Ander Capa nació en la localidad vizcaína de Portugalete. Entre 2002 y 2005 se formó en las categorías inferiores del Athletic Club. En 2005 regresó a la cantera del Danok Bat, donde terminó su etapa de formación.^[3]​ Al acabar su etapa como juvenil en 2011, se incorporó a la SD Eibar.^[4]​ El 20 de agosto de 2011 debutó con el equipo armero en Ipurúa, en la derrota ante el Bilbao Athletic (0-3).^[5]​ El resto de la temporada jugó en el Éibar B, que desapareció al final de la misma.^[6]​

En julio de 2012, fue ascendido al primer equipo por el nuevo entrenador Gaizka Garitano, que ya había sido su técnico en el filial armero.^[7]​^[8]​ El 12 de diciembre de 2012 jugó en la clasificación copera, ante el Athletic Club, en San Mamés.^[9]​ En su primera temporada, consiguió el ascenso a Segunda División siendo titular habitual, sobre todo, desde el mes de marzo.^[10]​ En total, disputó 24 partidos de Liga, seis de play-offs y seis de Copa del Rey, anotando siete goles. El 18 de agosto de 2013 debutó en Segunda División, en la victoria (1-2) ante el Real Jaén.^[11]​ El 28 de septiembre marcó su primer gol en la derrota (2-3), ante el Sporting de Gijón.^[12]​ El 25 de mayo logró un histórico ascenso a Primera División al derrotar al Deportivo Alavés por 1-0.^[13]​ En total, disputó 31 partidos de Liga y dos de Copa, anotando tres goles.

El 24 de agosto de 2014 debutó como titular en Primera División, en la victoria por 1-0 ante la Real Sociedad. El 8 de diciembre anotó el quinto gol en la victoria (5-2), ante la UD Almería.^[14]​ Finalizó la temporada con 34 partidos de Liga y dos de Copa, anotando tres goles. Durante la temporada 2015/16, con la llegada de José Luis Mendilibar y la marcha de Eneko Bóveda, se estableció como lateral derecho titular del equipo.^[15]​ Acabó la temporada disputando 36 partidos de Liga y uno de Copa, anotando dos goles.^[16]​ La temporada 2016/17, asentado como lateral derecho, disputó 31 partidos de Liga y seis de Copa. En febrero, debido a la grave lesión de Aleix Vidal, recibió el interés del FC Barcelona por ficharle.^[17]​ El 14 de mayo de 2017 disputó su partido cien en Primera División ante el Sporting de Gijón.^[18]​

El 1 de septiembre de 2017 se anunció su fichaje por el Athletic Club, a cambio de tres millones de euros, que sería efectivo a partir del 1 de julio de 2018.^[19]​ Así, el jugador cumplía el sueño de fichar por el club del cual es socio.^[20]​^[21]​ Al finalizar el mes de diciembre, era el único jugador de campo en haber sido titular en todas las jornadas de Liga.^[22]​ El 13 de enero de 2018 disputó su partido número 200 con el club armero.^[23]​ Desde la visita a San Mamés, a finales de enero, el entrenador empezó a alinear a Rubén Peña dejando al futbolista portugalujo en el banquillo.^[24]​^[25]​

El 25 de mayo de 2018 fue presentado como jugador del Athletic Club, unos días antes que su compañero Dani García.^[26]​^[27]​ El 20 de agosto debutó en San Mamés, sustituyendo a De Marcos, en una victoria por 2 a 1 ante el Leganés.^[28]​ Durante los siguientes tres meses, continuó saliendo desde el banquillo. Con la destitución de Eduardo Berizzo y la llegada de Gaizka Garitano, con el que ya había coincidido durante cuatro temporadas en la SD Eibar, pasó a ser titular indiscutible.^[29]​^[30]​^[31]​

Comenzó la campaña 2019-20 dando una asistencia de gol en cada una de las tres primeras jornadas de competición.^[32]​ El 10 de noviembre anotó su primer gol como rojiblanco, en el minuto 88, que sirvió para ganar por 2 a 1 ante el Levante UD.^[33]​ El 3 de enero de 2020 marcó, en el Sánchez-Pizjuán, ante el Sevilla (1-1).^[34]​ El 9 de julio volvió a anotar, en San Mamés, frente al Sevilla (1-2).^[35]​ En la siguiente campaña mantuvo la titularidad aunque, tras la marcha de Garitano en enero, empezó a jugar menos minutos y fue suplente en las finales de Copa del mes de abril. Antes de la marcha del técnico vasco consiguió anotar dos tantos, el primero de ellos frente al Betis (4-0) en noviembre, mientras que el segundo fue en el Estadio Alfredo Di Stéfano, en diciembre, frente al Real Madrid (2-1).^[36]​^[37]​ El 25 de abril, en su regreso a la titularidad frente al Atlético de Madrid, cayó lesionado de gravedad en su rodilla derecha en un choque con su compañero Dani García.^[38]​

Durante la pretemporada de 2021 jugó los cuatro encuentros amistosos de julio, pero una sobrecarga muscular le impidó participar en los últimos dos amistosos previos al comienzo de la Liga.^[39]​^[40]​ Sin embargo, para jugar su primer y único partido oficial en la temporada 2021-22 tuvo que esperar hasta la jornada 37, cuando disputó los minutos finales del encuentro ante CA Osasuna.^[41]​ Al término de la campaña, reconoció no haber mantenido una buena relación con el técnico Marcelino García Toral.^[42]​

El 12 de julio de 2022 firmó un nuevo contrato con el Athletic Club, tras haber finalizado su anterior contrato.^[43]​ A pesar de su renovación, fue el jugador con menos minutos de la plantilla dirigida por Ernesto Valverde en el primer tramo de campaña.^[44]​^[45]​ Después de dos años sin ser titular, salió de inicio en el triunfo por 2 a 0 en el derbi vasco ante la Real Sociedad.^[46]​^[47]​ El 6 de junio, el club rojiblanco anunció su marcha al no alcanzar los objetivos.^[48]​

El 15 de agosto de 2023 se incorporó al Levante UD de Segunda División, firmando un contrato de una temporada y otra opcional.^[49]​^[50]​Fue titular en la primera mitad de la campaña bajo las órdenes de Javi Calleja,^[51]​pero con la llegada de Felipe Miñambres en marzo pasó a ser el cuarto lateral derecho de la plantilla y se quedó fuera de varias convocatorias.^[52]​^[53]​^[54]​Al término de la temporada, el club granota decidió no renovar su contrato.^[55]​^[56]​Ander comenzó a entrenar con el Club Portugalete de su localidad natal en busca de un nuevo destino.^[57]​El 11 de noviembre de 2024 se anunció su fichaje por el Club Portugalete, de Tercera Federación, hasta final de temporada.^[58]​El 16 de noviembre debutó como titular en un triunfo frente a la Cultural de Durango (2-0).^[59]​

  Actualizado al último partido disputado el 07 de diciembre de 2024.^[60]​^[61]​

• Ficha oficial de Ander Capa en Athletic Club
• Ficha de Ander Capa en La Liga
• Ficha de Ander Capa en BDFA  
• Ficha de Ander Capa en Futbolme.com