El DIF Nacional cuenta con una Junta de Gobierno y una persona titular del organismo que es designada por la oficina de la Presidencia de México.

Tradicionalmente, la presidencia de la junta de gobierno de este organismo había sido ocupado por la primera dama de México, es decir, la esposa del presidente; así fue hasta el sexenio de Enrique Peña Nieto.

La presidencia de su junta de gobierno se encuentra a cargo del Secretario de Salud de México.

El Sistema Nacional DIF es el organismo público descentralizado encargado de coordinar el Sistema Nacional de Asistencia Social Pública y Privada; promotor de la protección integral de los derechos de las niñas, niños y adolescentes, bajo el imperativo constitucional del interés superior de la niñez, así como del desarrollo integral del individuo, de la familia y de la comunidad, principalmente de quienes por su condición física, mental o social enfrentan una situación de vulnerabilidad, hasta lograr su incorporación a una vida plena y productiva.

Para el despacho de los asuntos de su competencia, el SNDIF cuenta con las siguientes unidades administrativas:^[4]​

• Titular del Organismo
  • Dirección General de Asuntos Jurídicos
  • Dirección General de Enlace Interinstitucional
  • Unidad de Atención a Población Vulnerable
    • Dirección General de Alimentación y Desarrollo Comunitario
    • Dirección General de Proyectos Especiales de Atención a Población Vulnerable
    • Dirección General de Profesionalización y Certificación
  • Unidad de Asistencia e Inclusión Social
    • Dirección General de Integración Social
    • Dirección General de Discapacidad, Inclusión y Rehabilitación
  • Procuraduría Federal de Protección de Niñas, Niños y Adolescentes
    • Dirección General de Representación Jurídica y Restitución de Derechos de Niñas, Niños y Adolescentes
    • Dirección General de Regulación de Centros de Asistencia Social
    • Dirección General de Normatividad, Promoción y Difusión de los Derechos de Niñas, Niños y Adolescentes
    • Dirección General de Coordinación y Políticas
  • Unidad de Administración y Finanzas
    • Dirección General de Programación y Presupuesto
    • Dirección General de Recursos Materiales y Servicios
    • Dirección General de Recursos Humanos y Organización
  • Órgano Interno de Control Específico

Es una institución que acompaña al Sistema Nacional DIF desde su creación. Es heredera la Casa de Niños Expósitos que en época colonial y durante porfiriato se ocupó de los niños recién nacidos que habían sido abandonados. Su origen moderno se remonta a la segunda década del siglo XX, con los primeros esfuerzos del Estado Mexicano de crear instituciones dedicadas a la atención de la infancia en condición de abandono. Una de las primeras acciones fue la creación de la Asociación Nacional de Protección a la Infancia en 1931, iniciada por Doña Carmen G. de Portes Gil, esposa del entonces Presidente Interino de la República; el Lic. Emilio Portes Gil,Emilio Portes Gil cuyos esfuerzos permitieron disminuir la mortalidad infantil.^[4]​

Es hasta el 7 de enero de 1933, cuando se inaugura la Casa Cuna en la calle de Hidalgo, Coyoacán, bajo la dirección del Dr. Manuel Cárdenas de la Vega; funcionando no solamente como lugar de internamiento y guarda, también como un Hospital Infantil donde se les atendía de manera integral pues contaba con personal y servicios especializados. Ahí se desarrollaron actividades docentes que dieron origen a la formación de la Sociedad Mexicana de Puericultura; transformándose con el tiempo en la Sociedad Mexicana de Pediatría. Fue tal el éxito que las actividades médicas se trasladaron por completo a Hospital Infantil de México, también creado en ese período. ^[5]​

La división entre las funciones de atención hospitalaria y la atención asistencial de la población infantil, provocaron un deterioro de la función social de la institución que se expresó en problemas de orden material, económico y humano, lo que hizo necesario reorientar los servicios que brindaba. Mantiene así su labor hasta el 30 de junio de 1975, fecha en que la Casa Cuna es reinaugurada. ^[6]​

