Los primeros tapiroideos, como Heptodon, aparecieron a principios del Eoceno.^[1]​ Ellos eran muy similar a las formas modernas, pero con cerca de la mitad del tamaño, y carecían de probóscide. Los primeros tapires verdaderos aparecieron en el Oligoceno, y ya en el Mioceno existían géneros como Miotapirus que eran casi indistinguibles de las especies actuales. Se cree que los tapires asiáticos y americanos divergieron hace entre 20 a 30 millones de años, y que las variedades de tapires norteamericanos emigraron a Centro y Suramérica alrededor de hace 3 millones de años.^[2]​ Durante la mayor parte de su historia, los tapires estuvieron extendidos en el hemisferio norte, de donde desaparecieron tan recientemente como hace 10.000 años.^[3]​

Algunos científicos creen que los tapires pudieron evolucionar de formas relacionadas con los primeros caballos, como Hyracotherium.^[4]​

• Superfamilia Tapiroidea
  • Familia †Lophialetidae
    • Género †Breviodon
    • Género †Eoletes
    • Género †Lophialetes
    • Género †Parabreviodon
    • Género †Pataecops
    • Género †Schlosseria
    • Género †Zhongjianoletes
  • Familia †Heptodontidae
    • †Heptodon
  • Familia †Deperetellidae
    • Género †Bahinolophus
    • Género †Deperetella'
  • Familia †Helaletidae
    • Género †Jhagirilophus
    • Subfamilia †Helaletinae
    • †Helaletes
  • Familia †Isectolophidae
    • Género †Karagalax
    • Género †Paralophiodon
    • Género †Sastrilophus
    • Género †Systemodon
    • Subfamilia †Isectolophinae
    • Género †Isectolophus
    • Subfamilia †Homogalaxinae
    • Género †Homogalax
  • Familia Tapiridae
    • Género †Colodon
    • Género †Dilophodon
    • Género †Heteraletes
    • Género †Megatapirus
    • Género †Miotapirus
    • Género †Nexuotapirus
    • Género †Palaeotapirus
    • Género †Paratapirus
    • Género †Plesiocolopirus
    • Género †Plesiotapirus
    • Género †Protapirus (sin. Tanyops)
    • Género †Selenolophodon
    • Género †Tapiravus
    • Género Tapirus
    • Género †Teleolophus
• Clasificación incierta
  • Género †Atalonodon
  • Género †Cymbalophus
  • Género †Euryletes
  • Género †Indolophus
  • Género †Paracolodon
  • Género †Thuliadanta
  • Género †Veragromovia