Fue construida como parte de la ampliación del Alcázar de Madrid encargada por Carlos I a Luis de Vega y Alonso de Covarrubias a mediados del siglo XVI.^[1]​ Esta ampliación formaba parte de un conjunto de reformas y supuso la formación de un nuevo patio al este del patio del rey, el flamante patio de la reina. Alrededor de este se disponía el cuarto de la reina en el primer piso. En el ángulo nororiental de la reforma se alzó la Torre Bahona, posiblemente asentada parcialmente sobre la antigua muralla musulmana de Madrid. Precisamente en ese lugar se cree que se alzaba la conocida como Torre Gaona de la muralla islámica.

Aún se encontraba en fase de construcción en 1613.^[2]​

En la primera mitad del siglo XVII la torre fue representada en la Maqueta del Alcázar de Madrid encargada por Crescenzi.

En el incendio que destruyó en su mayor parte el Real Alcázar de Madrid, la Torre Bahona no resultó dañada de forma estructural.

La torre se situaba en la esquina más al noreste de la residencia real. Estaba realizada en piedra sobre una parte cuadrangular irregular. Contaba con cinco pisos que incluía una galería o mirador en su parte superior. En la Torre Bahona se situaban distintas estancias en cada uno de los pisos, siendo especialmente notables:

• En su piso bajo, formó parte del cuarto de Francisco de Sandoval, I duque de Lerma y después, de Baltasar de Zúñiga.^[3]​En 1625, según el Plano de Gómez de Mora, estaban destinadas a las criadas de la condesa-duquesa de Olivares (74, 75 y 76).^[4]​ Posteriormente, pasaría a ser parte del Cuarto bajo de la Reina. En este piso la torre contaba con una escalera en su ángulo sudeste que permitía el acceso al jardín de la Reina.
• En el cuarto principal, formó parte del cuarto de la Reina o de los cuartos de los Infantes. Por ejemplo, en 1625, según el Plano de Gómez de Mora, albergaba el cuarto (61) y oratorio (65) de la infanta María Eugenia.
• El último piso, rodeado por una galería formada por una logia con arcos. Algunos autores creen que este mirador o galería pudo albergar parte de la colección de estatuas clásicas que albergaba el Alcázar.

1. ↑ Gómez Martínez, Javier (1992). «Alonso de Covarrubias, Luis Vega y Juan Francés en el Alcázar Real de Madrid (1536-1551)». Academia: Boletín de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando (74): 199-232. ISSN 0567-560X. Consultado el 9 de octubre de 2024. 
2. ↑ Labrador Arroyo, Félix (2015). «La financiación de los sitios reales (1599-1665)». La corte de Felipe IV (1621-1665): reconfiguración de la Monarquía católica, Vol. 3, 2015, ISBN 978-84-16335-10-7, págs. 2150-2282 (Polifemo): 2150-2282. ISBN 978-84-16335-07-7. Consultado el 9 de octubre de 2024. 
3. ↑ Gómez-Centurión Jiménez, Carlos María (2003). «Al cuidado del cuerpo del Rey: los sumilleres de corps en el siglo XVIII». Cuadernos de Historia Moderna. Anejos (2): 199-239. ISSN 1579-3826. Consultado el 9 de octubre de 2024. 
4. ↑ Iñiguez Almech, Francisco (1952). «El Alcázar de Madrid». Casas reales y jardines de Felipe II. Cuadernos de trabajo de la Escuela Española de Historia y Arqueología en Roma. CSIC - Escuela Española de Historia y Arqueología (EEHAR). p. 88. Wikidata Q113650655. 

• Barbeito, José Manuel (1992). Alcázar de Madrid. Comisión de Cultura, Colegio Oficial de Arquitectos de Madrid. p. 16. ISBN 978-84-7740-066-0. Wikidata Q110543470. Consultado el 25 de agosto de 2022.