En 1926 se realizó el segundo torneo de Copa organizado por la Federación de Fútbol de Costa Rica, bajo el nombre de Copa Camel, Liga Deportiva Alajuelense se alzó con su primer trofeo oficial.^[15]​ Alajuelense se proclamó campeón del torneo al vencer en la final a La Libertad en la final con marcador de 2-1.^[16]​ En 1928 obtiene su segunda Copa bajo el nombre de Argentor y el primer campeonato de la primera división, de la mano de jugadores como Salvador Indio Buroy y Alejandro Morera Soto, que de paso fue el primer goleador del equipo en un torneo oficial, con 4 tantos en el torneo de Copa de 1926.^[17]​ Alajuelense se proclamó campeón del torneo al vencer en la final al Orión F.C. con marcador de 1-1, 3-1. Para los alajuelenses esa temporada fue redonda porque además de ganar su primera liga nacional, ambos torneos de forma invicta, consiguieron otra de las grandes goleadas de los campeonatos nacionales, un 8-0 ante Juventud. El regreso del mago del balón del balompié cubado coincide con la consolidación de uno de los mejores equipos manudos de todos los tiempos.^[18]​^[16]​^[19]​^[20]​

Alajuela realizó una gira exitosa por México en 1931, de paso fue el primer equipo costarricense en ganar en el extranjero. El resultado fue 6 juegos, 3 victorias, 2 empates y solo una derrota con 19 goles a favor y 13 en contra. Destácan las victorias ante el América y la goleada al Marte.^[21]​^[22]​

En septiembre de 1931, luego de la visita a Costa Rica por parte del Marte de México, estos invitan a L.D. Alajuelense a realizar una gira para enfrentar a los mejores equipos del balompié mexicano, esto ante la admiración que les generó el encuentro con el club tico. Es así como es aceptada la invitacion y enviada una delegación rumbo a Acapulco, para luego llegar a Ciudad de México. La delegación estaba compuesta por Enrique de Mezerville, Ricardo González, Arturo Alfaro, Guillermo Coto, Jesús Rojas, Jorge Luis Solera, Francisco Solé, José Joaquín Soto, Mariano Rodríguez, Santiago Bonilla, Francisco Álvarez, Salvador Soto, Eduardo Rojas, Alejandro Morera Soto, Antonio Hutt y Hernán Bolaños.

En 1932 los manudos son invitados para jugar en Perú donde también actuaron ante los más grandes como el Universitario y el Alianza Lima.^[23]​

En 1937 se proclama campeón de Copa al vencer al Herediano en la final (5-1), nuevamente el goleador del certamen fue Alejandro Morera Soto con 6 anotaciones.^[24]​^[25]​ Los manudos coronaron con éxito su sueño de convertirse de nuevo en campeones en 1939. A destacar el excelente promedio de triunfos del conjunto rojinegro, ya que la Liga venció en todos sus compromisos a excepción de los partidos ante el Club Sport La Libertad (2-4) y el Herediano (1-1), todos los restantes juegos fueron ganados inobjetablemente, Alejandro Morera Soto logra el primer título de goleo de un jugador de L.D. Alajuelense al conquistar 23 anotaciones.^[26]​^[27]​

Una hazaña que no ha sido igualada y por supuesto tampoco superada ocurrió en 1941, cuando Alajuelense logró imponer una marca sin precedentes. La superioridad de los rojinegros durante el torneo se demostró de principio a fin. La hazaña se refiere a que La Liga ganó cada uno de sus partidos en el Campeonato Nacional y tuvo un rendimiento perfecto. Los erizos logran así un importante récord en el fútbol de Costa Rica, ganando todos sus juegos, consagrándose campeón en forma invicta, marca que se mantiene vigente hasta la actualidad.

Como era costumbre por aquellos tiempos el campeón nacional casi siempre también lograba adjudicarse el torneo de copa y en esta ocasión no hubo excepción, Alajuela consigue la Copa Borsalino (tercer título) de la Federación Nacional de Fútbol al derrotar en la final por dos goles a cero a La Libertad. Uno de los principales factores que incidieron para que los liguistas tuvieran un renovado juego fue la llegada de nuevas y jóvenes figuras lideradas por el incansable e inagotable Salvador Soto.^[28]​

El estadio de Alajuela es inaugurado el 18 de enero de 1942, ubicado en Barrio Montenegro de la Provincia de Alajuela, con esto el club erizo contaría con recinto propio. El primer juego llevado a cabo fue el 18 de enero de 1942 ante Cartaginés, con victoria 2-1 de los locales.

En 1944 se jugó la primera edición de la Copa Gran Bretaña (decimoquinta edición de los torneos de Copa en Costa Rica) que fue ganada por L.D. Alajuelense al vencer en la final a la Gimnástica (4-3), el partido fue dedicado al entonces presidente de Costa Rica, Teodoro Picado, una vez más el goleador de copa fue Alejandro Morera Soto con 7 goles. Ese año consigue por primera vez el torneo relámpago.^[29]​ Para el torneo de 1945 los liguistas consiguen revalidar el título el torneo relámpago al imponerse por 2-0 en la final al Club Sport Herediano. Propiamente en esa temporada de liga, el equipo de la ciudad de los mangos libró junto al Orión una dura batalla por obtener el cetro, tanto así que el título se definió por solo un punto de diferencia. El torneo fue intensamente disputado, destacaron en esa lucha además de manudos y orionistas las escuadras de la Universidad de Costa Rica y el Club Sport La Libertad, al final el conjunto erizo se quedaría con el campeonato de 1945. Alajuelense gana la Copa Gran Bretaña en 1948 al vencer en la final a La Libertad (5-2).^[30]​

En 1949 además del torneo de liga ganado por Alajuelense con estrecho margen de un punto por encima del Orión, se disputaron dos torneos más. La Copa Gran Bretaña fue el primer trofeo por el que lucharon los ocho clubes integrantes de la primera división en 1949 y el cual también lo ganaron los erizos al derrotar en la final a la Gimnástica Española con marcador de tres goles por uno, José Retana quedaría goleador con sus 3 anotaciones. El nuevo clásico del fútbol nacional entre Alajuelense y Saprissa se jugó por primera vez en la temporada de 1949; el 12 de octubre de 1949. El triunfo le sonrió a los manudos con pizarra de seis goles contra cinco; el primer gol lo marcó Galleta Molina del Alajuelense.^[31]​ Un 27 de octubre de 1949 la junta directiva organiza la marcha del ladrillo con la intención de que cada estudiante del cantón central de Alajuela aporte un ladrillo para la construcción de las tapias del estadio de Alajuela, por iniciativa del profesor Armando Mórux. En 1953 concluyen las obras con la recolección de 1.132.012 ladrillos. En 1949 también empieza la construcción de las graderías de cemento de los sectores norte, oeste y este.^[32]​^[33]​

