• N.º 1 en sol mayor, KV 49 (47d), Missa brevis n.º 1.
• N.º 2 en do menor, KV 139 (47a), ‘Waisenhausmesse’ (Misa del orfanato).
• N.º 3 en re menor, KV 65 (61a), Missa brevis n.º 2.
• N.º 4 en do mayor, KV 66, ‘Missa Dominicus’.
• N.º 5 en sol mayor, KV 140 (235d), Missa brevis n.º 6, ‘Pastorale’ (atribución dudosa).
• N.º 6 en do mayor, KV 167, ‘Missa in honorem Ssmae Trinitatis’ o ‘Missa Trinitatis’.
• N.º 7 en fa mayor, KV 192 (186f), Missa brevis n.º 3, ‘Kleine Credo Messe’ (Pequeña misa Credo).
• N.º 8 en re mayor, KV 194 (186h), Missa brevis n.º 4.
• N.º 9 en do mayor, KV 220 (196b), Missa brevis n.º 5, 'Spatzenmesse' (Misa de los gorriones).
• N.º 10 en do mayor, KV 262 (246a), ‘Missa longa’.
• N.º 11 en do mayor, KV 257, ‘Misa Credo’.
• N.º 12 en do mayor, KV 258, Missa brevis n.º 7, ‘Spaur’ o ‘Piccolomini’.
• N.º 13 en do mayor, KV 259, Missa brevis n.º 8, ‘Orgelsolomesse’ (Misa del solo de órgano).
• N.º 14 en si ♭ mayor, KV 275 (272b), Missa brevis n.º 9.
• N.º 15 en do mayor, KV 317, ‘Krönungmesse’ (Misa de la coronación).
• N.º 16 en do mayor, KV 337, ‘Missa Aulica’.
• N.º 17 en do menor, KV 427 (417a), ‘Großemesse’ (Gran Misa; incompleta).
• N.º 18 en re menor, KV 626, Réquiem (completada por Franz Xaver Süssmayr).^[1]​

• KV 109: Litaniae de Beata Maria Virgine (letanías lauretanas)
• KV 125: Litaniae de venerabili altaris sacramento (letanías eucarísticas)
• KV 195: Litaniae Lauretanae (re mayor)
• KV 243: Litaniae de venerabili altaris sacramento

• KV 193: Dixit y Magnificat (do mayor)
• KV 321: Vesperae de Dominica (do mayor)
• KV 339: Vesperae solennes de confessore (do mayor)

• KV 35: Die Schuldigkeit des ersten Gebotes (Solo la primera parte)
• KV 118/74c: Betulia Liberata

• KV 42: Grabmusik (cantata de pasión), para soprano, barítono, coro y orquesta
• KV 469: Davidde penitente

• Sonata de iglesia n.º 1 en mi bemol mayor KV 67/41h^[2]​ (1772)
• Sonata de iglesia n.º 2 en si mayor KV 68/41i (1772)
• Sonata de iglesia n.º 3 en re mayor KV 69/41k (1772)
• Sonata de iglesia n.º 4 en re mayor, KV 144/124a (1774)
• Sonata de iglesia n.º 5 en fa mayor, KV 145/124b (1774)
• Sonata de iglesia n.º 6 en si bemol mayor, KV 212 (1775)
• Sonata de iglesia n.º 7 en fa mayor, KV 224/241a (1776)
• Sonata de iglesia n.º 8 en la mayor, KV 225/241b (1776)
• Sonata de iglesia n.º 9 en sol mayor, KV 241 (1776)
• Sonata de iglesia n.º 10 en fa mayor, KV 244 (1776)
• Sonata de iglesia n.º 11 en re mayor, KV 245 (1776)
• Sonata de iglesia n.º 12 en do mayor, KV 263 (1776)
• Sonata de iglesia n.º 13 en sol mayor, KV 274/271d (1777)
• Sonata de iglesia n.º 14 en do mayor, KV 278/271e (1777)
• Sonata de iglesia n.º 15 en do mayor, KV 328/317c (1779)
• Sonata de iglesia n.º 16 en do mayor, KV 329/317a (1779)
• Sonata de iglesia n.º 17 en do mayor, KV 336/336d (1780)

Además, Mozart inició otras dos sonatas de iglesia más, KV Anh. 65a y KV 124c, quedando ambas inacabadas.

• KV 20: Dios es nuestro refugio, motete para coro de cuatro partes
• KV 33: Kyrie en fa mayor, para coro de cuatro partes y cuerdas
• KV 34: Ofertorio In Festo St. Benidicti ("Scande coeli limina"), para soprano, coro de cuatro partes y orquesta
• KV 47: Ofertorio Veni, Sancte Spiritus, para soprano, contralto, tenor, bajo, coro de cuatro partes y orquesta (do mayor)
• KV 72: Ofertorio Inter natos mulierum, para coro de cuatro partes, órgano y cuerdas (sol mayor)
• KV 85/73s: Miserere, para coro de tres partes (contralto, tenor y bajo) y bajo solista
• KV 86: Antífona Quaerite primum regnum Dei, para coro de cuatro partes
• KV 89/73k: Canon Kyrie, para cinco sopranos (sol mayor)
• KV 90: Kyrie, para coro de cuatro partes y órgano (autoría dudosa; re menor)
• Kyrie en re mayor, para coro de cuatro partes, cuerdas y órgano, KV 91 (espurio, originalmente de J. A. Reutter, terminado por Franz Xaver Süssmayr)
• KV 93: Salmo De profundis clamavi (autoría dudosa)
• KV 108: Regina Coeli (do mayor)
• KV 117: Ofertorio (do mayor)
• KV 127: Regina Coeli (si mayor)
• KV 141: Te Deum (do mayor)
• KV 142: Tantum ergo (autoría dudosa; si mayor)
• KV 143: Aria Ergo interest, para soprano
• KV 165/158a: Exsultate, jubilate, para soprano y orquesta
• KV 197: Tantum ergo (autoría dudosa)
• KV 198: Ofertorio Sub tuum praesidium (autoría dudosa)
• KV 221: Kyrie (autoría dudosa; do mayor)
• KV 222: Ofertorio de tempore Misericordias Domini (re menor)
• KV 223: Osanna (autoría dudosa; do mayor)
• KV 260: Ofertorio Venite, Populi
• KV 273: Gradual Sancta Maria, mater Dei
• KV 276: Regina Coeli (do mayor)
• KV 277: Ofertorio Alma Dei creatoris
• KV 322: Kyrie (fragmento) (mi bemol mayor)
• KV 323: Kyrie (fragmento) (do mayor)
• KV 341/368a: Kyrie en re menor
• KV 343: Dos canciones sacras alemanas
• KV 553: Canon Aleluia
• KV 554: Canon Ave Maria
• KV 618: Motete Ave verum corpus

• Catálogo Köchel
• Anexo:Composiciones de Wolfgang Amadeus Mozart