La Universidad Provincial del Sudoeste fue creada en el año 1992 por Ley Provincial N° 11465 y su modificatoria de 1994 N°11523. El 21 de septiembre de 2000 se pone en marcha a través del Decreto N.º 3173, donde además se designa a José Alberto Porras como Delegado Organizador quien estaría a cargo de dirigir la Universidad durante el período de puesta en marcha.

El 1 de junio de 2004 el entonces gobernador de la provincia de Buenos Aires, Felipe Solá, aprueba el estatuto de la UPSO según el Decreto N.º 1139. Según lo establece su estatuto, la Universidad desarrolla su acción dentro del régimen de autonomía y autarquía que le concede la legislación vigente. El 30 de agosto de 2004 fue elegido José Alberto Porras como primer Rector de la Universidad Provincial del Sudoeste, por unanimidad de votos de todos los miembros del Consejo Asesor de esta universidad conformado por los intendentes de los distritos que participan del Programa.^[1]​

El 31 de marzo de 2014, la presidenta de la Nación Cristina Fernández de Kirchner hizo entrega al Rector de la UPSO Hernán Vigier del decreto 436/2014 que otorga el Reconocimiento Nacional a la Institución. Esto representó un avance significativo para la Institución en el proceso de reconocimiento de las carreras de la UPSO por parte del Ministerio de Educación de la Nación, para la validez nacional de sus títulos. Este decreto requirió además la aprobación de la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU) del proyecto institucional en abril de 2013.

Tiene como objetivos fundamentales propender a la solución de los problemas, anhelos y necesidades de los habitantes de la región de influencia, contribuir al desarrollo del sudoeste de la Provincia de Buenos Aires, a través de la educación universitaria, la investigación, la extensión y la incubación de proyectos y emprendimientos y además formar jóvenes emprendedores en distintas áreas del conocimiento, llevando la educación a sus lugares de origen con el fin de evitar el desarraigo.

Además desarrolla en el marco de un convenio entre la Universidad Nacional del Sur (UNS) y la Universidad Provincial del Sudoeste (UPSO), el Programa de Estudios Universitarios en la Zona (PEUZO). Este proyecto educativo propone formar graduados con fuerte perfil emprendedor, con el complemento de la incubación de proyectos y emprendimientos que surjan de la iniciativa de los alumnos avanzados o graduados. Debido a estas características, el PEUZO es en sí mismo un proyecto de desarrollo regional armónico a mediano plazo, que tiene como actores centrales a sus graduados, con el apoyo de dos universidades y de las autoridades de cada localidad. Según lo establece el convenio firmado entre ambas universidades, la UNS otorga los títulos de algunas de las carreras que se dictan en el marco del Programa y la UPSO el de otras.^[2]​

La conducción de la Universidad Provincial del Sudoeste está a cargo del Rectorado y del Consejo Superior Universitario. El primero incluye al Rector y al Vicerrector, que trabajan con la colaboración directa de tres Secretarías, la Académica, la Administrativa, y la de Extensión e Incubación de Proyectos, y sus respectivas Direcciones. El Consejo Superior Universitario es el órgano colegiado de Gobierno de la Universidad y está compuesto por el Rector, los Consejos Directivos de las Facultades, un Consejero representante de los empleados no docentes y el representante de la región del Órgano Empresarial Administrativo. A la fecha hay constituidas dos Facultades, cuya naturaleza muestra claramente las líneas prioritarias de interés de la UPSO. La Facultad de Desarrollo Local y Regional, que nuclea a las carreras que generen recursos humanos útiles para el desarrollo local y regional. La restante es la Facultad de la Micro, Pequeña y Mediana Empresa, que nuclea a las carreras orientadas a facilitar la ocurrencia de emprendimientos económicos. El gobierno y conducción de estas Facultades está a cargo de los respectivos Consejos Directivos, conformados por los Decanos y los representantes de los claustros de Profesores, Docentes Auxiliares y Alumnos. Además, la Universidad cuenta con el Consejo Social, que tiene como Miembros Titulares a los Intendentes de los Distritos en donde la UPSO tiene Sedes Académicas. Entre otras atribuciones, el Consejo Social tiene la de dar su acuerdo para definir cada año en qué carrera se inscribirá en cada localidad. También interviene en la creación o supresión de Sedes Académicas.

La sede central de la Universidad Provincial del Sudoeste se encuentra en la ciudad de Pigüé y la sede administrativa en la ciudad de Bahía Blanca. Además, dado el funcionamiento de la institución de llevar la educación universitaria a todos los puntos de la región, se encuentran distribuidas en veintinueve localidades del Sudoeste Bonaerense (Carmen de Patagones, Villalonga, Pedro Luro, Hilario Ascasubi, Médanos, Mayor Buratovich, Punta Alta, Monte Hermoso, Coronel Dorrego, Tres Arroyos, Saldungaray, Sierra de la Ventana, Tornquist, Coronel Pringles, Laprida, General La Madrid, Coronel Suárez, Pigüé, Darregueira,  Puan,  Carhué, Rivera, Guaminí, Casbas, Daireaux, Salliqueló, Tres Lomas, Pellegrini y Benito Juárez).

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