En el torneo de 1950 se notaba una fuerte rivalidad que empezó para el torneo de 1949 donde ya se vislumbraba a corto plazo una futura competencia entre el Alajuelense y el recién ascendido Saprissa. Para este certamen La Liga mantiene a Salvador Buroy en el banquillo, realizando una primera vuelta sensacional. Los pupilos de Buroy repiten el título. Los rojinegros dejan el protagonismo en la retaguardia de un equipo que encaja el menor promedio de anotaciones para un campeón en las últimas diez temporadas. Alajuelense se queda con el cetro, donde figuraba Francisco Paco Zeledón, quien quedó como goleador con 19 anotaciones. También fue un año lleno de anécdotas en el plano internacional, una de ellas, quizás de las más brillantes de su historia balompédica sucedió el 25 de diciembre de 1950 cuando visitó Costa Rica el poderoso e histórico club argentino Boca Juniors. Los bosteros no pudieron pasar del empate a uno debido a la soberbia actuación del portero rojinegro Carlos Aguilucho Alvarado quién simplemente fue el protagonista ese día, en uno de los juegos más emocionantes que se hayan presenciado sobre la gramilla del Estadio Nacional. Ese empate se suma a la victoria por 6-0 ante al Génova de Italia que también visitó Costa Rica el mismo año, eran hasta ese momento las dos hazañas más representativas de un club nacional frente a equipos foráneos.^[34]​^[35]​^[36]​

1954 marcó en la historia en los campeonatos nacionales de fútbol de Costa Rica, ya que este fue el primer torneo en declararse desierto, esto debido a la falta de planificación de los encuentro tanto del campeonato nacional, encuentro de la selección, así como de series internacionales con equipos extranjeros que visitarían el país. Lo más destacado en 1955 para el cuadro manudo sería una victoria ante el FK Austria Viena por 2 a 1 en el Estadio Nacional, que llegó al país para efectuar una corta seguidilla de partidos.^[37]​ Con el fin de darle tiempo y un debido entrenamiento a la Selección de fútbol de Costa Rica en la preparación, se sacrificó un tanto el campeonato de 1955, el cual tuvo un retraso significativo en cuanto a su finalización y entonces la Federación de Fútbol dispuso declarar el campeonato de 1956 como desierto nuevamente.^[38]​^[39]​

Lo más destacable en 1956 sería el campeonato de goleo de Juan Ulloa con 3 tantos en el torneo de copa y la victoria sobre el conjunto brasileño de Gremio 3-1 en el Estadio Nacional, en 1957 Juan Soto logra el título de goleo con 12 tantos, además no pasaría desaparcibido un empate a 0 goles ante el poderoso Botafogo, con la prescensi de jugadores como Nílton Santos, Didí, Garrincha, entre otras figuras. En 1958 se coronó campeón el Alajuelense, La Liga logrará conseguir el bicampeonato frente al mismo rival para 1959, la Sociedad Gimnástica Española en un certamen reñido y de grandes actuaciones individuales generó gran expectativa hasta la penúltima fecha, cuando La Liga se asegura el título. En 1958 lograron el título al derrotar a los rojos y en 1959 sucedió lo mismo cuando los erizos los derrota un gol por cero en juego correspondiente a la tercera vuelta, conseguido por a un entrenador chileno que revolucionó el fútbol nacionalcon nuevas metodologías. Dentro de la ilustre y brillante cadena de triunfos de la institución rojinegra no se puede dejar de lado la consecución por primera vez en su historia de un tricampeonato nacional en 1960. Los manudos exhiben una contundencia y regularidad que no dan oportunidad a sus adversarios. A pesar de tener la gira mundial muy cerca, los jugadores se entregan en cada encuentro en procura del tercer título consecutivo y el noveno de su historia. José Luis Soto quedaría como goleador de primera división en 1958 con 21 goles, en 1959 Juan Ulloa lo conseguiría con 18 anotaciones, el mismo Ulloa repetiría en 1960, esta vez logrando 19 tantos. En el ámbito internacional y aunque estaba en la retina de todos la descalificación para participar en el Mundial de Suecia, los equipos de Costa Rica continuaban dando de que hablar con buenas y halagadoras victorias como la que propinaron los campeones manudos al Emelec de Ecuador por tres tantos a uno o al Malmö de Suecia por dos a uno. El 1959 partifica en el primer Campeonato Centroamericano, también conocido como Campeonato de Centroamérica y México, el cual fue el primer intento de organizar una competición entre clubes de fútbol pertenecientes a la zona de América del Norte, América Central y el Caribe. Este torneo fue el precursor de la Copa de Campeones de la CONCACAF.^[40]​^[41]​^[42]​

Alajuelense emprendió una gira^[43]​ alrededor del mundo en 1960^[44]​. El agotador trayecto duró 78 días, entre el 17 de septiembre y el 5 de diciembre de ese año. El conjunto rojinegro celebró 24 partidos en 12 naciones de América, Europa y Asia.^[45]​ En esos continentes registró 14 victorias, tres empates y solo siete derrotas, con 71 goles anotados y 47 encajados. Destacan los encuentros ante el PSV Eindhoven (empate a 3 goles en el Estadio Philips) y el West Ham United en el Upton Park.^[46]​^[47]​

El técnico a cargo del equipo era el chileno Hugo Tassara, el empresario a cargo de la gira con más juegos disputados y continentes visitados de la historia por un club de Costa Rica era Max Gold.^[48]​^[49]​^[50]​

El plantel estaba conformado por Carlos Alvarado, Felipe Induni (refuerzo de Saprissa). Orlando Chambers, José Manuel Villalobos (refuerzo del Herediano), José Luis Quesada, Francisco Montanaro, Édgar Barrantes, Álvaro Bari Vega, Eduardo Albella Salas, Isaías Macatre Esquivel, Marvin Rodríguez (refuerzo de Saprissa), volantes. Walter Pearson, Juan Ulloa, Juan José Gámez, Carlos Enrique Herrera, Rubén Rata Jiménez (refuerzo del Saprissa), Guillermo Tierra Acuña, Oldemar Bolaños.^[51]​

Entre los goleadores de la gira destaron Juan Ulloa (24), Carlos Cuca Herrera (17). Rubén Rata Jiménez (11), Walter Pearson (7). Juan José Gámez (6), Guillermo Tierra Acuña (4) Marvin Rodríguez (2).

La visita del conjunto rojinegro en 12 naciones de América, Europa y Asia se traduciría como la gira internacional de un club costarricense con más juegos en la historia.^[45]​

Partidos destacados durante la gira mundial.

