El modo de disputa fue el de todos contra todos a partidos de ida y vuelta, es decir a dos rondas compuestas por once jornadas cada una con localía recíproca.^[2]​ Se convierte en campeón el equipo que acumula la mayor cantidad de puntos al término de las 22 jornadas. En caso de haberse producido igualdad entre dos contendientes, habrían definido el título en un partido extra. Si hubieran sido más de dos, se resolvía según los siguientes parámetros:

1) saldo de goles;

2) mayor cantidad de goles marcados;

3) mayor cantidad de goles marcados en condición de visitante;

4) sorteo.^[2]​

• El torneo coronó al campeón número 99 en la historia de la Primera División de Paraguay.

• Este obtuvo a su vez el acceso a la llave principal de la próxima edición de la Copa Libertadores de América.

• Por medio de la combinación de puntos de este campeonato y el anterior se concedieron un cupo para la fase preliminar de la Copa Libertadores y dos para la Copa Sudamericana, ambas a realizarse en 2009.

• Por último, fueron determinados, sobre la base de sus promedios obtenidos en las últimas tres temporadas, el equipo descendido a Segunda División y el que debe jugar por la promoción de categoría.

El campeonato contó con la participación de doce equipos, en su gran mayoría pertenecientes al departamento Central.

Siete son de la capital del país, Asunción; en tanto que tres provienen de ciudades cercanas a ésta, Itauguá, Luque y Villa Elisa. Finalmente, dos se localizan en importantes capitales departamentales, casualmente limítrofes con Brasil: Ciudad del Este y Pedro Juan Caballero.

Los únicos clubes que nunca abandonaron esta categoría (también conocida como División de Honor) son tres: Olimpia, Guaraní y Cerro Porteño, completando 99, 98 y 93 participaciones, respectivamente.^[3]​

Fuente^[4]​

Fuente^[5]​

El puntaje acumulado de un equipo es la suma del obtenido en los torneos Apertura y Clausura de 2008. Este determinó al cierre de temporada la clasificación de los representantes de la APF en los torneos de Conmebol del año siguiente.

• Para la Copa Libertadores 2009 clasificaron 3: los campeones del Apertura y Clausura, ordenados según sus posiciones finales en la tabla adjunta y el mejor colocado, sin contar a los mencionados anteriormente. Si el mismo club repetía el título hubiese obtenido automáticamente el primer cupo, otorgando los restantes a los finalizados en segundo y tercer lugar.

• Copa Sudamericana 2009 (dos clasificados): el campeón de al menos uno de los dos torneos del año que finalizó con la mayor cantidad de puntos acumulados (Libertad), y el subsiguiente mejor ubicado (Cerro Porteño), sin contar a los premiados con las plazas números dos y tres de la Copa Libertadores.

Se tomó en cuenta la diferencia de goles en caso de paridad de puntos.

El promedio de puntos de un equipo es el cociente que se obtiene de la división de su puntaje acumulado en las últimas tres temporadas (cuatro torneos considerando los dos campeonatos del 2008), por la cantidad de partidos que haya disputado durante dicho período. Este determinó, al cierre del torneo Clausura, el descenso a la Segunda División del equipo que finalizó en el último lugar del escalafón como también al penúltimo que deberá enfrentar, por la promoción, al subcampeón del torneo Intermedia, perteneciente a la citada categoría inmediata inferior, para dirimir la división en la cual militará cada uno durante la temporada siguiente.

Esta consiste en una serie eliminatoria de dos partidos, con localía recíproca, para dirimir la división del torneo en que deben jugar el año próximo el penúltimo colocado de la tabla de Puntaje promedio y el segundo de la categoría inmediata inferior. Obtiene su permanencia o ascenso a la división principal el equipo que suma más puntos al término de los dos partidos. Si ambos acumulan idéntica cantidad se define al ganador por diferencia de goles. De persistir la igualdad se recurre como última instancia a tiros desde el punto penal.^[6]​

• Sitio oficial de la Asociación Paraguaya de Fútbol
• RSSSF - Temporada 2008
• SportsYA.com (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
• Universofutbol.com
• Teledeportes Digital