Años más tarde, mediante el decreto de fecha 14 de diciembre de 1982 publicado en el Diario Oficial de la Federación los días 21 y 29 de diciembre del mismo año, se establecen modificaciones a la entonces Secretaría de Salubridad y Asistencia Social, otorgando las funciones de carácter asistencial al Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia y definiendo las funciones de la actual Secretaría de Salud, transfiriendo la responsabilidad de la Casa Cuna Coyoacán al SNDIF. ^[6]​

Brinda servicios como Centro de Asistencia Social con perfil de atención a niñas y niños de 5 a 8 años 11 meses; la Casa Cuna ha encaminado su funcionamiento como Centro Nacional Modelo de Atención Investigación y Capacitación, como ejemplo de reproducción para las instituciones públicas y privadas, así como a los sistemas DIF Estatales y Municipales.

Fue inaugurada el 28 de enero de 1969, como parte del Instituto Mexicano de Asistencia a la Niñez y fue concebida como una Institución innovadora en comparación con los modelos de Asistencia Social existentes hasta el momento, las instalaciones fueron construidas específicamente para la función planeada; atender y promover el desarrollo integral de niñas y niños, desde recién nacidos hasta los seis años, que se encontraran en situación de abandono, orfandad, extravió o maltrato. ^[6]​

En 1977, la integración por decreto presidencial del Instituto Mexicano para la Infancia y la Familia (IMPI) y el Instituto Mexicano de Asistencia a la Niñez (IMAN), da origen al Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia. La atención en este período, además de proporcionar albergue y alimentación a esta población, se encamina a brindar una atención profesional multidisciplinaria: atención médica, psicológica, social y asistencia jurídica, a fin de promover el desarrollo armónico y la reintegración a su familia de origen o a una familia adoptiva en las mejores condiciones posibles. ^[6]​

La Casa Cuna Tlalpan se orienta, además de la atención directa a la población en situación de desamparo, con perfil de 0 a 4 años 11 meses de ambos sexos, a la promoción de acciones de Investigación. Con este propósito se inauguran en 2002 los Centros Nacionales Modelos de Atención, Investigación y Capacitación. Actualmente, las acciones que se realizan en Casa Cuna Tlalpan se utilizan como base para acordar y difundir con instituciones afines, las normas y procedimientos de atención a menores sujetos de asistencia social. ^[7]​^[6]​

El 15 de julio de 1968 fue creada por decreto Presidencial la Institución Mexicana de Asistencia a la Niñez (IMAN), como un organismo público descentralizado con personalidad jurídica y patrimonio propio, con el objetivo de atender el creciente número de menores abandonados, desprotegidos, víctimas de abusos y en riesgo de perder la vida. El IMAN se concentró en ofrecer protección a menores de edad de ambos sexos de 0 a 6 años, así como a menores huérfanas de sexo femenino, entre los 6 y los 18 años, con el objetivo de prepararlas para su autosuficiencia. En este sentido la Casa Hogar para Niñas fue concebida para dar albergue a las niñas y crear personas útiles a la sociedad.

En 1969 se inicia la planeación para el funcionamiento de Casa Hogar para Niñas, inaugurada el 7 de octubre de 1970 durante el gobierno de Gustavo Díaz Ordaz, por su esposa la Sra. Guadalupe Borja de Díaz, quién en ese entonces era la presidenta del Instituto Nacional de Protección a la Infancia. La planeación se basó en la declaración modificada de los derechos del niño proclamados en Ginebra, Suiza. ^[6]​

Para 1977, momento de la fusión del IMAN y el IMPI en el actual Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia (SNDIF), la Casa Hogar para Niñas se integró como una de sus unidades operativas. El 7 de noviembre del 2002, esta institución se renombra como Centro Nacional Modelo de Atención, Investigación y Capacitación, Casa Hogar para Niñas Graciela Zubirán Villarreal. Su actual perfil de atención es para niñas y adolescentes de 9 a 17 años 11 meses. ^[6]​

