Así, sus funciones concretas son investigar y perseguir principalmente las siguientes tipologías delictivas:

• delitos económicos, en que se incluyen los fraudes, la falsificación de moneda y los delitos graves de contrabando
• tráfico organizado de drogas
• blanqueo de capitales
• homicidios y secuestros
• delincuencia organizada
• delitos contra el Patrimonio Histórico Español
• delitos telemáticos
• delincuencia medioambiental, en que se incluye el tráfico organizado de especies protegidas
• delitos relacionados con el consumo y el tráfico ilícito de medicamentos
• tráfico de objetos preciosos
• tráfico organizado de armas, explosivos y sustancias peligrosas o nocivas
• tráfico ilícito de vehículos
• tráfico de seres humanos

Otras funciones:

• establecer y mantener el enlace, coordinación y colaboración con otros servicios policiales u organismos afines, nacionales e internacionales, en el ámbito de la actividad de investigación.
• realizar investigaciones a solicitud de jueces, tribunales o fiscales.
• prestar apoyo a las Unidades Orgánicas territoriales de la Policía Judicial.

• Mando de la Unidad, Coronel de la Guardia Civil en Servicio activo
• Plana Mayor
• Departamento de Apoyo Técnico y Operativo. (S.E.V.A y S.A.T.O.)
• Departamento de Investigación Criminal I. Delincuencia General
• Departamento de Investigación Criminal II. Delincuencia Económico-Tecnológica
• Departamento de Investigación Criminal III. Tráfico de Drogas y Contrabando
• Unidad Adscrita a la Fiscalía Especial Antidroga
• Unidad Adscrita a la Fiscalía Especial Anticorrupción
• Equipos Contra el Crimen Organizado (ECO), seis equipos desplegados territorialmente

• 6 de diciembre de 1992: Crimen de Alcácer. Se forma un grupo mixto con la comandancia de Valencia para reinicar la investigación.
• 1992: Desaparición de Gloria Martínez
• 27 de febrero de 1994: liberación de Maria Àngels Feliu (conocida como la farmacéutica de Olot).
• 23 de julio de 2007: participación en la detención en Figueira da Foz del peligroso delincuente Jaime Jiménez Arbe, más conocido como el Solitario.
• 27 de octubre de 2009: desarticulación de una trama de corrupción en el área metropolitana de Barcelona, en el denominado "Caso Pretoria", en que se detuvo al alcalde de Santa Coloma de Gramanet (PSOE) y a otros ex cargos públicos pertenecientes al PSOE y a CIU.
• 27 de octubre de 2014: desarticulación de una trama de corrupción en la Operación Púnica.^[1]​^[2]​
• 2014: Crimen de Almonte
• 18 de septiembre de 2016. Investigación de los descuartizamientos de Pioz.
• 19 de abril de 2017: Operación Lezo, en que se investiga la presunta corrupción en la gestión del Canal de Isabel II.^[3]​
• 18 de julio de 2017: Caso Ángel María Villar, corrupción en la Federación española de Fútbol.^[4]​
• 22 de agosto de 2016 - 31 de diciembre de 2017: Caso Diana Quer, desaparición y asesinato de la joven madrileña, de 18 años, Diana Quer.^[5]​
• 27 de febrero - 11 de marzo de 2018: Operación Nemo, desaparición y asesinato del niño almeriense, de 8 años, Gabriel Cruz.^[6]​
• Abril de 2022 - actualidad: Operación Delorme, la mano derecha del exministro de Transportes Jose Luis Ábalos, y el propio ministro, entre otros, son investigados por una trama de corrupción.

• Manuel Sánchez Corbí (2015-2018)
• Francisco Javier Sánchez Gil (2018-2021)