Los alajuelenses también coronaron con éxito algunos logros significativos para Costa Rica; el primer cetro internacional (invicto) de un once nacional fuera de Costa Rica en el Centroamericano y del Caribe de 1961.^[52]​^[53]​^[54]​ A pesar de quedarse en el camino en el primer torneo de clubes de CONCACAF en 1962, Alajuelense logró una nueva hazaña a nivel internacional al empatar con la Selección Nacional de la Unión Soviética (1-1) que se aprestaba a participar en el Mundial de Chile y que visitó Costa Rica en mayo de 1962, figura además una vicroria ante el Cruzeiro de Brasil 2-1. En posteriores años el club erizo se tuvo que conformar con el título de goleo de copa de 1963 de René Rodríguez (3) y los campeonatos del histórico goleador Errol Daniels en 1964 (24 goles) y 1965 (31 goles).^[55]​^[56]​

Diecinueve años después de la última final en el fútbol costarricense, vuelve a ser necesaria una serie para dilucidar cuál equipo se coronará campeón nacional. En una de las finales más recordadas de la historia, un golazo de Edgar Nuñez deja tendido al Deportivo Saprissa en el último minuto del torneo, cuando la afición morada apenas se contenía para entrar al campo. Errol Daniels se queda no solo con el campeonato nacional sino también con el de goleo, al registrar 30 anotaciones; era el preámbulo de un récord histórico para el artillero manudo.^[57]​

El 20 de julio de 1966 en la sesión ordinaria 2776 de la Municipalidad de Alajuela, se acordó bautizar el Estadio de Alajuela con el nombre de Alejandro Morera Soto, en una sesión llevada a cabo por César Rojas Ulloa (presidente municipal) y por el resto del consejo presente. Proyecto que se gestó el 18 de abril de 1938, cuando en la sesión de junta directiva de ese año el directivo Carlos Bolaños propuso la idea de adquirir los terrenos para contar con una cancha propia. La segunda edición de la Copa Campeón de Campeones del fútbol de Costa Rica fue realizada en 1967, el campeón nacional de 1966, la Liga Deportiva Alajuelense se enfrentó al Barrio México monarca del torneo de Copa de 1967 (llamada Copa Costa Rica 1967), el partido fue realizado en el Estadio Nacional y finalizó 1-0 a favor del Alajuelense.^[58]​ Este sería el primer título de Campeón de Campeones de Alajuelense y la octava Copa Nacional. En esta misma temporada Errol Daniels impondría un récord nacional, consigue el título de goleo con 41 anotaciones. Para 1968 Daniels conseguiría otro récord, esta vez se convertía en el primer y único goleador en obtener cinco títulos de goleo de forma consecutiva (consiguió 24 goles esa ocasión). Roy Sáenz obtiene el título de goleo de 1969 con 24 tantos.^[59]​

Alajuelense y Saprissa en calidad de campeón y subcampeón respectivamente del campeonato de 1970 obtuvieron el boleto para jugar en el primer Torneo de la Fraternidad Centroamericana (que posteriormente paso a llamarse Copa Interclubes de la Uncaf) a disputarse en diciembre de 1970; sin embargo Alajuelense declinó participar y su lugar fue ocupado por el Herediano. Ni rojiamarillos ni morados pudieron contra el Comunicaciones chapín que al final se proclamó como campeón. Ese año Alajuelense enfrenta al Werder Bremen de Alemania, el juego termina con empate a 1 gol, también al Santos de Brasil (3-4). Nuevamente Daniels logra el campeonato de goleo e impone otro récord, de esta forma se convierte en el jugador como más títulos (6 en total) de este tipo en toda la historia del fútbol costarricense, sumado al campeonato del conjunto erizo, un equipo contundente que se da el lujo de propinar al menos una goleada de cinco goles o más a casi todos sus rivales. Para el campeonato de 1971 Alajuelense obtiene el título 12 para sus vitrinas, en la primera final que se requiere de lanzamientos desde el punto de penal que es protagonizada por los acérrimos rivales. Alajuelense conquistaba el bicampeonato en 1970, siendo Roy Sáenz el goleador del torneo con 29 goles, curiosamente el octavo campeonato de goleo consecutivo conseguido por un jugador de un mismo, en este caso de Liga Deportiva Alajuelense.^[60]​^[61]​^[62]​

En 1974 se organizó la edición 38 del torneo de copa de Costa Rica, con el nombre de Copa Metropolitana; organizada por la Federación Costarricense de Fútbol. Alajuelense alcanza dicho torneo bajo la dirección técnica de Hugo Tassara tras superar al Deportivo México (2-1 y 2-1), Universidad de Costa Rica (3-1 y 3-1) y Herediano (2-1 y 4-1), Alfredo Piedra sería el goleador de la copa con 6 tantos. Este sería el noveno título de Copa del cuadro erizo.^[63]​^[64]​^[65]​ En 1975 Óscar Emilio Cordero queda goleador de campeonato nacional con 17 goles. La tercera edición de la copa Juan Santamaría fue realizada en 1977 (edición 41 de los torneos de copa de Costa Rica), Liga Deportiva Alajuelense venció en la final, disputada a doble partido a Guanacasteca (1-2 y 3-1), este sería el décimo título de Copa del cuadro manudo.^[63]​^[66]​

Las cargas de la pretemporada cobran su precio y el equipo debe venir desde atrás para conquistar de nuevo un cetro. Alajuelense terminó con un récord de 49 juegos de no perder como local; marca que desde temporadas atrás estaba en su poder y finalizó el 8 de junio de 1980 ante Ramonense (0-1). Los manudos acompañaron a los florenses, brumosos, norteños y porteños a la pentagonal final que ganaron ahora sí con solvencia los erizos, quedándose con el invicto invicto y el primer lugar; con esto forzaba una final a dos juegos extras por el título contra el team florense, ambos fueron ganados los rojinegros un gol por cero obteniendo un campeonato que llegó a borrar nueve años de frustraciones y que al principio parecía difícil e inalcanzable. Carlos Torres consigue además el goleo para el conjunto erizo gracias a sus 17 anotaciones.^[67]​^[68]​

Sería la primera vez en que manudos y florenses se enfrentaban en una final y la primera ocasión que el Herediano perdía una por campeonato nacional. El partido de ida se jugó en el Estadio Alejandro Morera Soto un 8 de marzo de 1981, el único tanto correspondió al lateral Nelson Bastos. La vuelta se llevó a cabo en el Estadio Nacional de La Sábana donde nuevamente Alajuelense gana el juego por la mínima a falta de 3 minutos para el final, con anotación de Jorge White en la primera parte. Así Alajuelense logra volver a obtener un campeonato luego de 9 años.

