Licenciada en Ciencias de la Información por la Universidad del País Vasco, comenzó su carrera profesional con la productora bilbaína Creativideo, formando parte durante las décadas de los 80 y 90 de lo que se vino a llamar el nuevo cine vasco, trabajando junto con Joaquín Trincado, Luis Marías o Enrique Urbizu, entre otros. Juntos montaron el canal de televisión independiente Canal 25, finalmente cerrado por el Gobierno de Felipe González al poco de nacer.^[1]​ A lo largo de su carrera ha trabajado con Enrique Urbizu, Pablo Berger, Joaquín Trincado o Álex de la Iglesia.

Su primer trabajo reconocido fue el videoclip del grupo de punk Eskorbuto "Antes de las guerras", Primer Premio del Festival de Video y Música de Vitoria que se presentó en el Festival de Cine de San Sebastián .^[2]​ Su filmografía continúa con Tu novia está loca y Todo por la pasta, dirigidas por Urbizu, Sálvate si puedes, dirigida por Joaquín Trincado, o Mama, de Pablo Berger.

Dirigió y produjo con Joaquín Trincado en 2006 el documental Esta no es la vida privada de Javier Krahe, una roadmovie con entrevistas y actuaciones del cantautor madrileño, que fue acusado de ofensa a los sentimientos religiosos por la emisión de un fragmento de la película.^[3]​

En ficción, ha dirigido los éxitos de taquilla García y García y El hotel de los líos, protagonizadas ambas por José Mota y Pepe Viyuela.^[4]​ El precio de la libertad, con Quim Gutiérrez, La dama guerrera, con Ylenia Baglietto, Mikel Losada y Lander Otaola, Tres mentiras, con Nora Navas y Mikel Losada y La higuera de los bastardos, con Karra Elejalde, Carlos Areces y Pepa Aniorte.

Murugarren pertenece a la Asociación de mujeres cineastas y de medios audiovisuales CIMA^[5]​y a la Academia española de Cine.

En 1991, Murugarren obtuvo el premio al Mejor Montaje en los Premios del Círculo de Escritores Cinematográficos por la película de Todo por la pasta, nominada a los Premios Goya Mejor guion original, música y efectos especiales.^[6]​ En 2006, obtuvo el Premio Vocento a la Creatividad en el Cine por el documental Esta no es la vida privada de Javier Krahe, una de las Perlas del 60 Festival de Cine de San Sebastián.^[7]​ En 2011, como directora de la miniserie para TVE y ETB El precio de la libertad, recibió diversos premios nacionales e internacionales.^[8]​ Por La dama guerrera, Murugarren recibió en 2012 el premio al Mejor Largometraje en los Euskal Bobinak.^[9]​ En 2015, su largometraje Tres mentiras recibió diversos reconocimientos en festivales dentro y fuera de España, como el Gran Premio del World Premieres Film Festival de Filipinas^[10]​ o o la Mejor Ópera Prima en el XV Festival de Cine Ópera Prima de Tudela. ^[11]​

En 2018 recibió el Silver Screen Award y el Global Grand Jury Cinematic Excellence en el Hollywood Film Festival, que reconoce el mejor largometraje español, por la película ‘La higuera de los bastardos’.^[12]​ Mejor dirección en el Albuquerque Film&Music Festival y el Premio Especial del Jurado del Seattle Latino Film Festival. La película de Murugarren participó en la Sección Oficial del Fantastic Fest^[13]​ de Austin, Texas, y se estrenó en salas y plataformas en USA en mayo de 2019.^[14]​

Recibe el Mikeldi de Honor del Zinebi en 2020^[15]​y el Premio Mario Onaindía Saria en 2023.

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