La universidad fue creada por Ley N.º 29074 mediante la gestión impecable de la Congresista Margarita Sucari Cari de Puno , del 25 de julio de 2007, con la autorización del Consejo Nacional Para la Autorización de Funcionamiento de Universidades (CONAFU) bajo Resolución N.º 569-2011-CONAFU; cumpliendo con el Reglamento General del Proceso de Admisión a las Universidades bajo competencia del CONAFU, emitida por la Resolución N.º 471-2011-CONAFU, de fecha 22 de setiembre de 2011.^[1]​

Su primer proceso de Admision fue ciclo 2015-I, para cinco carreras profesionales: Gestión Pública y Desarrollo Social, Ingeniería Textil y de Confecciones, Ingeniería en Energías Renovables, Ingeniería Ambiental y Forestal, e Ingeniería en Industrias Alimentarias.

El 26 de agosto de 2018, la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria (Sunedu) otorgó la licencia institucional por una vigencia de 6 años.^[2]​

Actualmente ya inicio sus actividades académicas contando con las siguientes carreras profesionales: Cuenta con 10 escuelas profesionales debido a la creación de dos nuevas escuelas profesionales en el 2023 que perteneceran a la Facultad de Gestión y Emprendimiento Empresarial, la Unaj se divide en tres facultades.

Facultad de Ciencias de Ingeniería

• Ingeniería Ambiental y Forestal.
• Ingeniería en Energías Renovables.
• Ingeniería de Software y Sistemas.
• Ingeniería Mecatrónica.

Facultad de Ingeniería de Procesos Industriales

• Ingeniería de Industrias Alimentarias.
• Ingeniería Textil y Confecciones.
• Ingeniería Industrial.

Facultad de Gestión y Emprendimiento Empresarial

• Escuela Profesional de Gestión Publica y Desarrollo Social
• Escuela Profesional de Economía
• Escuela Profesional de Administración y Emprendimiento Empresarial

La universidad cuenta con 19 laboratorios y un taller. Asimismo está en construcción su local que incluye centro de investigación y procesamiento en el distrito de Ayabacas, se espera que este operativo a inicios del año 2019.

En los últimos años se ha generalizado el uso de rankings universitarios internacionales para evaluar el desempeño de las universidades a nivel nacional y mundial; siendo estos rankings clasificaciones académicas que ubican a las instituciones de acuerdo a una metodología científica de tipo bibliométrica que incluye criterios objetivos medibles y reproducibles, tomando en cuenta por ejemplo: la reputación académica, la reputación de empleabilidad para los egresantes, la citas de investigación a sus repositorios y su impacto en la web. Del total de 92 universidades licenciadas en el Perú,^[3]​ la Universidad Nacional de Juliaca se ha ubicado regularmente dentro del tercio inferior a nivel nacional en determinados rankings universitarios internacionales.