Puesta en marcha la edición número 63 del campeonato costarricense los aficionados hacían sus pronósticos sobre quien sería el nuevo monarca. Al final Alajuela tuvo los méritos suficientes para llevarse de nuevo el cetro, lo logró sin necesidad de jugar una final igual que el año anterior aunque esta vez su lucha no fue contra el Municipal Puntarenas sino con el Saprissa.^[69]​

Para el campeonato de 1983, la Liga Deportiva Alajuelense sería el animador de ese año, donde gana la primera vuelta; la supremacía se repite en la pentagonal. Es así como en el último juego de la segunda fase vence contundentemente a Puntarenas en el Morera Soto y celebra el título 14. La historia se repite para 1984, el equipo rojinegro ya había aprendido de lecciones del pasado y nuevamente se lleva ambas fases: las cuatro vueltas de la primera ronda y nuevamente domina la pentagonal final, para conquistar el título de 15 de su historia sin necesidad de una final. Jorge Gugui Ulate queda como goleador con 20 anotaciones, el título de artilleno nacional lo repetiría en la temporada de 1985 con 23 goles.

El primero de estos títulos tiene lugar en 1986. Bajo la dirección técnica del checoslovaco Josef Bouska, La Liga debuta frente al Juventud Retalteca de Guatemala (1-1 y 2-0).Posteriormente, elimina en las siguientes etapas al Alianza de El Salvador (1-0 y 1-1) y en semifinales al Pembroke Hamilton de Bermudas (4-0 y 0-1). Como el Transvaal de Surinam tiene problemas para organizar el encuentro de ida de la final, la Concacaf y los clubes acuerdan disputar ambos encuentros en Alajuela. El 7 de febrero de 1987, el partido es de una sola cara y termina 4-1, con goles de Luis Neco Fernández al minuto 17. Jorge Gugui Ulate al 30, José Carlos Chaves al 59 y Juan Cayasso al 80 desde el punto de penal. El tanto del honor los visitantes es obra de Godhed al 22. tras aprovechar un despiste de la zaga manuda y fusilar a Alejandro González, quien, aparte de esa acción, disfruta de una noche placentera.

En el partido de vuelta, cuatro días después, el Transvaal ofrece más resistencia, pero la diferencia también hace que La Liga se dosifique en el terreno de juego. Esta situación propicia un tremendo susto, pues, al minuto de iniciado el segundo tiempo, el cuadro de Surinam se pone arriba 0-1. Bouska reacciona y hace ingresar a Neco Fernández. El volante tiene apenas tres minutos en el campo cuando empata el marcador. Poco después, es Cayasso quien consigue el eventual tanto de la victoria con un espectacular lanzamiento de tiro libre. La Liga se convierte de esta manera en el primer equipo costarricense en alzar el trofeo de la Concacaf, boleto para disputar la Copa Interamericana frente al monarca de la Copa Libertadores.^[70]​^[71]​

El Colonia F.C., segundo lugar entonces de la Bundesliga, estaba aquí de pretemporada con miras al reinicio del torneo, para aprovechar las condiciones climáticas de Costa Rica y alejarse unos días del severo invierno de su país. Aquí, entre el 27 y el 31 de enero del 88, cayó 0-1 con la Selección de Costa Rica y 1-2 ante Alajuelense.^[72]​ Un 25 de julio del 1987 Liga Deportiva Alajuelense recibía a nada más y nada menos que al River Plate de Argentina por el primer partido de la final de la Copa Interamericana. En aquel 164º aniversario de la anexión del partido de Nicoya, se jugaba el partido hasta ese entonces el partido más importante por una competición oficial para un club tico. Alajuelense en el 86 se había convertido en el primer equipo costarricense en ganar la Copa de Campeones de la Concacaf; por otro lado River llegaba como campeón de la Copa Libertadores de América ese mismo año. Además, el equipo millonario contaba con jugadores que habían ganado el mundial llevado a cabo en México 1986. La única baja para los argentinos fue el lateral Rubén Gómez, afectado por un fuerte cuadro gripal. El día del encuentro, con un Estadio Alejandro Morera Soto a completamente lleno. Al final el marcador no pasó del empate a cero goles, un resultado que dejaba la serie abierta de cara al encuentro de vuelta en Buenos Aires.^[73]​^[74]​^[75]​

El campeonato de fútbol de 1990, se considera la edición número 71 de Primera División de Costa Rica en disputarse, organizada por la Federación costarricense de fútbol. El último torneo desierto ocurrió en 1990, en aquella vez, la preparación de Costa Rica hacia su primera Copa del Mundo, en Italia, hizo que se le diera el espacio de trabajo al conjunto patrio, por lo que el torneo de 1989, concluyó hasta después del mundial y ya no hubo tiempo de jugar una temporada en los 3 meses que restaban del año.

La década de los 90s marca más de la rivalidad entre Saprissa y Alajuelense, donde ambas escuadras dominarían no solo en cuanto a la obtención de campeonatos en esta época sino que también en enfrentamientos en finales es bastante común. Los rojinegros salieron campeones del Ricardo Saprissa para la temporada de 1991. La fiesta manuda fue en la casa del archirrival. Los erizos arrollaron en la serie, la ida fue en el Morera Soto, y con goles de Ricardo Chacón y Mauricio Montero por la vía del penal, los liguistas derrotaron al Deportivo Saprissa 2-1. En la Cueva, el silencio lo puso Austin Berry al 50' ganando también el segundo juego esta vez 1-0, así Mauricio Montero levantó el campeonato número 16 para Alajuelense.^[76]​^[77]​^[78]​^[79]​

