Fue fundado en el año 2022 en la ciudad del Callao, del distrito y provincia homónima.

Al año siguiente, en 2023, se inscriben en su respectiva segunda división distrital donde salen campeones y por ende se consigue el pase a la primera división distrital del siguiente año, lo cual les significo el derecho a participar en la Copa Perú.

Llegando a 2024, logra el subcampeonato distrital y posteriormente sale también subcampeón de las interligas por debajo de Scratch FC, clasificando con este mencionado a la etapa nacional de la Copa Perú 2024.^[2]​ Ya estando ahí culmina en el puesto 24º de la fase regular, por ende habilitado para jugar los dieciseisavos de final; ahí lo esperaba Unión Santo Domingo donde tras ganar 2-1 en Ventanilla y perder con ese mismo resultado en Chachapoyas, caerían eliminados desde el punto penal por 2-3 en su contra.^[3]​

No obstante, el hecho de haber llegado hasta esa instancia les otorgo el ascenso a la nueva Liga3 como el representante del Callao, tras avanzar una fase más que Scratch FC.^[4]​

En la Liga3 2025 fueron ubicados en el Grupo 2 de la Fase Regional. El debut de Amazon Callao como equipo semiprofesional se dio el 27 de abril, con una victoria por la mínima de 1-0 ante la reserva de Universitario en condición de local. La campaña sería irregular, pues pese a ganar también en la segunda fecha, se vino posteriormente una racha de 7 derrotas consecutivas que lo comprometieron a luchar por la permanencia, pues la última casilla del grupo correspondía al descenso a la Copa Perú. No sería hasta la fecha 14 donde volvieron a la senda de la victoria con un sorpresivo 3-2 de visita frente a Deportivo Municipal y luego en la fecha 17 con un 1-0 de local ante la reserva de Alianza Lima. Finalmente, en la fecha final, en un duelo directo por mantener la categoría, Amazon Callao se mantiene en la Liga3 luego de vencer 2-1 al Juventud Santo Domingo que terminaría siendo el descendido del grupo.

• Temporadas en Primera División: 0.
• Temporadas en Segunda División: 0.
• Temporadas en Tercera División: 2 (2025 - Act.).
• Mayor goleada conseguida:
  • En campeonatos nacionales de local: .
  • En campeonatos nacionales de visita: .
• Mayor goleada recibida:
  • En campeonatos nacionales de local: Amazon Callao 1:4 Estudiantil CNI (11 de mayo de 2025).
  • En campeonatos nacionales de visita: Estudiantil CNI 4:0 Amazon Callao (28 de junio de 2025).

Durante la etapa nacional de la Copa Perú, Amazon Callao FC se desempeñó a jugar de local en el Estadio Facundo Ramírez Aguilar. Este es un recinto deportivo ubicado en el distrito de Ventanilla, en la provincia constitucional del Callao; es utilizado principalmente para la práctica del fútbol y actualmente tiene una capacidad para 2000 espectadores.

Durante su participación en la Liga3, el club empezó jugar de local en el Estadio Campolo Alcalde ubicado en el distrito de La Perla.

•   Anthony Portocarrero (2024-2025)

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