La comunidad monástica del monasterio fue fundada en el siglo X con el nombre de San Sebastián de Silos:

• Gaudencio (929–943)
• Diego (ca. 950)
• Placencio (954)
• Blas (978–979)
• Gelasio (979)
• Muño (1000–1019)
• Nuño de Gete (1019–1040)
• Santo Domingo de Silos (1040–1073), en honor de quien el monasterio cambió de nombre.
• Fortunio (1073–1100)
• Nuño (1100–1116)
• Juan I (1116–1143)
• Martín I (1143–1158)
• Pedro (1158–1160)
• Pascual (1160–1186)
• Juan Gutiérrez (1186–?)
• Domingo II (1213–1229)
• Martín II (1229–1238)
• Miguel (1238–1242)
• San Rodrigo de Guzmán (1242–1276)
• Sancho Pérez de Guzmán (1276–1282)
• Sebastián de Madrigal (1282–1284)
• Juan III (1284–1298)
• Fernando Ibáñez (1298–1324)
• Juan IV (1329–1349)
• Fernando (1350–¿?)
• Pedro de Ariola (1351–¿?)
• Juan V (1366–1401)
• Martin III (1401–1431)
• Juan VI (1431–1455)
• Francisco de Torresandino (1455–1480)
• Pedro de Arroyuela (1480–1490)
• Pedro de Cardeña (1490–1502)
• Francisco González de Curiel (1502–1507)
• Luis de Soto (1507–1510)
• Luis Méndez (1510–1512)
• Martín de Salamanca (15..–1529)
• Manzanos (1530)
• Andrés de Cortázar (1531–1546)
• Bartolomé de Santo Domingo (1546–1553) (1.ª vez)
• Gregorio de Santo Domingo (1553–1556) (1.ª vez)
• Bartolomé de Santo Domingo (1556–1559) (2.ª vez)
• Gregorio de Santo Domingo (1559–1561) (2.ª vez)
• José Méndez (1561–1564)
• Diego de Zamora (1565–1568)
• Juan de Bobadilla (1568–1571)
• Jerónimo de Nebreda (1572–1578)
• Alonso de Figueroa (1578–1584)
• Juan de Heredia (1584–1587) (1.ª vez)
• Pedro de Guevara (1587–1590)
• Juan de Heredia (1590–1592) (2.ª vez)
• Juan de Azpeytia (1592–1595)
• Pedro de la Cueva (1595–1598)
• Alonso de Belorado (1598–1601) (1.ª vez)
• Juan de Heredia (1601–1602) (3.ª vez)
• Diego de Roa (1602–1604) (1.ª vez)
• Alonso de Belorado (1604–1606) (2.ª vez)
• Diego de Roa (1606–1607) (2.ª vez)
• Rodrigo de Peralta (1607–1610)
• Francisco de Valdivia (1610–1613) (1.ª vez)
• Pedro del Monte (1613–1617)
• Benito de la Guerra (1617–1621) (1.ª vez)
• Manuel Anglés (1621–1625)
• Francisco de Valdivia (1625–1629) (2.ª vez)
• Benito de la Guerra (1629–1631) (2.ª vez)
• Plácido Fernández (1631–1637) (1.ª vez)
• Jerónimo de Nieva (1637)
• Nicolás Meléndez (1637–1641)
• Plácido Fernández (1641–1642) (2.ª vez)
• Mateo de Rosales (1642–1645)
• Pedro de Liendo (1645–1649)
• Manuel Cortés (1649–1653) (1.ª vez)
• Diego del Monte (1653–1657)
• Manuel Cortés (1657–1659) (2.ª vez)
• Domingo Gutiérrez del Campo (1659–1665)
• Pedro Ruiz Negrete (1665–1669)
• Bernardo Ordóñez de Vargas (1669–1673) (1.ª vez)
• Juan de Villamayor (1673–1677)
• Bernardo Ordóñez de Vargas (1677–1681) (2.ª vez)
• Juan de Castro (1681–1685) (1.ª vez)
• Melchor de Montoya (1685–1689) (1.ª vez)
• Juan de Castro (1689–1693) (2.ª vez)
• Juan de Francia (1693–1697)
• Juan de Castro (1697–1701) (3.ª vez)
• Isidro de Cabrera (1701–1705)
• Melchor de Montoya (1705–1709) (2.ª vez)
• Benito Ramírez de Orozco (1709–1713)
• Juan de Herrera (1713–1720)
• Luis Santos (1720–1722)
• Bernardo de Alegría (1722)
• Sebastián de Vergara (1722–1725)
• Isidoro de Quevedo (1725–1729) (1.ª vez)
• Baltasar Díaz (1729–1733) (1.ª vez)
• Isidoro Rodríguez (1733–1737) (1.ª vez)
• Isidoro de Quevedo (1737–1741) (2.ª vez)
• Isidoro Rodríguez (1741–1745) (2.ª vez)
• Fulgencio de Ojeda (1745–1749)
• Baltasar Díaz (1749–1753) (2.ª vez)
• Domingo de Ibarreta (1753–1757)
• Melchor Izquierdo (1757–1761)
• José de Ceballos (1761–1769) (1.ª vez)
• José Almazán (1769–1773)
• Benito Calderón (1773–1777)
• Anselmo Arias Tejeiro (1777–1778)
• Bernardo Gayoso (1778–1781)
• José de Ceballos (1781–1785) (2.ª vez)
• Benito Camba (1785–1789)
• Isidoro García (1793–1797) (1.ª vez)
• Rodrigo de Arrieta (1797–1798)
• Isidoro García (1798–1801) (2.ª vez)
• Plácido Vicente (1801–1805)
• Fernando de Lienzo (1805–1814)
• Domingo Moreno (1814–1817)
• Antonio Calonge (1818–1820)
• Miguel de San Cristóbal (1824–1828)
• Torcuato Carbayeda (1828–1832)
• Rodrigo Moreno Echevarría Briones (1832 - 1835)

El 17 de noviembre de 1835, por orden del decreto de la desamortización de Mendizábal, el monasterio quedó abandonado por un periodo de 45 años.^[1]​ Desde la restauración en 1880 por monjes benedictinos de la Congregación de Solesmes, seis han sido los abades del monasterio de Santo Domingo de Silos:

• Alphonse Guépin (1880 - 1917)
• Luciano Serrano y Pineda (1917 - 1944)
• Isaac María Toribios Ramos (1944 - 1961)^[2]​
• Pedro Alonso Alonso (1961 - 1988)^[3]​
• Clemente Serna González (1988 - 2012)
• Lorenzo Maté Sadornil (2012 - Actual en el cargo)