La fórmula del campeonato vuelve a variar. Los equipos se enfrentan todos contra todos, a dos vueltas. pero en esta oportunidad hay tres grupos de cuatro integrantes. Los dos primeros de cada uno clasifican a la hexagonal. Los ganadores de cada etapa se enfrentarían en una final. Alajuelense no consigue ganar la primera fase, sin embargo se repone finalizando esta etapa, lo que le alcanza para llevarse la hexagonal en el estadio de Tibás ante su archirrival contra todo pronóstico, evitando la celebración del cuadro morado, lo que desata el enojo de la afición local y así forzar nuevamente a una final nacional contra Saprissa. El 21 de junio se realiza el primer encuentro de la final ante poco público en el Estadio Ricardo Saprissa, el empate a cero es el justo y todo quedaría para el último juego de la temporada. Una semana después en el Morera Soto, este se hace pequeño para recibir a los miles de aficionados. Óscar Ramírez, es quien con un soberbio remate deja sin opción al guardameta saprissista, un tanto que lleva el trofeo número 17 de monarca de la máxima categoría a las vitrinas rojinegras.^[80]​^[81]​^[82]​^[83]​^[84]​ La racha de los erizos de los 33 partidos hilvanados entre los años 1992 y 1993 donde no sufrió caídas en 33 partidos (15 victorias y 18 empates), se convertiría en la mejor de la historia en el fútbol de la Primera División. La seguidilla empezó con un empate a uno, en el Alejandro Morera Soto, ante Guanacasteca el 19 de enero de 1992; Finalizó el 20 de diciembre de ese mismo año. Cartaginés fue el victimario manudo (2 a 1), en el Fello Meza. Borussia Dortmund de Alemania llega a Costa Rica en 1994 con su equipo principal, al mando de su asistente alemán Michael Henke, el danés Flemming Povlsen, el argentino Leonardo Leo Rodríguez, el suizo Stéphane Chapuisat y los seleccionados alemanes Stefan Reuter, Matthias Sammer, Frank Mill, Steffen Freund y Karl Heinz Riedle. El conjunto alemán disputó en nuestro país la copa KLM, que sería ganada por Liga Deportiva Alajuelense. Alajuelense empató a cero goles ante el equipo alemán un martes 18 de enero de 1994, en el estadio Alejandro Morera Soto, de Alajuela^[85]​

A pesar de haber perdido la final de la temporada 1994-95 ante su más enconado rival el Deportivo Saprissa, tanto Badú y sus jugadores no desmayaron en volver a intentarlo, sin embargo el técnico manudo cuando agregó estas palabras a los medios de comunicación tras perder su primera final: Como técnico estoy satisfecho con mi trabajo, pero como liguista estoy triste sus lágrimas fueron testigo de esa derrota. La serie final ante Cartaginés se realizó el 21 y 31 de julio de 1996 en el Fello Meza y en el Morera Soto, respectivamente. En la ida los manudos vencieron de visita 1-3 con doblete de Froylán Ledezma y Bernal Mullins, y un empate a un gol en la vuelta le dio el título a los rojinegros. Para la temporada 1994-95 Juan Carlos Arguedas con 28 tantos quedaría como goleador nacional, Ronald Gómez con 27 goles lo conseguiría en la 1995-96.^[86]​^[87]​^[88]​^[89]​

Para ese mismo año jugaría la Copa Interclubes de la Uncaf (llamado torneo Grandes de Centroamérica), campeonato que ganaría tras ser el club que acumuló más puntos de la cuadrangular a doble juego; así conseguía el título regional por primera vez. El 16 de julio de 1997 sigue en la mente de los rojinegros. Para la temporada 1996-97 Alajuelense gana la primera fase y el grupo de la segunda fase hasta llegar a la final donde si lograba ganarla automáticamente sería campeón, sin embargo, Saprissa vence a los manudos y ante todos los pronósticos obliga a una final por el campeonato nacional. El primer juego no puede empezar peor para los rojinegros, donde en apenas 5 minutos ya estaba debajo en el marcador en San Juan de Tibás, pese a ellos Alajuelense remontó de manera espectacular en el Ricardo Saprissa gracias a los goles de Josef Miso y un doblete de Bérnal Mullins. La vuelta en Alajuela empató 1-1 y así se coronó una vez más y salva el campeonato que parecía perdido a pesar de que fue el mejor equipo durante todo el certamen. El eslovaco Josef Miso consiguió dos título de goleo, uno de la temporada 1998-99 de la Primera División sumó 21 goles y 7 anotaciones en el torneo de la Concacaf para la edición 1997-98.^[90]​^[91]​

La Liga Deportiva Alajuelense derrotaba 5-1 al Herediano en el Morera Soto y así se convertiría en el nuevo campeón de la temporada 1999-00 del fútbol de Costa Rica, ya que ganaba tanto el torneo de apertura como de clausura, lo que evitaba disputar una final, ese sería el inicio de una de las épocas más gloriosas de la institución. Ese mismo equipo sería además el primero y único club costarricense en disputar un torneo organizado por la Conmebol, la desaparecida Copa Merconorte (2000) donde tuvo una gran actuación, ocupando el quinto lugar, enfrentando a equipos como Atlético Nacional (campeón del certamen), Necaxa y Alianza Lima. Para el campeonato 2000-01, el equipo luce arrollador llevándose la primera fase con 11 puntos de ventaja sobre más cercano perseguidor. En la segunda mitad del certamen consigue ganar la hexagonal y la cuadrangular posterior, lo que permitía disputar la final del clausura ante el Herediano, si bien había perdido la ida por la mínima, en la vuelta confirmó que era el amo y señor de aquella época dando la vuelta con un contundente 3-0, simplemente avazallador de principio a fin consiguiendo el título sin necesidad de una final.^[92]​^[93]​^[94]​

La Liga Deportiva Alajuelense se proclama campeón de la temporada 2001-02 y consigue su segundo tricampeonato de la historia, 42 años después de haber logrado el primero. El torneo se jugó en dos torneos cortos (a dos vueltas cada uno, todos contra todos), apertura (ganado por el Santos de Guápiles) y clausura dominado por L.D. Alajuelense, lo que permitiría a este último disputar una final ante el equipo del Caribe. El primer careo entre los finalistas del campeonato nacional deparó un gran partido y un 2 a 2 justo. 3 días después en Alajuela, un 7 de mayo de 2002 el cuadro manudo vencería contudentemente. Con un 4 a 0 incuestionable Alajuelense pulverizó al Santos y se coronó tricampeón nacional del fútbol. Sin embargo, la aplastante victoria no admite otra realidad que el reconocimiento tácito del tres veces monarca nacional, que culminó en la noche gloriosa del Morera Soto su extensa campaña de certezas.^[95]​^[96]​ En el plano internacional fue el campeón de la Copa Interclubes de la Uncaf donde además Steven Bryce queda goleador (4), tras ser el club que sumara más puntos en la fase final disputada en Alajuela, Costa Rica para ganar el título por segunda ocasión. certamen que dominó de principio a fin, donde superó la primera ronda ganando su respectivo grupo también de forma invicta. Con estos resultados, el Alajuelense no solo gana el campeonato de la Uncaf 2002, sino que, obtendría un boleto automático para la Copa Panamericana del 2003 donde se mediría a clubes de la talla de Fluminense, Sao Paulo, Atlético Mineiro, Cruzeiro, sin embargo el torneo fue cancelado.^[97]​^[98]​^[99]​^[100]​^[101]​

La Liga Deportiva Alajuelense se proclama campeón de la temporada 2002-03 automáticamente, nuevamente sin necesidad de una final ya que consigue ganar ambas etapas, tanto clausura como apertura y consigue su primer tetracampeonato de la historia. El tetracampeonato llegó en tierras liberianas, la noche del miércoles 21 de mayo, con el empate a un tanto en el Estadio Edgardo Baltodano ante el Municipal Liberia, L.D. Alajuelense alcanzó el cetro de la temporada 2002-03, los rojinegros llegaron a 44 puntos, mientras que los florenses sumaron 36 y ya no lograban alcanzar a los liguistas en las dos fechas que restan del clausura. Víctor Nuñez quedaría como goleador del torneo de Uncaf de esa temporada con 4 tantos. Con 99 puntos en los 2 torneos en los que se dividía el campeonato, los muchachos de Jorge Luis Pinto se llevan de principio a fin el certamen y escriben su propia leyenda con el tetracampeonato.

