Al integrarse el gabinete de gobierno, defensores de los derechos humanos alertaron sobre la inclusión de miembros del antiguo Batallón 3-16 en altos cargos, entre ellos: Álvaro Romero como Ministro de Seguridad, Erick Sánchez como asesor de seguridad, Onofre Oyuela Oyuela, Billy Joya, Napoleón Nassar, Salomón Escoto Salinas y René Maradianga Panchamé.^[1]​^[2]​

Desde enero de 2006 hasta junio de 2009, el gabinete estuvo compuesto por:^[3]​^[4]​^{[n 1]}​

Durante el gobierno, los fondos de las importantes cuentas del Milenio y de la Estrategia para la Reducción de la Pobreza estuvieron a cargo del ministro de la Presidencia. Zelaya inicialmente dio un puesto en Casa Presidencial a su hermano, Carlos Zelaya, a su yerno Juan Carlos Melara, primero, y después, a partir de mayo de 2006, a su excompañero de promoción y amigo el sociólogo Allan D. Fajardo Reina, como su asistente y a su sobrino Marcelo Chimirri como subgerente de Hondutel. También dio a parientes de la primera dama el manejo de la Secretaría de Salud y la Dirección Ejecutiva de Ingresos (DEI).^[11]​

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