Stanley obtuvo su doctorado en la Universidad de Yale en 1968. Durante la mayor parte de su carrera enseñó geología en la Universidad Johns Hopkins (1969-2005). En 1977, Stanley recibió el premio Charles Schuchert de la Sociedad Paleontológica de Estados Unidos, que se otorga "a una persona menor de 40 años cuyo trabajo refleja excelencia y promesa en la ciencia de la paleontología".^[1]​ En 2007, recibió la Medalla de la Sociedad Paleontológica, que "se otorga a una persona cuya eminencia se basa en el avance del conocimiento en paleontología".^[1]​ En 2006 Stanley recibió la Medalla Mary Clark Thompson de la Academia Nacional de Ciencias^[2]​ y en 2008 la Medalla William H. Twenhofel de la Sociedad de Geología Sedimentaria.^[3]​

En 1972 Stanley desarrolló la Hipótesis de la Depredación para explicar la evolución de las innovaciones en la explosión del Cámbrico. Stanley propuso que la depredación estimulaba a los animales de presa a desarrollar defensas como caparazones, natación rápida y excavación. Estas estrategias también abrieron nuevas vías de evolución a través de cambios funcionales. Los caparazones duros dieron lugar a la alimentación por filtración y las excavaciones profundas permitieron a los animales obtener un nuevo acceso a los recursos alimentarios.^[4]​

• Stanley, S. M. (1973). "An Ecological Theory for the Sudden Origin of Multicellular Life in the Late Precambrian." Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 70 (May 1): 1486-1489.
• Stanley, S. M. (1975). "A theory of evolution above the species level." Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 72 (Feb 1): 646-650.
• Stanley, S. M. (1978). "Chronospecies' longevities, the origin of genera, and the punctuational model of evolution." Paleobiology 4 (1): 26-40.
• Stanley, S. M. (1979). Macroevolution: Pattern and Process. San Francisco: W. H. Freeman.
• Stanley, S. M. (1981). The New Evolutionary Timetable. New York: Basic Books. ISBN 0-465-05013-1
• Stanley, S. M. (1985). "Rates of evolution." Paleobiology 11 (1): 13-26.
• Stanley, S. M. (1987). Extinction. San Francisco: W. H. Freeman.
• Stanley, S. M. (1987). "The controversy over punctuational evolution." Geol. Soc. Amer. Abstr. with Progr. 19: 854.
• Stanley, S. M. (1992). "The Empirical Case for the Punctuational Model of Evolution." In A. Somit and S. Peterson. The Dynamics of Evolution. Ithaca: Cornell University Press.
• Stanley, S. M. (1996). Children of the Ice Age. New York: Harmony Books.
• Stanley, S. M. (2000). "The past climate change heats up." Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97 (Feb. 15): 1319.
• Stanley, S. M. (2008). Earth System History. San Francisco: W. H. Freeman.
• Raup, S. M. and S. M. Stanley (1971). Principles of Paleontology. San Francisco: W. H. Freeman.
• Stanley, S. M. and Xiangning Yang (1987) "Approximate evolutionary stasis for bivalve morphology over millions of years." Paleobiology 13: 113-139.

• Página de inicio de la Universidad de Hawái Archivado el 14 de febrero de 2022 en Wayback Machine.
• Curriculum vitae