El nombre Zanjibâr viene del idioma persa Zangī-bâr.

Durante muchos años, Zinjibar consistió en un centro de comercio establecido con el Lejano Oriente.^[1]​ Sin embargo, en 1163, la ciudad fue quemada y destruida por Abdel Nabi Ali Mahdi Yoosuf. Gracias a las evidencias de alfarería yemení del siglo XV que había en el yacimiento arqueológico de Mazda (القريات) volvió a ser reconstruida, pero durante un conflicto armado entre tribus quedó destruida de nuevo. En el siglo XIX el Sultán Hussein bin Ahmed bin Abdullah, de Fadhli, la reconstruyó, aunque luego se exilió a Pune, en la India, pero a principios de 1920 regresó porque los británicos lo obligaron a exiliarse a Zinzibar y, por eso, tras regresar la renombró como Zinjibar a fin de honrar su exilio.

En mayo de 2011, militantes islamitas tomaron la ciudad durante la Revolución yemení.^[2]​^[3]​ En junio del año siguiente, la Armada yemení la recuperó.^[4]​ También recuperaron la ciudad vecina de Jaʿār, 15 kilómetros al norte.^[5]​

A finales de marzo de 2012 fue tomada por soldados leales a Houthis, que expulsaron a las tropas leales del presidente Abd Rabbuh Mansur al-Hadi. Además, sufrió bombardeos por parte de la intervención militar aprobada por Hadi.^[6]​