Al comienzo del conflicto la marina de guerra argentina era prácticamente inexistente. La mayoría de los vapores utilizados en la Guerra entre la Confederación Argentina y el Estado de Buenos Aires se encontraban en reparaciones o se habían desarmado y arrendado por lo que al iniciarse las hostilidades solo pudo contarse con el Pampero y el Argos, de escaso valor militar, y el Guardia Nacional por lo que en una primera instancia se recurrió a numerosos buques de cabotaje mercante mediante contratos.

Se incorporaron también dos pequeños vapores construídos en el Riachuelo para la navegación del Río Negro, el Choele Choel y el Feliz Colón, rebautizado Itapirú. Durante la guerra llegaron al país y fueron adquiridos por el estado dos vapores construídos para la guerra de Secesión, el Silph, rebautizado Coronel Espora y el Amazonas, denominado General Brown.

Los buques resultaron muy útiles para el transporte a los puntos de concentración y para el abastecimiento y traslado de heridos, pero desde el punto de vista militar su participación fue reducida. La armada permaneció al mando el coronel José Murature.

Por su parte, al inicio del conflicto la isla Martín García había sido artillada con 17 piezas de variado calibre (25 a 5 libras) en 6 baterías.

La lista de los buques involucrados en el conflicto es la siguiente:

  Desafectados   Perdidos   Incorporados

  Vapor   Goleta   Bergantín

(*) Arrendados

1865: Batalla del Riachuelo, Paso de Mercedes, Paso de Cuevas

fragata Amazonas

corbetas Beberibé, Belmonte, Parnahyba, Jequitinhonha

cañoneras Araguary, Mearim, Ipiranga, Iguatemy, Ivaí, Itajaí, Anhambaí, Majé

transporte Apa

bajas: cañonera Anhambaí

1866: Fortaleza de Itapirú, Desembarco de Paso de la Patria

encorazado Rio de Janeiro

corbetas encorazadas Brasil, Nichteroy, Mariz e Barros

corbeta Recife

monitor encorazado Bahía

cañoneras Chuí, Corumbá, Greenhalgh, Henrique Martins

vapores Cuevas, Leopoldina

transporte Pedro II

bajas: encorazado Rio de Janeiro

1867: Paso de Curupayty

encorazados Tamandaré, Colombo, Cabral, Barroso,

corbeta encorazada Herval

monitores encorazados Silvado, Lima Barros

monitores Pará, Alagoas

aviso Lindóia

bombarderas Forte de Coimbra, Pedro Afonso

pontones artillados Cuevas, Riachuelo

vapores Antônio João, Dezesseis de Abril, Golfinho Cuevas

cañonera Jauru

bajas: cañonera Jauru

1868: Paso de Humaitá, Paso de Angostura

monitores Piauhy, Rio Grande, Santa Catarina, Ceará

cañoneras Felipe Camarão, Henrique Dias

bajas: vapor Cuevas