Liga Deportiva Alajuelense escribió una página inédita y brillante de su historia: el tetracampeonato. Solo existían dos antecedentes de esta proeza manuda en los campeonatos de fútbol de Costa Rica: Herediano (1930-1933) y Saprissa (1972-1977). Este equipo del 2003 botó la marca rojinegra de títulos al hilo, llegó al cetro con 2 fechas de anticipación y por tercera vez en cuatro años no necesitó de una final para ganar el título.^[102]​^[103]​^[104]​

El campeonato de fútbol del 2004-05, fue la edición número 86 de Liga Superior de Costa Rica en disputarse, organizada por la Unión de Clubes de Fútbol de Primera División (Unafut). Para esta temporada se cambia el sistema de juego y se utiliza el empleado en 1997-98 dividiendo a los equipos en dos grupos. La diferencia es que la fase 2 se acorta e inicia en semifinales. La Liga Deportiva Alajuelense se proclama campeón de la temporada, este sería el último campeonato largo que conseguiría el club, debido a que 2 años más tarde se implementaría un nuevo formato de campeonatos cortos, donde se define un campeón nacional cada 6 meses.

Alajuelense se queda en el camino en el apertura, sin embargo, se repone en el clausura, donde consigue ganar el grupo respectivo, clasificar a semifinales y posteriormente a la final del clausura, donde enfrentaría a Saprissa. El primer juego ganaría Alajuelense por 1 a 0 en Alajuela, en la vuelta en Tibás consigue un empate a 2 tantos, suficiente para ganar el torneo y ahora si, diputar la final por campeonato nacional contra Pérez Zeledón (ganador del apertura). Alajuelense vencía a Pérez Zeledón 1-3, partido jugado en el Estadio Ricardo Saprissa. Un gol de Froylán Ledezma en el epílogo de la vuelta ratificó la superioridad manuda, Los rojinegros pasarían a ser el equipo con más títulos nacionales, con 24.^[105]​^[106]​^[107]​^[108]​

Para la edición correspondiente a 2004, L.D. Alajuelense obtuvo los máximos honores venciendo al Deportivo Saprissa, en una final tica. La 39.ª edición de la Copa de Campeones de la Concacaf, en la ronda final participarán 8 equipos. El ganador y el finalista representaría a Norteamérica, Centroamérica y el Caribe en la Copa Mundial de Clubes 2004^[109]​, sin embargo la FIFA decide la realización del torneo para el 2005 por falta de patrocinio. Alajuelense consigue su segundo título venciendo en una final al cuadro morado, a doble partido (con global de 5-1). En el primer duelo celebrado en el Estadio Rosabal Cordero en Heredia, quedaba igualado a 1 gol, anotando Wílmer López para el conjunto erizo. Para el juego de vuelta en el Estadio Alejandro Morera Soto, con anotaciones de Wílmer López, Froylán Ledezma y doblete de Alejandro Alpízar para un categórico 4-0. El cuadro dirigido por Javier Delgado alineó a Wardy Alfaro, Luis Marín, Michael Rodríguez, Esteban Sirias, Harold Wallace, Pablo Gabas, Luis Diego Arnáez, Wilmer López, Steven Bryce, Alejandro Alpízar y Froylán Ledezma.^[110]​

Los Mundiales de Clubes fueron concebidos en 1999 por la Federación Internacional de Fútbol Asociado (FIFA), con el propósito de reemplazar en forma definitiva a la Copa Intercontinental. Para el 2001 se programó una nueva versión del Mundial de Clubes, en España. Sin embargo, fue cancelada debido a que ISL (empresa de mercadotecnia deportiva), socio de mercadeo de la FIFA quebró en mayo del 2001. Se reprogramó la competencia para el 2003, pero junto a la edición del 2004 (para la cual estaba clasificada Liga Deportiva Alajuelense) tampoco fue realizada. Esto perjudicó directamente a los campeones de todas las confederaciones del orbe y, en particular, a los vencedores de la Copa de Campeones de la Concacaf de aquellos años.^[111]​

Para la edición del 2005 de la Copa de campeones de la Uncaf, Alajuelense conseguiría el tercer trofeo de este certamen venciendo en la final al cuadro del Olimpia de Honduras, una serie bastante disputada al punto de terminar por la vía de los penales. Los desaciertos cometidos durante los 90 minutos desaparecieron en la tanda de penales. La Liga tuvo mejor puntería y venció a Olimpia para ganar el título de campeón del istmo. Cabe indicar que Alajuelense es el superlíder de la tabla de todos los tiempos de la Uncaf.^[112]​^[113]​^[114]​^[115]​

Después de todos estos exitosos campeonatos, Alajuelense tuvo varias rachas de malos resultados, desde los años 2006 al 2010, Alajuelense siempre quedaba de segundo a tercer lugar. Unos malos resultados, que empañan el hecho de ser el primer club centroamericano en ir a la Copa Sudamericana, se dio cuando ganó el cupo por ser campeón de UNCAF, para jugar en dicho torneo del 2006, donde fue eliminado en octavos de final, a manos de Colo-Colo de Chile.