El Hospicio de Niños fundado por Porfirio Díaz en 1905, representa el antecedente histórico de este Centro de Asistencia Social, que albergó a niñas y niños huérfanos, o en situación precaria durante varias décadas. En 1938 se le cambia el nombre por el de Internado Nacional Infantil. El 28 de febrero de 1964 cambia de sede a la colonia San Jerónimo Lídice. El nuevo edificio del Internado Nacional Infantil fue inaugurado por el entonces Presidente de la República Adolfo López Mateos y el Doctor José Álvarez Amezquita, Secretario de Salubridad y Asistencia. En sus inicios, la institución operó como internado escolar, teniendo como uno de sus propósitos apoyar en el aspecto académico, a niños y adolescentes. En 1983 se modifica el nombre por el de Casa Hogar para Varones y pasa a formar parte del Sistema Nacional DIF. ^[6]​

Para 1986 es modificado el perfil de ingreso de la población asistida, delimitado a la presencia de condiciones tales como: abandono, orfandad parcial o total, víctimas de abuso o maltrato y expósitos. Después de varios años de operación, se estima convenientes fragmentar a la población atendida en rangos de edad, reubicándola en la Casa Cuna Coyoacán y en el Centro Amanecer. Entre los años 2009 y 2013, ya como Centro Nacional Modelo de Atención, Investigación y Capacitación, se realiza una reclasificación de edades de la población atendida con base en un nuevo modelo de atención, quedando la Casa Hogar para Varones para tender a una población objetivo de adolescentes, en edades entre 13 y 17 años 11 meses. Sus instalaciones se ubican actualmente en el barrio de Santa Catarina, Coyoacán; un inmueble de larga data fundado en 1908 como “Correccional para mujeres”.^[6]​

Por decreto con fecha 29 de abril de 1986, se otorga al Sistema Nacional DIF el inmueble ubicado en Francisco Sosa No. 439, Col del Carmen Coyoacán, el cual funcionó varios años como Internado Amanecer para Niñas. Ahí se atendía población considerada como de alta vulnerabilidad y que por lo tanto requerían de atención más personalizada. En el año de 1999 la población y el personal es transferido a otras Casas Hogar de Sistema Nacional DIF. El día 16 de septiembre del 2006, el Centro Amanecer ahora para Niños, reabrió sus puertas en el inmueble contiguo a la Casa Hogar para Varones, en el barrio de Santa Catarina Coyoacán para brindar una atención integral y especializada. Contó con una población de 39 niños y con una plantilla de personal integrada por 30 personas. Así mismo, se realizó un análisis y selección del personal del Centro Nacional Modelo de Atención, Investigación y Capacitación Casa Hogar para Varones, con el objetivo de distribuir el personal para ambos centros y realizar contratación de nuevos cuidadores y formadores para el área de educación. Para el desarrollo óptimo de los programas, el Centro ha ido incorporando a personal especializado a las diferentes áreas, siendo actualmente su perfil de atención el de 9 a 12 años 11 meses. ^[6]​

En 1977 se fusionan el Instituto Mexicano para la Infancia y la Familia (IMPI) y el Instituto Mexicano de Asistencia a la Niñez (IMAN), dando paso a la creación del Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia. Con la promulgación de la Ley que crea al SNDIF en 1986, se ampliaron sus facultades al otorgarle el carácter de coordinador de los esfuerzos asistenciales, tanto en los tres órdenes de gobierno, como entre instituciones y organismos, públicos y privados, inmersos en la prestación de servicios de asistencia social.^[8]​

Si bien el Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia pertenece a la Administración Pública Federal, a partir de la Ley de Asistencia Social, y la Leyes de Asistencia Social de las Entidades Federativas, existen organismos denominados Sistemas Estatales para el Desarrollo Integral de la Familia (SEDIF) que forman parte de la Administración Pública Estatal o Subnacional; asimismo Sistemas Municipales para el Desarrollo Integral de la Familia (SMDIF) en la Administración Pública municipal o Ayuntamiento.

Estos SEDIF y SMDIF mantienen facultades concurrentes con el SNDIF. Asimismo el SNDIF mantiene facultades de coordinación con los SEDIF y estos a su vez con los SMDIF.

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