La Universidad San Pedro se creó el 25 de junio de 1988 mediante la ley N° 24871, y consolidada por el decreto legislativo N° 25969. Más adelante, el 3 de noviembre de 1993, la Asamblea Nacional de Rectores mediante resolución N° 648-93-ANR, otorga la autorización de funcionamiento definitivo a la Universidad y el uso de su plena autonomía académica, económica y administrativa conferida mediante Ley Universitaria. Conformada la Asamblea Universitaria, el 17 de mayo de 1994, se elige como primer Rector a Jorge Arturo Benites Robles y a los Vicerrectores Académico y Administrativo, Arnulfo Becerra Alfaro y Javier Azparrent Taipe respectivamente.

En el año 2003, la Universidad San Pedro recibió la acreditación por el Consejo Nacional de Acreditación de Universidades. Siendo la primera universidad de provincias en conseguir la acreditación en el país y la segunda a nivel nacional. El 25 de enero de 2008, la Asamblea Universitaria eligió al economista y administrador de empresas José María Huamán Ruíz como nuevo Rector de la Universidad San Pedro, para el periodo 2008-2013.

La universidad fue denegada el 5 de diciembre de 2019 por la SUNEDU al no haber cumplido con los requisitos básicos para centros de estudios superiores, cerró en 2021.

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