Al tener estas crisis empiezan una reorganización total al punto de que muchas figuras se fueron de la institución alajuelense. Y así empieza otro ciclo con jugadores muy jóvenes y talentosos donde termina consolidando la base para lo que sería la nueva era manuda y es en el torneo de Invierno del 2010 donde rompe esa sequía, con la obtención del título nacional número 25 contra el Club Sport Herediano, en una dramática final donde era impensable que se seguiría la sequía alajuelense que tuvo un torneo disputado. En el primer partido de la final en el Estadio del Herediano empatan a cero goles, en consecuencia todo se definiría en el Alejandro Morera Soto, pero en los minutos finales del primer tiempo el Herediano se pone al frente y se bajan las ilusiones manudas, fue hasta el minuto 88 donde logran el empate con una jugada del jugador Pablo Gabas. Después del empate se va a tiempos extras, posteriormente a penales y ahí es donde la Liga Deportiva Alajuelense gana la serie y alcanza un nuevo título nacional, sería el primer campeonato que conseguía bajo el formato de torneos cortos.^[116]​^[117]​^[118]​

La Liga Deportiva Alajuelense derrotó por 1-0 (2-0 global) a San Carlos Final del torneo de Verano 2011 y obtuvo así el vigésimo sexto título de su historia. Un solitario gol de Kevin Sancho a nueve minutos del final fue suficiente para que el Alajuelense se llevara la victoria ante un aguerrido rival que no pudo realizar la hazaña de remontar la desventaja de 1-0 que acarreaba del compromiso de ida. El partido también fue el último en la carrera deportiva del defensa alajuelense Luis Marín, jugador del club con más campeonatos conseguidos con 9, mundialista con Costa Rica en 2002-2006, quien a sus 36 años se retiraba de las canchas.^[119]​^[120]​

Para el Invierno 2011, Óscar Ramírez consigue nuevamente el título para la afición liguista, parecía que todos los aficionados al fútbol nacional estaban viendo la misma película de hace una año. Los lanzamientos desde el punto de penal vuelven a favorecer a Alajuelense, que consigue el tercer tricampeonato de su historia en el Estadio Eladio Rosabal Cordero, donde en tiempo regular ambos juegos quedaron empate a 1 gol.^[121]​^[122]​^[123]​^[124]​^[125]​^[126]​

La Liga Deportiva Alajuelense se coronó campeón del torneo de Invierno 2012, tras vencer al Herediano nuevamente, a pesar de que el argentino Ismael Gómez adelantó al cuadro rojiamarillo obligando a los tiempos extras en el juego de la vuelta, luego de anotar de penal. Los manudos se quedaron con el encuentro gracias a una agónica anotación de Álvaro Sánchez, para darle el campeonato al equipo de Alajuela.^[127]​^[128]​^[129]​ Para ese mismo año Liga Deportiva Alajuelense se consagra campeón de la I edición de la Supercopa, cuarta ocasión en la historia que un equipo del país se acreditaba el título de Campeón de Campeones. El juego lo resolvió Alajuelense con anotaciones Pablo Gabas y Kevin Sancho.^[130]​^[131]​

Para el Invierno 2013 Alajuelense se consagró como monarca de la Primera División, al vencer en lanzamientos de penal al Club Sport Herediano, ratificando a Óscar Ramírez como el técnico más exitoso del club. El marcador finalizó 0-0 en la etapa regular, al igual que en el partido de ida. De esta forma, el equipo erizo alcanzaba al Deportivo Saprissa como máximos ganadores de cetros en el balompié nacional, con 29 estrellas. Por el otro lado, Herediano confirmó que en series de este tipo no podía vencer a Alajuelense, pues en 3 torneos previos no logró vencer al equipo rojinegro. Ese mismo año conseguía un victoria histórica venciendo al poderoso equipo del América 1-0, en el propio Estadio Azteca y eliminándolo de La Liga Campeones de la Concacaf.^[132]​^[133]​^[134]​

Para el 2014, Liga Deportiva Alajuelense presentó un libro oficial de sus 95 años de historia, el cual recuerda los principales pasajes de la historia rojinegra, resumidos en un texto del periodista José Antonio Pastor. Para el Verano 2015, después de muchos años un jugador del cuadro erizo logra un título de goleo, lo consigue Jonathan McDonald con 19 anotaciones. Para el Invierno 2016, José Ortiz con 11 tantos queda goleador nacional. En el 2017 Alajuelense cambia la gramilla sintética del Estadio Morera Soto por una híbrida, sería la primera de América.^[135]​

Desde el 2016 el equipo ha pasado por problemas económicos por mal manejos de las finanzas. también se ha visto afectado a nivel deportivo produciendo una importante sequía de títulos desde 2014. A partir del 2017 a nivel financiero se ha logrado solventar los problemas económicos permitiendo al club competir por el título nuevamente^[136]​, también se inauguró el Centro de Alto Rendimiento ubicado en la zona de Turrucares de Alajuela, que cuenta con cinco canchas, tres híbridas y dos sintéticas, a este complejo se suma a las canchas ubicadas en la zona de Guápiles, donde entrenan niños desde muy joven con la filosofía impuesta por el club para su formación.^[137]​ En 2018 Róger Rojas se convierte en el primer goleador hondureño en Costa Rica^[138]​^[139]​, también se incluye un equipo en la Liga de Ascenso bajo el nombre de C. S. 11 de abril.​​​​​^[140]​^[141]​^[142]​^[143]​^[144]​

En el 2019 la institución rojinegra cumple 100 años desde su fundación, único equipo activo que además se mantiene como asociación deportiva.^[145]​^[146]​^[147]​

El 16 de marzo se presenta el uniforme^[149]​ que utilizará el primer equipo para la temporada 2019-20^[150]​, que será utilizado en el año del centenario^[151]​, desde 2018 comenzó a poner a disposición réplicas de uniformes utilizados por el club,^[152]​^[153]​^[154]​^[155]​^[156]​ se celebra día del liguismo^[157]​ con una actividad denominada Seguiremos Latiendo^[158]​^[159]​^[160]​^[161]​, y se realiza un juego de Leyendas del club ante otros figuras mundiales.^[162]​^[163]​^[164]​^[165]​ El 21 de septiembre se da inicio al festival deportivo Un Siglo Rugiendo iniciando con la tradicional LigaRun.^[166]​

El campeonato Nacional es dedicado a L. D. Alajuelense como motivo de su centenario.​^[167]​

Alajuelense vuelve al trono^[168]​, después de mucho tiempo^[169]​ de decepciones y de intentos fallidos, el equipo rojinegro acabó su sequía de siete años, consiguiendo en el Apertura 2020 el título 30^[170]​ de su historia venciendo a Herediano en la final de Segunda Fase a dos juegos con global 2-0^[171]​.^[172]​ Catorce años atrás, Alajuelense exportó un talento y recuperó a un referente, con el cartel de ser uno de los mejores jugadores del fútbol nacional.^[173]​ El regreso de Bryan Ruiz es una muestra más de que hay capítulos en la historia de Alajuelense que se repiten. Sucedió en 1925 cuando a los 16 años debutó un talentoso futbolista llamado Alejandro Morera Soto, que tenía tanta calidad que se fue a Cuba, donde entonces se practicaba el mejor fútbol de la región, tiempo después regresó y cuando volvió, fue una de las piezas indiscutibles para que Alajuelense al fin se coronara campeón, en 1928.^[174]​^[175]​^[176]​

