Santiago Liniers tenía serios problemas económicos, por lo que decidió unirse a su hermano mayor, el conde Enrique Luis Santiago de Liniers, quien fue el principal impulsor de la "Real Fábrica de Pastillas", un proyecto comercial para producir gelatinas y pastillas alimenticias destinadas a prevenir enfermedades como el escorbuto, comunes en viajes largos y contextos con limitado acceso a alimentos frescos. Estos productos ofrecían una solución práctica para reemplazar carnes saladas y facilitar el transporte marítimo al eliminar la necesidad de embarcar ganado vivo. La empresa recibió un capital inicial de 600 pesos fuertes de la Real Hacienda en 1790.^[1]​^[2]​

Para dedicarse plenamente al negocio, Santiago se trasladó de Montevideo a Buenos Aires con su hijo y su hermano, alquilando una casa en el barrio de Santo Domingo. Posteriormente, solicitaron autorización para instalar la fábrica en una quinta cercana (en principio en la zona del barrio de Retiro) pero su propuesta enfrentó una serie de trabas administrativas incluyendo preocupaciones sanitarias y económicas por parte del Cabildo de Buenos Aires, basándose en una antigua resolución que prohibía corrales en la ciudad.^[1]​

Detrás de estas dificultades se encontraban los intereses de comerciantes influyentes como Martín de Álzaga, Lezica y Santa Coloma, quienes veían amenazados sus negocios. Además, el permiso que el conde de Liniers había obtenido para importar 2000 esclavos desde África generó resentimientos entre los comerciantes locales, intensificando las tensiones. Estos conflictos no solo sabotearon el proyecto comercial, sino que también marcaron el inicio de una rivalidad económica y política entre Santiago Liniers y Álzaga.^[1]​

A duras penas, lograron finalmente habilitar la fábrica, pero para pedidos muy limitados. Estaba ubicada en una quinta en el actual barrio de Almagro, delimitada por las calles Virrey Liniers, Venezuela, Boedo y Belgrano.^[1]​^[2]​

En 1795, se desató una crisis debido a sospechas de conspiración entre esclavos y franceses en Buenos Aires, agravada por tensiones entre España y Francia. Las investigaciones involucraron allanamientos en la fábrica, detenciones y torturas, aunque no se hallaron pruebas sólidas de sedición. Finalmente, varios acusados fueron desterrados o encarcelados. La fábrica nunca superó sus problemas financieros ni la incertidumbre política, además de la falta de tecnología adecuada, y finalmente dejó de funcionar.^[1]​