Su organización se basa en la división eclesiástica de Argentina, la cuál se fusiona con las zonas y distritos de la asociación; es decir, las autoridades dividen su territorio en las circunscripciones eclesiásticas del país (Arquidiócesis y/o Diócesis) y las divisiones de la asociación (Grupo, Distrito y Zona) se rigen según los territorios eclesiásticos.

A nivel nacional está presidida por el Comisionado Nacional, que también representa a la comisión ante el Comité Ejecutivo de SAAC y un Capellán Nacional, que debe ser un presbítero u obispo designado por la Conferencia Episcopal Argentina. Todas las autoridades, sin excepción, deben ser miembros de Scouts de Argentina.

Sus divisiones son iguales a los territorios de las Diócesis y Arquidiócesis presentes en la Argentina. Cada Diócesis o Arquidiócesis tiene designado un Capellán Diocesano (o Arquidiocesano) que se encarga de pastoreo de los fieles scouts católicos en el territorio de su territorio, es designado por el obispo o arzobispo de la circunscripción. Tambien está el Comisionado Diocesano o Arquidiocesano y se encarga de la administración de la comisión en el territorio de la circunscripción, es designado por la Conferencia Diocesana de Pastoral Scout Católica.

A nivel de los grupos scouts están los Capellanes de Grupo y los Asesores Religiosos (Auxiliares de Pastoral). El Capellán de Grupo es designado por el obispo o arzobispo correspondiente al territorio en el que se encuentra el grupo, es un presbítero. El Asesor Religioso cumple la función de ayudante y dirigente de la pastoral en el grupo scout.