Con el retorno a democracia en Chile, las autoridades democráticas veían con malos ojos la existencia de un organismo de inteligencia civil (tras la experiencia de la CNI), mas bien la tarea de inteligencia estaba asociada a la seguridad de las fronteras por parte de las Fuerzas armadas.

Sin embargo, los gobiernos democráticos creían que la acción terrorista se desamaría y finalizaría por si misma retornada la democracia, cosa que no ocurrió, incluso en democracia guerrillas urbanas como el MAPU-Lautaro, el Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR), el Frente Patriótico Manuel Rodríguez (FPMR) seguían con sus acciones armadas (e incluso algunos elementos de la Central Nacional de Informaciones de forma autónoma).

Esta continuación tuvo como consecuencia que solo en 1990 —según informes del Ministerio del Interior— se habían registrado 246 acciones de violencia política y 46 robos de bancos.^[3]​ Entre los sucesos de mayor connotación ese año, estuvieron el atentado contra el exgeneral Gustavo Leigh y los asesinatos del coronel (r) de Carabineros Luis Fontaine Manríquez, exdirector de la Dicomcar y vinculado al caso Degollados, y del suboficial de Ejército Víctor Valenzuela Montecinos, escolta y sobreviviente del atentado contra Augusto Pinochet en 1986.^[4]​ el asesinato de un senador de oposición y el secuestro de un empresario.

Frente a aquello, el gobierno del Presidente Patricio Aylwin Azócar creó el Consejo Coordinador de Seguridad Pública (CCSP), una oficina que buscaba generar inteligencia civil para el Estado, no tenia acción operativa y funcionaba mediante el juego de los espías e infiltrados.

"La Oficina” infiltraba a dichas organizaciones vía antiguos personas que ya no participaban y presos políticos y militares, se señala que "ellos empiezan a seducir a esa gente, y decirles que esto se acabó, que ustedes pueden reencausar su voluntad política por medios pacíficos, entreguen las armas, entreguen a su gente, y además nosotros les vamos a dar trabajo, y cómo sobrevivir en los primeros meses." Se arma una estructura del soplonaje que termino por desarmar todas dichas estructuras.

El CCSP fue disuelto en 1993 y reemplazado por la Dirección de Seguridad Pública e Informaciones (DISPI), organismo que volvió a la visión anterior, de coordinar a las Fuerzas armadas con el poder civil en inteligencia, sobre todo en seguridad exterior, las autoridades democráticas seguían viendo con malos ojos la existencia de un organismo de inteligencia civil -en parte porque temían que se transformaran nuevamente en una Policía secreta- por consiguiente, cada fuerza y policía tenia su propia inteligencia.

El hecho que genera la necesidad de la existencia de un Servicio de Inteligencia Civil, fueron los Atentados del 11 de septiembre de 2001, el mismo día 12 de septiembre empezó la conversación para la creación de un organismo de inteligencia para evitar hechos como el de EE.UU., lo que se sello el 21 de septiembre del mismo, cuando el gobierno decidió empezar a crear la ley que daría forma a la ANI.

El año 2004 finalmente, se promulga la ley 19.974 que crea la Agencia Nacional de Inteligencia (ANI) y se estructura el Sistema de Inteligencia del Estado. El cambio es importante, aborda temas de inteligencia hasta ese momento no tratados, mas no por ello inexistentes, por ejemplo, la regulación dada a las actividades, estructuras y funcionarios de los organismos de la administración pública que participan en las diversas etapas de la producción de inteligencia estratégica nacional.^[9]​

La ANI se estructura como un servicio público centralizado, de carácter técnico y especializado, que está sometido a la dependencia del Presidente de la República a través del Ministerio del Interior. Expresamente, se estableció como un organismo sin carácter operativo. Se trata del primer servicio de inteligencia compuesto íntegramente por civiles en la historia del país que expresamente no puede actuar como Policía secreta.^[9]​

Su primer director fue Gustavo Villalobos Sepúlveda, último director de la DISPI entre 2004 y 2010.

En el año 2010 bajo el gobierno del presidente Sebastián Piñera, fue nombrado el ex-fiscal adjunto de Quillota, Gonzalo Yuseff Quirós, como Director de la Agencia.

Se puede señalar que, luego de iniciales tropiezos, producto de lógicas corporativas enraizadas y suspicacias de tipo ideológico, se ha establecido una creciente cooperación entre los servicios de inteligencia de las Fuerzas Armadas y las Policías, por un lado, y el nuevo organismo civil, por el otro. Esto se evidencia en el continuo intercambio de información y apreciaciones, tanto en temas internacionales -con las Fuerzas Armadas- como en cuestiones de orden interno, en caso de las Policías.

