Dedicó su vida profesional a la práctica de la física en Londres, pero personalmente se centró en la investigación química. Se concentró de forma especial en la química biológica y realizó numerosos análisis de secreciones de organismos vivos, que consideraba que eran producidos por la ruptura de tejidos corporales.

En 1823, descubrió que los jugos estomacales contienen Ácido clorhídrico, y que pueden separarse de los jugos gástricos por destilación. En 1827, propuso la clasificación de las sustancias alimenticias en carbohidratos, grasas y proteínas.

A Prout se le recuerda sobre todo, sin embargo, por sus investigaciones en química física. En 1815, basándose en las tablas de pesos atómicos disponibles en su época, estableció de la hipótesis de que el peso atómico de todo elemento es un número entero múltiplo del peso del hidrógeno, sugiriendo que el átomo del hidrógeno es la única partícula realmente fundamental, y que los átomos de los otros elementos químicos están hechos de agrupaciones de varios átomos de hidrógeno. Aunque la hipótesis de Prout no fue corroborada posteriormente por las medidas más ajustadas de los pesos atómicos, fue una aproximación lo suficientemente fundamental a la estructura del átomo, para que en 1920 Ernest Rutherford eligiese el nombre del recién descubierto protón para, entre otras razones, reconocer el mérito de Prout.

Prout contribuyó a la mejora del barómetro y la Royal Society de Londres adoptó su diseño como un estándar nacional.

Prout escribió el octavo de los Bridgewater Treatise, Chemistry, Meteorology, and the Function of Digestion, considered with reference to Natural Theology. Fue en esta obra donde acuñó el término «convection» para describir un tipo de transmisión de energía.^[3]​^[4]​

En 1814, Prout se casó con Agnes Adam de Edimburgo, Escocia, con la que tuvo seis hijos.^[5]​ Prout falleció en Londres en 1850.

El Prout es la unidad de la energía de enlace nuclear, y es el 1/12 de la energía de enlace nuclear del deuteron, o 185.5 keV.

• Prout, William (1825). An Inquiry Into the Nature and Treatment of Diabetes, Calculus, and Other Affections of the Urinary Organs (2 edición). Londres: Baldwin, Craddock, and Joy. 
• Prout, William (1834). Chemistry, Meteorology, and the Function of Digestion Considered with Reference to Natural Theology; Bridgewater Treatises, W. Pickering (reissued by Cambridge University Press, 2009; ISBN 978-1-108-00066-6)
• Prout, William (1816). «Correction of a Mistake in the Essay on the Relation between the Specific Gravities of Bodies in their Gaseous State and the Weights of their Atoms». Annals of Philosophy 7: 111 - 113. 
• Prout, William (1849). On the Nature and Treatment of Stomach and Urinary Diseases (3 edición). Londres: John Churchill. 
• Prout, William (1815). «On the Relation between the Specific Gravities of Bodies in their Gaseous State and the Weights of their Atoms». Annals of Philosophy 6: 321 - 330. 

• Fellow of the Royal Society (1819)
• Copley Medal (1827)
• Fellow of the Royal College of Physicians (1829)

• Ahrens, Richard Ahrens (1 de enero de 1977). «William Prout (1785–1850) A Biographical Sketch». The Journal of Nutrition 107 (1): 15 - 23. Consultado el 6 de marzo de 2008. 

• Benfey, O. Theodore (1952). «Prout's Hypothesis». Journal of Chemical Education 29: 78 - 81. 

• Brock, W. H. (1963). «Prout's Chemical Bridgewater Treatise». Journal of Chemical Education 40: 652 - 655. 

• Brock, W. H. (1 de abril de 1965). «The Life and Work of William Prout». Medical History 9 (2): 101 - 126. PMID 14309114. Consultado el 6 de marzo de 2008. 

• Brock, W. H. (1985). From Protyle to Proton. Bristol, England: Adam Hilger Ltd. ISBN 0852748019. 

• Copeman, W. S. C. (1970). «William Prout, M.D., F.R.S. Physician and Chemist (1785-1850)». Notes and Records of the Royal Society of London 24 (2): 273 - 280. doi:10.1098/rsnr.1970.0019. 

• Gladstone, Samuel (1947). «William Prout (1785-1850)». Journal of Chemical Education 24: 478 - 481. 

• Rosenfeld, Louis (2003). «William Prout: Early 19th Century Physician-Chemist». Clinical Chemistry 49: 699 - 705. PMID 12651838. doi:10.1373/49.4.699. Archivado desde el original el 7 de junio de 2011. Consultado el 22 de febrero de 2010. 

• Siegfried, Robert (1956). «The Chemical Basis for Prout's Hypothesis». Journal of Chemical Education 33: 263 - 266. 
• The Semiempirical Formula for Atomic Masses