En los primeros 34 artículos se estipulan concesiones y disposiciones comerciales en tiempos de paz y de guerra.

Algunos puntos fundamentales del artículo 35 son los siguientes:

• Los ciudadanos, buques y mercancías de los Estados Unidos disfrutarán en los puertos de Nueva Granada, incluso los del istmo de Panamá; de todas las franquicias, privilegios e inmunidades, en lo relativo al comercio y navegación; y que esta igualdad de favores se hará extensiva a los pasajeros, correspondencia y mercancías de los Estados Unidos, que transiten a través de dicho territorio.
• El gobierno de Nueva Granada garantiza al gobierno de los Estados Unidos el derecho de vía o tránsito a través del istmo de Panamá, por cualquier medio de comunicación que ahora exista, o en el futuro pueda abrirse, estará franco y expedito para los ciudadanos, el gobierno de los Estados Unidos, productos manufacturados o mercancías.
• No se impondrán ni cobrarán a los ciudadanos de los Estados Unidos, ni sus mercancías, otros peajes a su paso por cualquier camino o canal, sino los que se impongan o cobren a los neogranadinos.
• Estados Unidos garantiza a la Nueva Granada, la perfecta neutralidad del istmo de Panamá, con la mira de que en ningún tiempo, existiendo este tratado, sea interrumpido el libre tránsito de uno a otro mar.
• Estados Unidos garantiza de la misma manera, los derechos de soberanía y propiedad que la Nueva Granada tiene y posee sobre dicho territorio.^[5]​

• Incidente de la tajada de sandía

• Resumen de la historia de las relaciones entre Panamá y Estados Unidos (en inglés)
• Escrito: El concepto de protección del Istmo de Panamá visto a través de los tratados
• Mellander, Gustavo A.; Nelly Maldonado Mellander (1999). Charles Edward Magoon: The Panama Years. Río Piedras, Puerto Rico: Editorial Plaza Mayor. ISBN 1563281554. OCLC 42970390.
• Mellander, Gustavo A. (1971). The United States in Panamanian Politics: The Intriguing Formative Years. Danville, Ill.: Interstate Publishers. OCLC 138568.