En marzo de 2014, la presidenta Michelle Bachelet, nombra a Gustavo Villalobos Sepúlveda como Director de la Agencia.^[12]​

El 16 de abril de 2018, el presidente Sebastián Piñera Echenique, nombra al abogado Luis Antonio Masferrer Farías como nuevo Director de la Agencia.^[13]​

El 15 de noviembre de 2019, tras duras críticas por no haber anticipado el Estallido Social, el abogado Luis Antonio Masferrer Farías pone su cargo a disposición del Presidente Sebastián Piñera, el cual acepta su renuncia y nombra a Gustavo Jordán Astaburuaga como el nuevo Director de la Agencia.^[14]​

Las funciones de la ANI son:

• Recolectar y procesar información de todos los ámbitos del nivel nacional e internacional y producir inteligencia de acuerdo con los requerimientos del Presidente de la República;
• Elaborar informes de inteligencia, de carácter secreto, para la Jefatura de Estado y a los organismos que esta determine;
• Proponer normas y procedimientos de protección de los sistemas de información crítica del estado;
• Requerir de los organismos de inteligencia militares y policiales información que sea de competencia de la ANI;
• Requerir de los servicios de la Administración del Estado los antecedentes e informes que estime necesarios para el cumplimiento de sus objetivos y disponer la aplicación de medidas para detectar, neutralizar y contrarrestar las acciones de grupos terroristas, nacionales o internacionales y de organizaciones criminales transnacionales.
• Encabezar el Sistema de Inteligencia del Estado; El Sistema de Inteligencia del Estado está integrada por la Agencia Nacional de Inteligencia (ANI) (quien hace cabecera); la Dirección de Inteligencia de Defensa del Estado Mayor Conjunto (DID), dependiente del Ministerio de Defensa; las Direcciones de Inteligencia de las Fuerzas Armadas, y las Direcciones o Jefaturas de Inteligencia de las Fuerzas de Orden y Seguridad Pública, o sea Carabineros de Chile y la Policía de Investigaciones de Chile (PDI).

La Máxima autoridad de la Agencia Nacional de Inteligencia (ANI) es el director, cargo de la exclusiva confianza del presidente, hoy su labor principal es realizar inteligencia política.

La agencia, según la ultima filtración en 2006, cuenta con una planta aproximada de 125 personas, hoy ese numero es desconocido.

• Gustavo Villalobos (2004-2010)
• Gonzalo Yuseff (2010-2014)
• Gustavo Villalobos (2014-2018)
• Luis Masferrer (2018-2019)
• Gustavo Jordán (2019-2022)
• Luis Marcó (2022-presente)

El 18 de enero de 2006 fue detonada una bomba en la entrada de las oficinas de la ANI en pasaje Tenderini con la esquina de calle Moneda en la ciudad de Santiago. El ataque, que dejó a un funcionario de aseo municipal herido, fue reivindicado por las desconocidas y autodenominadas "Fuerzas Autónomas y Destructivas Leon Czolgosz".^[15]​ Días después el grupo clamó responsabilidad del ataque en un comunicado, advirtiendo que comunicados de otras células son rápidamente bajados de internet y, por lo tanto, algunos ataques han pasado desapercibidos.^[16]​

• Inteligencia política
• Servicio de inteligencia
• CIA
• Anexo:Agencias de inteligencia

• Noticia sobre el atentado a las oficinas de la ANI
• Panfleto encontrado el día del atentado a las oficinas de la ANI (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
• ANI-Gobierno Transparente
• Sistema de Inteligencia del Estado a la luz del Derecho. Rodrigo Vera Lama, Editorial Librotecnia, Santiago, Junio 2008, 351 páginas, ISBN 978-956-7950-80-5.
• Sistema de Inteligencia Chileno. Rodrigo Vera Lama, Editorial Metropolitana, Santiago, diciembre de 2017, 388 páginas, ISBN 978-956-286-241-7. Versión actualizada y ampliada del libro denominado Sistema de Inteligencia del Estado a la Luz del Derecho.
• Sancho Hirane, Carolina (2009) Reflexión en Torno a la Comunidad de Inteligencia en Chile a Partir de la Cultura de Inteligencia Nacional: los desafíos pendientes. En: SWENSON, Russell G., coord. y LEMOZY , Susana C., coord. Democratización de la función de inteligencia: el nexo de la cultura nacional y la inteligencia estratégica. Washington, National Defense lntelligence College. Pp.165-196. Disponible en: http://ni-u.edu/ni_press/pdf/Democratizaci%C3%B3n_de_la_Funci%C3%B3n_de_Inteligencia.pdf]
• Desde el Estado de la Seguridad al Estado de la Inteligencia. Eduardo Verdugo Hidalgo, Universidad Miguel De Cervantes - Centro de Estudios y Gestión para el Desarrollo CEGADES, Mayo 2021, 203 páginas, Santiago de Chile. ISBN No 978-956-7803-31-6 y ISBN No 978-956-7803-32-3