El funcionamiento de Zotero se basa en los siguientes principios:

1. Recopilar. El primer paso para utilizar Zotero consiste en recopilar información y añadirla a la base de datos de forma automática mediante capturas individuales o múltiples a partir de un mecanismo de lectura de los metadatos; a partir del DOI, o de manera manual rellenando los múltiples campos necesarios para poder referenciar bien los recursos bibliográficos.
2. Organizar. Una vez que hemos añadido los recursos a la biblioteca es importante organizarlos para poder encontrarlos en el futuro y para ello ofrece cuatro funcionalidades: colecciones, etiquetas, elementos relacionados y búsquedas guardadas.
3. Citar. Zotero también puede ser utilizado para la redacción de artículos e investigaciones, ya que permite citar recursos bibliográficos dentro del texto, también crear referencias bibliográficas y bibliografías de manera casi automática al integrarse con los procesadores de texto.
4. Sincronizar. Es posible crearse una cuenta de usuario gratuita; de esta forma todo lo que almacene se guarda en el ordenador y, también, en su servidor. Permite sincronizar la biblioteca de referencias, notas y adjuntos.
5. Colaborar. Permite tener la biblioteca en un servidor remoto y, disponiendo de una cuenta de usuario, ofrecer ciertas funciones sociales, tales como compartir colecciones (pueden ser públicas o restringidas a un grupo de usuarios). Se pueden crear grupos de colaboración y compartir colecciones.

Zotero fue creado en octubre de 2006 por Dan Cohen, Josh Greenberg y Dan Stillman, del Center for History and New Media de la Universidad George Mason. Buscando en un diccionario inglés-albanés el equivalente del término aprendizaje, los creadores encontraron zotëroj, que hace referencia, en una de las acepciones del término, a «dominar o adquirir una habilidad en el aprendizaje»;^[4]​ así habría sido cómo esta herramienta, haciendo honor a su nombre, empezó a dominar el mercado de los gestores de referencias por su facilidad de uso, funcionalidad y capacidad. Desarrollado por primera vez como complemento para Firefox, actualmente es una de las aplicaciones más atractivas para el usuario con conocimientos informáticos básicos o medios. Hasta 2017 era posible instalarlo como extensión del navegador web Firefox o como programa independiente (Zotero Standalone). Desde la versión 5.0, Zotero existe solo como programa independiente.

• Software libre y de código abierto, gratuito y multiplataforma. Disponible como programa independiente con conectores opcionales que le permiten trabajar con Chrome o Safari u Opera, o en versión web.
• Almacenamiento y gestión de referencias, etiquetas, notas y archivos adjuntos.
• Extracción automática de metadatos de documentos PDF.
• Copias de seguridad y sincronización entre varios equipos (requiere creación de cuenta de usuario).
• Búsqueda completa de texto a través de documentos.
• Filtrado inteligente, etiquetado y cambio de nombre de archivos PDF.
• Citas y bibliografías sincronizadas en Microsoft Word, OpenOffice, LibreOffice, Google Docs, ONLYOFFICE,^[5]​ en distintos idiomas.^[6]​
• Utilización del formato Citation Style Language (CSL) para la creación de estilos de citas bibliográficas, con más de 8 500 estilos disponibles y posibilidad de crear otros nuevos.^[7]​
• Soporte para el sistema de integración bibliográfica COinS y bookmarklet para importar de cualquier sitio que soporte COinS.^[6]​
• Capacidad para compartir y colaborar en grupo.
• Importación y exportación a distintos formatos.
• Importación de registros desde un gran número de bases de datos (por ejemplo, PubMed, Google Scholar, Arxiv, etc.) y también de sitios web como YouTube, SlideShare, IMDb, etc.
• Generar informes y cronologías de referencias.
• Disponibilidad de aplicaciones de terceros que extienden sus funcionalidades.
• Gran número de tipos de registros para distintos tipos de documentos.
• Crear colecciones bibliográficas de manera local y web (sincronizada).
• Permite abrir archivos PDF en un lector incorporado dentro de la ventana principal de Zotero, en una nueva interfaz con pestañas
• Permite corregir metadatos de las referencias mientras se visualiza el PDF.
• Permite marcar archivos PDF con resaltados, notas y anotaciones de imágenes.
• Es posible agregar anotaciones a las notas de Zotero con citas automáticas, en el editor de notas.
• Permite citar otros elementos directamente en las notas utilizando el cuadro de diálogo de citas de Zotero.
• Imágenes incrustadas en notas

• Wikipedia:Referencias con Zotero

• Sitio web oficial (en inglés)
• Documentación (en inglés)
• Comparación de gestores bibliográficos - 6a actualización (junio 2016). Universidad Técnica de Múnich. (2016).
• Zotero Blog. (11 de abril de 2007). Zotero & Wikipedia: Perfect Together. (en inglés)
• Ronconi, R. (2024). Guía Gestor bibliográfico Zotero. (2da. ed.) https://zenodo.org/records/13845851^[1]​

1. ↑ Ronconi, Roberto (2024). «Guía Gestor bibliográfico Zotero. Segunda edición.». Repositorio Zenodo. doi:10.5281/zenodo.13845851. Consultado el 09-10-2024.