Alonso se licenció en Filosofía en la Universidad de Navarra en 1989 y se doctoró en la Universidad del País Vasco en 1995 (tesis: Wittgenstein y el arte. El Siglo de Wittgenstein).^[3]​^[4]​ Ha sido profesor de Historia de la filosofía en la Universidad de Extremadura y desde 2010 es profesor titular de Filosofía en la Universidad Complutense de Madrid. Cursó estudios postdoctorales en la Penn State University entre 1996 y 1998 donde conoció y trabajó con Carl Mitcham e Iván Illich. Años después (2006) fue profesor visitante en la Universidad de Nevada.^[4]​

Especialista en Ludwig Wittgenstein,^[2]​ su trabajo de investigación se ha centrado básicamente en la filosofía de la tecnología, con una visión crítica sobre la utilidad y el papel que juegan las TIC. Entre sus muchas obras se encuentran Wittgenstein, 50 años después (2002), El arte de lo indecible. Wittgenstein y las vanguardias (2002) y La tecnociencia y su divulgación (2004), La quinta columna digital: anti-tratado comunal de hiperpolítica (2005, Premio Eusebi Colomer/Fundación Epson)^[5]​^[1]​ o ¡Todos Sabios! (Cátedra, 2013), junto a Antonio Lafuente y Joaquín Rodríguez.^[4]​

Andoni Alonso es miembro de la Society for Philosophy and Technology y de la Sociedad de Estudios Vascos.^[1]​