vez comiendo una flor que Bob lo está sembrando por intento, luego el caballo asusta a los clientes que Don Cangrejo le pidió a Bob que no estaría en el Krusty Krab, pero se escondió, y causó problemas: se comió las Cangreburgers (Que lo puso enfermo), la estufa, la espátula, el sombrero de Bob y al viejo Jenkins.

• Oso Marino: no se parece a los osos marinos sino mitad oso y mitad pez. Es un animal que atacó reiteradas veces a Calamardo, odia que toquen mal el clarinete, mover la linterna para atrás y adelante, pisar fuerte, el queso en cubos (en rodajas si), usar sombreros mexicanos de una forma ridícula (al revés), zapatos de payaso, faldas hawaianas y que se hagan pasar por un chimpancé; recomendaciones frente al ataque de un oso marino: no salir corriendo, no caminar tranquilamente, no gatear, dibujar un círculo en el suelo, no un óvalo, no sirve. Generalmente atacan más de una vez. Les gusta que les hagan cosquillas en la barriga y la miel de medusas.

• Pez león: no se parece a los leones marinos sino mitad pez y mitad león, en el episodio Bob Esponjus, se alimenta de embutidos cuando Bob Esponja salva a Patricio.

• Lombriz Toro de Alaska: es un gusano gigantesco y rosado que viene de Alaska, come todo Fondo de Bikini, Arenita le ataca a él, porque le comió la cola, pero Bob Esponja tiene miedo, y trata de detenerlo. En el videojuego Creature from the Krusty Krab un mundo entero está ambientado dentro de él.

• Rinoceronte Marino: animal mitad rinoceronte y mitad pez, son atraídos por los ataques de osos marinos, y para evitar su ataque se debe usar calzones anti-rinocerontes marinos.

• Hoopsy Woopsy: es un animal raro, salvaje y viscoso que Bob Esponja adoptó para hacer compañía a Gary. A primera vista parece adorable, pero si lo dejan con otra mascota, se vuelve un monstruo. Solo aparece en el capítulo Un amigo para Gary.

• Apestosos: son animales peludos con una hoja en la cabeza y una nariz como la de Calamardo. Al principio Bob Esponja y Patricio piensan que Apestosín es otra especie pero en verdad es Calamardo. Al final se sabe que hay más de un Apestosín.

• Conejo de mar: Apareció en el episodio Cacería de conejos donde invadía el jardín de Calamardo, Bob Esponja liberó al pobre animal del bosque y lo llevó a su casa, donde le dio de comer la comida de Gary, pero estaba podrida. Entonces seguía hambriento y se comió todo lo de la casa y cuando Bob regresó, asombrado del desorden, colocó salsa picante a prueba de mordiscos, y el conejo lamió todo pero escupió fuego, quemando casi las tiras cómicas de Bob Esponja. Patricio quedó atrapado en los cojines del sillón y fue de cacería, pero el conejito hizo amistad con otro que Bob compró en la tienda de mascotas, bailaron un tango y tuvieron hijos que atormentaron a Calamardo y destruyeron su casa, pero un conejo abrió la ventana, e imitó a Calamardo estirando su nariz y tocando el clarinete.

• Gaviotas: Son aves que habitan en la superficie terrestre, aparecen en el episodio Presión donde atacan a Bob Esponja y sus amigos al subir a la superficie en tierra firme hasta que son rescatados por Arenita dejándolas desplumadas al final de episodio, en la segunda película aparecen como mascotas secuaces de Barba Burger, quienes además les gusta cantar la canción de Bob Esponja, Kyle es la líder del grupo de gaviotas de Barba Burger.

• Almeja: es una almeja encerrada en una jaula, siempre aparece en el cuarto de Bob Esponja, Se puede decir mascota de Bob. Nunca se ha visto interactuar con Bob Esponja ni con Gary. Apareció por primera vez en el episodio piloto Se busca ayuda.

• Bob Esponja

• Patricio Estrella

• Calamardo Tentaculos

• Eugene H. Cangrejo

• Arenita Mejillas

• Sra. Puff

• Sheldon J. Plankton

• Karen Plankton

• Perlita Cangrejo

• Gary el Caracol

• Larry la Langosta

• Narrador Francés

• Sireno Man

• Chico Percebe

• Holandés Volador

• Rey Neptuno

• Patchy el Pirata

• Róbalo Burbuja