Tiene su origen el seminario de los jesuitas Colegio de San Jose, fundado en 1605 en época de la Capitanìa General de Filipinas. Tras la expulsión de los jesuitas de España (1767), el seminario pasó a depender de la orden de los dominicos.

Los jesuitas regresaron a Filipinas en el siglo XIX y en 1859 se hicieron cargo de la Escuela Municipal de Manila. Ésta tenía su origen en la Escuela Pía fundada para los niños necesitados por don Pedro Vivanco en 1816, que en 1830 había pasado a depender del ayuntamiento de Manila. Las clases tenían lugar en el convento de San Ignacio a la vez que se construían nuevos edificios para la docencia en Intramuros. En 1865 pasó a denominarse Ateneo Municipal de Manila con la incorporación de los estudios superiores.^[1]​^[2]​^[3]​

En 1902, época estadounidense (1898-1946) el Ateneo jesuita dejó de considerarse parte del sistema público de educación. A partir de 1907 pasó a impartir estudios de college y cambió de nombre a Ateneo de Manila en 1909. A partir de 1921 fue regido por la provincia jesuítica de Nueva York-Maryland, y los jesuitas españoles fueron relegados a los estudios en lengua española y latín. De esta época data la puerta de entrada en madera con la inscripción AMDG or Ad Majorem Dei Gloriam.

En 1932 los edificios del campus fueron arrasados por un incendio y el campus del Ateneo fue trasladado a Ermita. La Batalla de Manila supuso la destrucción del campus en 1945.^[4]​ Algunas facultades permanecieron en Ermita hasta 1977, a la vez que se construyó una nueva sede en la avenida Katipunan.

A partir de 1960 el alumnado de la universidad se involucró en el activismo político, promoviendo acciones para avanzar en la mejora de la educación del país en general, derechos sociales, combate de la pobreza y lucha contra la corrupción. En 1969 el padre Pacifico Ortiz fue nombrado primer presidente del Ateneo de Manila, siendo el primer filipino en el cargo. En el contexto del conflicto geopolítico de la guerra fría en Asia, a principios de 1970 los altercados del FQS se generalizaron, incluyendo acciones promovidas en el Ateneo. El presidente Ferdinand Marcos decretó la ley Marcial (1972-1981) y el Ateneo ordenó la moderación del activismo político para evitar su intervención militar.^[5]​ ^[6]​En 1973 fue admitida la primera mujer estudiante. A lo largo de los años se añadieron nuevas sedes, como la de Loyola Heights o Salcedo Village, Makati y nuevos centros como el de tecnología de la computación (1978)

Entre los políticos asesinados en Filipinas, alumnos el Ateneo, se encuentran Benigno Aquino Jr. (1983) o Evelio Javier (1984), cuyo asesinato precedió la Revolución EDSA, que derrocó a Ferdinand Marcos.^[7]​

En 2022 se produjo el tiroteo del Ateneo.

• Anexo:Rectores de la Universidad Ateneo de Manila
• Anexo:Doctores honoris causa por la Universidad Ateneo de Manila

1. ↑ «The Jesuits in the Philippines». 
2. ↑ «History | Ateneo Global». global.ateneo.edu. Consultado el 23 de agosto de 2025. 
3. ↑ «ON THE 140TH ANNIVERSARY OF THE ATENEO DE MANILA AND JESUIT EDUCATION IN THE PHILIPPINES – AJCU-AP» (en inglés estadounidense). 16 de agosto de 2017. Consultado el 23 de agosto de 2025. 
4. ↑ «The Catholic Standard and Times, Volume 50, Number 40, 13 July 1945». 
5. ↑ «Catholics Hold Vigil In Manila to Protest Raid on a Novitiate (Published 1974)» (en inglés). 2 de septiembre de 1974. Consultado el 23 de agosto de 2025. 
6. ↑ jcapadmin (30 de abril de 2023). «Living out a faith that does justice». Jesuit Conference of Asia Pacific (en inglés estadounidense). Consultado el 23 de agosto de 2025. 
7. ↑ admin (21 de septiembre de 2024). «PRWC » Youth's struggle for democratic rights during martial law». PRWC | Philippine Revolution Web Central. Consultado el 23 de agosto de 2025.