Fue fundado en el año 1904 en la ciudad de Prostejov con el nombre SK Prostejov, y han tenido varios nombres a lo largo de su historia, los cuales han sido:

• 1904-48 : SK Prostějov
• 1948-50 : Sokol Prostějov II
• 1950-53 : Sokol ČSSZ Prostějov
• 1953-57 : Tatran Prostějov
• 1957-59 : Slovan Prostějov
• 1959-90 : TJ Železárny Prostějov
• 1990-95 : SK Prostějov fotbal
• 1995-2006 : SK LeRK Prostějov (al fusionarse con el FC LeRK Brno)
• 2006-hoy : 1.SK Prostějov

El club jugó pocas temporadas en la Primera División de Checoslovaquia, pero bien provechosas para la institución, ya que registran un subcampeonato en la temporada de 1941/42 y permaneció en la máxima categoría hasta la temporada 1945/46, justo antes de que finalizara la Segunda Guerra Mundial.

Tras la caída de Checoslovaquia el club se integró a la Druhá liga, en donde permaneció en su primera etapa hasta la temporada 2002/03 cuando fueron forzados a descender debido a que su estadio no reunía las condiciones para se sede de partidos de la segunda categoría.^[1]​

A nivel internacional el club registra dos participaciones en la desaparecida Copa Mitropa, en donde llegó a los cuartos de final en la edición de 1936.^[2]​

• Czech 2. Liga: 1

1933/34

• MSFL: 2

2015/16, 2017/18

• Divize D:

1975/76, 1979/80

• Liga de Moravia: 3

1938/39, 1943/44, 1955

• Liga de Olomuc: 2

1951, 1953

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• Página web oficial (en checo)
• Tabla Histórica de la Primera División de Checoslovaquia