De espíritu liberal sufrió la persecución durante la Segunda República tras lo que se conoció como "El Incidente de La Granja" (y que se recogió por la práctica totalidad de diarios de la época). Dicho incidente consistió en que la mujer del presidente de la República, Sánchez Guerra, acudió a las instalaciones del Club Naútico para darse un baño en las mismas. Al no ser socia del Club, el Conde de Albiz, que por entonces era secretario del mismo la invitó a marcharse. Al poco tiempo volvió la señora -muy necesitada de darse un baño- acompañada por su esposo, el Presidente de la República y por la Guardia Civil. Ante dicho acompañamiento, parece ser que se bañó, aunque no tengamos datos para saberlo con certeza.

Lo que si es cierto es que dos días después del incidente, el primer día laborable, el Presidente de la República -en una demostración de ejercicio caciquil- firmó la orden de expropiación de todos los bienes y terrenos del Club, que no fueron recuperados hasta después de la Guerra Civil, y solamente en parte.

Durante la Guerra Civil que tan tristemente asoló nuestra España, Juan Manuel sufrió en sus propias carnes la prisión en la carcel de San Antón, tras ser detenido en el Alto de Navacerrada cuando se trasladaba a Madrid a buscar a su hijo Ricardo, a su hermano Antonio y a los hijos de este.

Sin embargo, mucho más que la carcel, le dolería perder a dos hijos, Ricardo y Guillermo; a sus dos únicos hermanos, Antonio (fusilado en Paracuellos por el simple hecho de ser católico) y Manuel; y a sus dos cuñados, Carlos y XXX.

En la carcel de San Antón compartió celda con su tío el Marqués de Urquijo al que, en una muestra clara de cariño fraternal, le planchaba las camisas durante el cautiverio.

La fuga de San Antón es un hecho histórico que proporciona a la familia alegría y a la vez tristeza. La vinculación de la familia con la embajada inglesa era (y lo siguió siendo durante años) muy importante. Los Comyn eran una especie de cónsules ingleses en Madrid que, desde su despacho de abogados, resolvían los problemas en España de ciudadanos ingleses y de las grandes corporaciones anglosajonas y americanas que querían expandirse en España. En dicho despacho trabajaban al estallar la Guerra los tres hermanos: Juan Manuel, Antonio y Manuel, todos ellos abogados.

El gobierno de Su Majestad, al estallar la Guerra Civil, se encontró con la dificil papeleta de apoyar a una revolución militar que derrocaba un gobierno teóricamente democrático, papeleta que solvento no participando activamente a favor de ningunode los dos bandos. Los diplomáticos ingleses abandonaron Madrid.

Sin embargo, un coronel de la embajada, el Coronel Lance -nunca se sabrá si auspiciado por alguien o por su única voluntad- decidió prestar ayuda a distintas personas que estaban pasando apuros en aquel Madrid en el que todo aristócrata, católico o profesional liberal era perseguido hasta la muerte. Todas sus peripecias las recogió posteriormente en un libro autobiográfico titulado "El Pimpinela Español".

En dicho libro relata la misma historia que contaba Juan Manuel sobre cómo se había producido su fuga. Dice el coronel Lance que fue de todos sus rescates el más peligroso, se trataba de sacar de San Antón al Señor A (Albiz).

Sea como fuere, el coronel lance tomó prestado un coche oficial de la Embajada, colocó sendas banderas de la Unión en su frente, y se dirigió a la carcel de San Antón con un salvoconducto falsificado para el Señor Conde del Albiz. Dice Lance....

Toda la historia sería feliz si no fuera porque entre los demás presos se encontraba también Antonio Comyn y Allendesalazar. Así, los carceleros fueron a buscar al Conde, pero por error sacaron de su celda a Antonio.

Antonio, al ver el salvoconducto del coronel Lance, en un acto de heroismo y amor fraterno que por siempre permanecerá en la memoria de toda la familia, deshizo el entuerto volviendo a ser encarcelado y liberado, en su lugar, su hermano Juan Manuel.

Contaba el Sr. Conde que tuvieron ocasión de cruzarse y despedirse, quizá intuyendo ya que sería para siempre.

Desde su fuga y hasta el final de la Guerra, Juan Manuel coordinó desde la Embajada de Inglaterra, situada en Biarritz, las operaciones de rescate que los ingleses hicieron en España, siendo cientos las personas que, tanto de un bando como de otro, salvaron sus vidas gracias a la intervención de Juan Manuel. Muchos años después hay familias que aún recuerdan a sus descendientes la ayuda que recibieron de su ejemplar antepasado. ¡Cuánto le dolería no encontrar a su hermano, de cuyo asesinato no tendría noticia hasta el final de la Guerra!

Una vez terminada la Guerra, y pese a las pérdidas en ella sufridas, tuvo que soportar que -por su espíritu liberal y monárquico- se le abriera un expediente por el Tribunal Especial para la Persecución de la Masonería y el Comunismo, y se le apartara de sus cargos en empresas públicas.

Don Juan Manuel era un demócrata monárquico, formado en la ideas del parlamentarismo sajón. Un inglés nacido en una patria que no era la suya. Por ello, durante la II Guerra Mundial colaboró directamente con Allan Hillgarth -que fue además gran amigo suyo- en la creación en España del servicio de espionaje inglés y en algunas de las operaciones clave de este servicio durante ese periodo, especialmente la compra de los generales españoles para que España no entrara en la Guerra apoyando al régimen Nazi (operación llamada "Los Caballeros de San Jorge") y la batalla del Atlático contra los submarinos alemanes que cortaban los tráficos de suministro de alimentos y armamento desde los EEUU hasta Inglaterra.

Su papel en dicho entramado de espionaje no lo conocemos con certeza a día de hoy, pero el hecho de que recibiera una de las máximas condecoraciones de Su Majestad, siendo nombrado Knight Commander of the British Empire nos lleva a pensar que realizara alguna actuación de importancia para el futuro de Inglaterra que, como se demostró posteriormente, fue el de todos los europeos. La seriedad de la situación y la importancia del reconocimiento no hicieron perder al matrimonio su gran sentido del humor, llamádose entre amigos, Lady Pepa y Lord Juan.

Murió el 7 de Marzo de 1961, siendo enterrado en el Real Sitio de La Granja.

A su muerte dejó un vasto legado de conocimiento recogido en su magnífica biblioteca

-perfectamente ordenada y cada libro con un precioso ex libris heráldico-, los libros que el mismo había escrito (cientos de hojas de grata lectura y fruto de un afán y capacidad investigadora sorprendentes), un archivo familiar completo, y un archivo de negocios imprescindible para comprender el desarrollo industrial español, y el desembarco de las grandes empresas americanas, inglesas y francesas en el territorio patrio.