Fue fundado en el año 1997 en la ciudad de Toronto, Ontario y cuenta con secciones en las categoría femenil y sub-20.

Fue uno de los equipos de expansión de la desaparecida USL A-League en 1997, disputando su primer partido oficial el 12 de abril de ese año en Jacksonville, Florida, temporada en la que implantó un récord de 10 victorias consecutivas y en su estancia en esa liga fue más conocido por la producción de jugadores que por su participación en la liga, la cual fue muy inconsistente.

Pasaron a la USL Premier Development League en el año 2007 luego de que voluntariamente descendieran dos niveles debido al poco apoyo que tenía el club y de la aparición del Toronto FC en la MLS para ese año.^[1]​ Desde entonces solamente ha clasificado a la pos-temporada en una ocasión y no pasó de la ronda divisional. Para la temporada 2015 el club no participó en la USL Premier Development League y decidió participar en ligas de nivel juvenil.

•   Duncan Wilde Director de Academia y Técnico.
•   Glen McNamara Entrenador de Porteros.
•   Dr. Robert Gringmuth Coordinador Médico.
•   Dr. Frank Markus Médico.

• 7 de septiembre de 1998 - Toronto Lynx 2,   Persepolis 0 (Campeón de Irán ese año), Persepolis jugó con un equipo de suplentes
• 5 de junio de 1999 -   Santa Clara 2 (Primeira Liga), Toronto Lynx 1
• 6 de junio de 2000 -   Reggina (Serie A) 2, Toronto Lynx 0
• 14 de mayo de 2002 - Toronto Lynx 1,   1860 Munich 0 (Bundesliga)

•   Peter Pinizzotto (1997–2003)
•   Duncan Wilde (2004)
•   Hubert Busby Jr. (2005)
•   Duncan Wilde (2006–)

• Centennial Park Stadium; Etobicoke, Ontario (2003–)
• Varsity Stadium; Toronto, Ontario 4 juegos (2008–2009)
• Brian Timmis Stadium; Hamilton, Ontario 1 juego (2008)
• Edelweiss Park; Bolton, Ontario 3 juegos (2008–2009)
• Hershey Centre; Mississauga, Ontario 3 juegos (2009–2010)
• Barrie Community Sports Complex; Barrie, Ontario 1 juego (2009)
• OSA Soccer Center; Vaughan, Ontario 1 juego (2011)

• Goleador histórico: Nikola Vignjevic (29)
• Más apariciones: David Diplacido, (206)
• Más asistencias: Nikola Vignjevic (24)
• Promedio más bajo de amonestaciones: Theo Zagar (30.5)

•   Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Toronto Lynx.
• Página oficial (en inglés)
• PDL - Perfil (en inglés)