Este género se define por la falta de las especializaciones distintivas de otros tricomictéridos, siendo sin lugar a dudas polifilético.^[1]​^[2]​ Aunque enumera muchas especies, se encuentra pobremente definido y para muchas de sus especies se cuenta sólo con descripciones breves.^[1]​ Muchas especies han sido descritas recientemente y muchas más quedan por describir.^[3]​

Algunos autores han realizado intentos de definir organizaciones putativas monofiléticas dentro del género, basándose en la posesión de características morfológicas únicas.^[1]​ El complejo de especies Trichomycterus brasiliensis incluye a T. brasiliensis, T. iheringi, T. maracaya, T. mimonha, T. potschi, T. vermiculatus, T. pirabitira y varias especies no descritas supuestamente endémicas de las cuencas de los ríos principales que bañan el escudo de Brasil.^[4]​ Sin embargo, una organización diferente de las especies del sur y el sudeste de Brasil incluye también T. guaraquessaba, T. nigricans, T. davisi, T. stawiarski, T. castroi, T. triguttatus, T. immaculatus, T. itatiayae, T. mirissumba, T. zonatus, T. naipi, T. taroba, T. papilliferus, T. mboycy yT. plumbeus.^[2]​ T. aguarague, T. alterus, T. boylei, T. ramosus y T. belensis formarían otra posible organización.^[5]​

Las especies de Trichomycterus habitan una diversidad de hábitats a lo largo de Sudamérica y Centroamérica, desde Costa Rica en el norte hasta la Patagonia hasta en el sur, y desde las selvas tropicales de la mata atlántica en el este hasta los arroyos de los Andes en el Oeste.^[5]​ Cierto número de especies del género habitan varias regiones a gran altitud en el oeste de Argentina; en esas regiones, los individuos de estas especies son unos de los pocos peces que viven en los cursos de agua a gran altitud, si no los únicos.^[6]​ Alrededor de 60 especies son endémicas de las cuencas de los ríos que bañan los Andes y las colinas del escudo de las Guayanas y aproximadamente 30 son endémicas de las cuencas de los ríos del escudo de Brasil.^[7]​

A pesar de la extensa distribución del género, muchas especies tienen una extensión limitada y normalmente se encuentran exclusivamente en un único río.^[8]​ Las especies más extensamente distribuidas son más probablemente complejos de especies difíciles de diferenciar, como es el caso del complejo de T. brasiliensis.^[4]​ T. gorgona, del pequeño arroyo de la Isla Gorgona, localizada al oeste de la costa del Pacífico de Colombia, es el primer tricomictérido descubierto endémico de una isla en mar abierto.^[9]​

Hay seis especies hipogeas en este género: Trichomycterus chaberti, T. itacarambiensis, T. santanderensis, T. spelaeus, and T. uisae.^[10]​

Trichomycterus son peces generalmente pequeños, de en torno a 5–15 cm SL.^[1]​ Las especies se diferencian entre sí en primer lugar por las proporciones físicas, el número de espinas en las aletas y la coloración.^[5]​

Las especies que este género comprende son:^[11]​^[12]​^[13]​^[14]​^[15]​^[16]​^[17]​^[18]​

• NCBI (en inglés). Consultado en octubre de 2010.
• ITIS (en inglés). Consultado en octubre de 2010.
• World Register of Marine Species (en inglés). Consultado en octubre de 2010.
• Encyclopedia of Life (en inglés). Consultado en octubre de 2010.