Nació en Marquise, Pas-de-Calais, Francia, en 1852. Asistió a escuelas en Lille y París. Con notable interés por los idiomas, estudió sánscrito y asistió a conferencias sobre el idioma chino. En 1867, asistió a la Exposición Internacional de París donde conoció a Charles Étienne Brasseur de Bourbourg, quien influyó significativamente en el interés de Pinart por las civilizaciones americanas. Charles Étienne Brasseur de Bourbourg es quien tradujo el Popol Vuh al francés, y se ha asociado su participación en llevar el manuscrito original de Guatemala a Francia. Después de la muerte de Brasseur el manuscrito original estuvo en posesión de Pinart, siendo vendido a un intermediario norteamericano y quedando finalmente en la Biblioteca Newberry en Chicago, hasta el día de hoy.

Pinart se trasladó a California en 1869 y en abril de 1871 comenzó su primer viaje a Alaska, pasando un año en las islas Aleutianas y en la isla de Kodiak. Durante este tiempo, recopiló material arqueológico y antropológico, realizando posteriormente importantes publicaciones sobre esta área de América.^[1]​^[2]​

Regresó a Francia en 1872 donde recibió una bienvenida de héroe y fue condecorado con una medalla de oro por la Sociedad de Geografía de París. Después de su visita a Alaska, Pinart dirigió su atención a la recopilación de datos lingüísticos sobre los nativos de América Central.

En 1875, Pinart adquiere una importante colección de piezas arqueológicas americanas del coleccionista francés Eugene Boban.^[3]​^[4]​^[5]​^[6]​

En 1877 Pinart realizó una importante expedición a la Polinesia, a bordo de un barco de la Naval Francesa.^[7]​

Las investigaciones de Pinart atrajeron la atención del historiador y etnólogo norteamericano Hubert H. Bancroft, ya que Pinart no solo había coleccionado importante material lingüístico, sino también libros y manuscritos raros. Bancroft adquirió parte de la colección de Pinart , y como resultado, gran parte del trabajo de Pinart ahora se encuentra en la Biblioteca Bancroft en Berkeley, California.^[1]​

El 1878, Pinart donó al Museo de Etnografía del Trocadero la controversial calavera de cristal, que de acuerdo a Eugene Boban fue descubierta en Guatemala.

En 1880, Pinart se casó con la arqueóloga y antropóloga estadounidense Zelia Nuttall, matrimonio que finalizó con el divorcio en el año de 1887.^[8]​

En 1896 Alphonse Pinart realizó una exploración de interés minero en Honduras y Nicaragua como parte de la Misión Científica Francesa para México y Centroamérica. En su recorrido por Honduras, Pinart visitó Guajiquiro, Tegucigalpa, Yuscarán, Danlí, Cacamuyá, Jamastrán, Juticalpa y los ríos Guayape y Jalán.^[9]​ Como fruto de la visita a Guajiquiro y su interés por la etnología mesoamericana, Pinart escribió el libro "Pequeño vocabulario de la lengua lenca :(dialecto de Guajiquiro)" .^[10]​

Pinart murió a la edad de 59 años en Passy, Francia, en 1911.

• Franco, B. J., & Pinart, A. L. (1882). Noticias de los indios del departamento de Veragua: y vocabularios de las lenguas guaymi, norteño, sabanero y dorasque (Vol. 4). AL Bancroft y Ca.
• Pinart, A. L. (1892). Vocabulario castellano-guaymie (Vol. 3). E. Leroux.
• Pinart, A. L. (1897). Vocabulario castellano-chocoe (baudió-citarae) (Vol. 5). E. Leroux.
• Pinart, A. L. (1875). La chasse aux animaux marins et les pêcheries chez les indigènes de la côte nord-ouest d'Amérique.
• Hernández, E., & Pinart, A. L. (1897). Pequeño vocabulario de la lengua Lenca (Dialecto de Guajiquiro). E. Leroux.
• Bourgeois, H. y Pinart A. (1897). Vocabulario castellano-k'ak'chi (dialecto de Coban): sacado de los documentos recogidos (Vol. 6). E. Leroux.

• Hernández, E., & Pinart, A. L. (1897). Pequeño vocabulario de la lengua Lenca'(Dialecto de Guajiquiro).E. Leroux.
• State of Honduras. (1897). Reports of the Scientific Commission of the Republic of France on the Guayape and Jalan River Concessions and on Six Mineral Zones: Also, Statement of Ex-Inspector General of Mines, State of Honduras. Tegucigalpa: National Print Office.
• Société de géographie. (1897). Compte rendu des séances de la Société de géographie et de la Commission centrale: Société de géographie.
• Golla, V. (2011). California Indian Languages. Univ of California Press.
• Henderson, A. (2016). Exhibiting dilemmas: Issues of representation at the Smithsonian. Smithsonian Institution.
• Pinart, A. (1878). Voyage à l’Ile de Pâques. Le tour du monde, 36, 225-240.