Alajuelense derrota en la final a Saprissa por 3 a 2^[177]​, logrando su primer título en Liga Concacaf, consiguiendo su noveno trofeo internacional, sexto oficial.^[178]​^[179]​ Para 2020 Alajuelense se separa de CODEA para competir con su propia franquicia, también organiza su propia división menor femenina, en 2021 consigue su segundo título, pero esta vez bajo el nombre únicamente de Alajuelense en la final ante Herediano, el mismo año consigue el histórico campeonato de Clausura, ya que se convierte en el primer equipo en la historia del futbol femenino de Costa Rica de forma invicto, termina derrotando a Saprissa en la final 5-2.^[180]​

El club clasificó a esta competencia tras terminar mejor ubicado en la tabla de posiciones de la Temporada 2019-20 Liga Promerica de Costa Rica. El equipo comenzó su aparición en esta edición en la fase previa contra el Cibao de República Dominicana. El partido único se disputó en suelo costarricense, en el Estadio Morera Soto de Alajuela el 18 de noviembre de 2020 con victoria para los ticos de 3 por 0, para avanzar a la fase de octavos de final. En los octavos de final, su rival fue el San Francisco de Panamá. El partido único se disputó también en suelo costarricense, en el Estadio Morera Soto de Alajuela el 24 de noviembre de 2020, que terminó con victoria para los ticos por la mínima de 1 por 0 con anotación del jugador Jurguens Montenegro en la segunda parte. Así avanzó a los cuartos de final. En los cuartos de final, su rival fue el Real Estelí de Nicaragua, quién fue una de las sorpresas del certamen, el partido único se jugó el 1 de diciembre de 2020 en el Estadio Morera Soto de Alajuela, que terminó con victoria tica de 2 por 1, para avanzar a las semifinales del certamen y clasificarse a la Liga de Campeones de la Concacaf. En las semifinales, Olimpia de Honduras fue el rival de Alajuelense en esta instancia. El partido se jugó el 20 de enero nuevamente en el Estadio Morera Soto de Alajuela. Tras un disputado compromiso y que terminó con empate sin goles (0:0), se definió en la tanda de penales donde Alajuelense se impuso 5 a 4 para avanzar de esta forma a la disputa del cetro de campeón.^[181]​^[182]​

En 2021 se presentó el proyecto para su Nuevo Estadio, que, sería inaugurado en enero del 2025 de ser aprobado por los socios.^[183]​ En octubre de 2021 se inauguran las residencias Don Pedro del Centro de Alto Rendimiento, con capacidad para 70 jóvenes entre los 3 a los 20 años, cuenta con 50 habitaciones.^[184]​^[185]​

En el 2022, Las Leonas se proclaman campeonas nacional del Apertura 2022, obteniendo dos torneos consecutivos de forma invicta, consiguiendo el primer tricampeonato de la historia del futbol femenino, resultado de 18 juegos sin perder y un acumulado de 39 juegos invictas, donde ganó 14 partidos y empató 4. Consigue el título nacional al eliminar a Sporting en semifinales, y a Saprissa en la final con un global de 4-1, donde en la ida vence a las moradas de visita en Tibás 1-3 y cierra en el Morera Soto ganando 1-0.^[186]​^[187]​^[188]​.En septiembre consiguen su primer título internacional al vencer 1-0 a Saprissa en la final disputada en el Morera Soto^[189]​, a la cual llegó venciendo a Jewel Fury 11-1, FAS 6-3, Suchitepequez 10-1, logrando el campeonato de forma invicta, único en conseguir la UNCAF con marca perfecta y con récord de 28 goles en una edición, Mia se dejó el título de goleadora con 7 anotaciones^[190]​^[191]​^[192]​. El club consigue el primer tetra campeonato de la historia en futbol femenino en diciembre de 2022 al vencer a Sporting, cae por primera vez en un juego de una final nacional cerrando de visita en Rohrmoser, pero gana la serie en el global 4-3, previamente había vencido a Herediano 7-1 en el global.^[193]​^[194]​^[195]​ En 2023 consiguen el primer pentacampeonato, luego de una remontada histórica en la final por 4-0 frente a Sporting, último torneo disputado por Shirley Cruz, la mejor jugadora centroamericana y una de las mejores de CONCACAF de todos los tiempos.

En 2023, Alajuelense disputa nuevamente una final de torneo de Copa, la primera vez que se enfretaban a Saprissa en este torneo en una final, el club manudo vence por 2-0, el juego fue disputado en el Estadio Nacional, con anotaciones de Freddy Góndola y Anthony Hernández. Este sería el título de Copa 11 y la copa nacional 13 que gana el club en su historia.^[196]​^[197]​^[198]​^[199]​El mismo semestre, el club consigue la primera Copa Centroamericana de CONCACAF, al vencer al Real Estelí por marcador de 4-1 global.^[200]​^[201]​^[202]​^[203]​

A finales del 2023 Las Leonas logran el primer hexacampeonato institucional, primero de la Liga Femenina y segundo histórico en el futbol nacional, al derrotar en la final a Sporting, por marcador global de 3-1, ganado ambos juegos de la serie. En el juego de vuelta anotó Emily Valenciano y Kenia Rangel, quien es la extranjera con más anotaciones en finales nacionales,^[204]​^[205]​^[206]​^[207]​Wilmer López se consolida como el entrenador más ganador del fútbol femenino. En 2024 el equipo femenino logra el primer heptacampeonato de la historia del fútbol federado, ante Sporting con un global de 7-1.^[208]​^[209]​^[210]​^[211]​^[212]​El equipo por su parte inicia la temporada consiguiendo la Recopa ante Saprissa 3-1. Alajuelense también logra el bicampeonato centroamericano de CONCACF, siendo el 11 título internacional.^[213]​^[214]​

El club registra 30 campeonatos nacionales y además suma 29 subcampeonatos nacionales, demostrando que es un equipo que siempre pelea en lo más alto de cada torneo de Primera División. El primer título conseguido por la Liga Deportiva fue en y 1928,^[215]​ y el último campeonato conseguido es el título del Apertura 2020.

Mórux, Armando; Sancho (1995), Liga Deportiva Alajuelense, Memoria, Alajuela, Costa Rica: Mars editores S.A. .

Pastor, José; Pacheco, Antonio (2014), Liga Deportiva Alajuelense (1.ª edición), San José, Costa Rica: Grupo Nación, ISBN 9789968693516 .

Pastor, José; Pacheco, Antonio (2018), Historia de lucha, pasión y goles (1.ª edición), San José, Costa Rica: Uruk, ISBN 9789930526583 .

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