En virtud de este tratado, se acordó lo siguiente:

• Marruecos aceptó el pago a España de cuatrocientos millones de reales, en concepto de indemnización de guerra.

• España ocuparía la plaza de Tetuán en tanto no se pagara la indemnización acordada.

• Se ratificó el convenio firmado el 24 de agosto de 1859 sobre las plazas de Melilla, que aumentaba su perímetro fuera del área fortificada, y de los peñones de Vélez de la Gomera y Alhucemas. Se establecieron los límites fronterizos de la ciudad de Melilla con Marruecos hasta donde alcanzasen los disparos del cañón de «El Caminante», según lo estipulado en este tratado.

• Se aumentaba el área de dominio de Ceuta y sus alrededores, incluyendo todo el territorio que iba desde el mar, pasando por los altos de la sierra de Bullones, hasta el barranco de Anghera.

• Se cedía a perpetuidad a España un territorio alrededor del fortín de Santa Cruz de la Mar Pequeña, que se había establecido en la costa atlántica, frente a Lanzarote, en tiempos de Isabel la Católica. Con ello se recuperaba la explotación de la pesca en la zona. Por intereses políticos y diferentes interpretaciones sobre la ubicación de este antiguo establecimiento, se acordó la correspondencia, demostrada posteriormente como errónea, con Ifni.^[2]​

• Se autorizaba el establecimiento en Fez de una casa de misioneros españoles con especiales privilegios y exenciones.

• Los prisioneros hechos por ambos bandos serían liberados y entregados a sus respectivas autoridades de inmediato.

• Se pactaron una serie de acuerdos comerciales, declarándose a España como nación más favorecida.

•   Wikisource contiene una copia del Tratado de Wad-Ras.