Thermus thermophilus es una especie de bacteria gram negativa utilizada en una gran variedad de aplicaciones en biotecnología, incluyéndolo como organismo modelo en la manipulación genética, genómica estructural y biología de sistemas. La bacteria es un termófilo extremo, con una temperatura de crecimiento óptimo a 65 °C.Thermus thermophilus fue aislado originalmente en un ambiente de fumarolas hidrotermales en Japón por Tairo Oshima and Kazutomo Imahori.^[1]​ También se ha visto que el organismo es importante en la degradación de materia orgánica en la fase termogénica del compostaje.^[2]​ T. thermophilus se clasifica en varias cadenas, en las cuales HB8 y HB27 son las más comunes y el análisis de su genoma fue completado independientemente en 2004.^[3]​