Hijo de un sacerdote budista, estudió filosofía en la Universidad de Kioto, donde su mentor Keiji Nishitani orientó sus estudios hacia los místicos medievales. A continuación fue a Alemania donde recibió un doctorado por la Universidad de Marburgo con una tesis sobre el místico cristiano occidental Maestro Eckhart. A su regreso al Japón, se dedicó a la enseñanza en la Universidad de Kioto, donde ocupó la cátedra de Filosofía de la religión desde 1977 hasta su jubilación en 1989. Se especializó a su vez en el pensamiento de Nishida Kitarô. Siendo un practicante de Zen, Ueda – como Nishida – estudió budismo zen bajo las categorías filosóficas de la filosofía occidental. Se le considera un miembro de la tercera generación de la Escuela de Kioto.^[1]​

Desde su jubilación siguió impartiendo clases en la misma Universidad de Kioto y en la Universidad de Hanazono, intensificando sus contactos con Europa, donde fue profesor visitante y pronunció conferencias en universidades como las de Marburgo, Basilea, Bonn, Düsseldorf, Tubinga, Múnich, Viena o Zúrich. También participó en los encuentros anuales del Círculo Eranos en Ascona (Suiza).

Entre sus publicaciones destacan dos de sus estudios sobre la filosofía de Nishida, Leyendo a Nishida Kitaro (Tokio, 1991) y La experiencia y el autodespertar (Tokio, 1998), así como numerosos ensayos, parte de ellos escritos en alemán, recopilados hasta el momento en once volúmenes por la editorial Iwanami (2001).^[2]​

• Die Gottesgeburt in der Seele und der Durchbruch zur Gottheit. Die mystische Anthropologie Meister Eckharts und ihre Konfrontation mit der Mystik des Zen-Buddhismus. Mohn, Gütersloh 1965
• Das Nichts und das Selbst im buddhistischen Denken. Zum west-östlichen Vergleich des Selbstverständnisses des Menschen. Verlag für Recht und Gesellschaft, Basel 1974
• Die Bewegung nach oben und die Bewegung nach unten. Zen-Buddhismus im Vergleich mit Meister Eckhart. In: Eranos Jahrbuch 50 (1981) S. 223–272.
• Die Zen-Buddhistische Erfahrung des Wahr-Schönen. In: Eranos Jahrbuch 53 (1984) S. 197–240.
• Sein – Nichts –Weltverantwortung im Zen-Buddhismus. In: Die Verantwortung des Menschen für eine bewohnbare Welt im Christentum, Hinduismus und Buddhismus. Hrsg. von Raimundo Panikkar und Walter Strolz, Freiburg i. Br. 1985, ISBN 3-451-20533-5, S. 37–58.
• Der Ort des Menschen im Nō-Spiel. In Eranos Jahrbuch 56 (1988) S. 69–103.
• Das absolute Nichts im Zen, bei Eckhart und bei Nietzsche. In: Ryōsuke Ōhashi (Hrsg.): Die Philosophie der Kyôto-Schule. K. Alber, Freiburg / München 1990, ISBN 3-495-47694-6, S. 471-502. (Dort S. 538-540 Bibliographie der Schriften bzw. Übersetzungen Uedas in westlicher Sprache)
• Wer und was bin ich? Zur Phänomenologie des Selbst im Zen-Buddhismus. K. Alber, Freiburg/München 2011, ISBN 978-3-495-48435-7.

En inglés

• J. C. Maraldo. Zen, Language and the Other. The Philosophy of Ueda Shizuteru. In: The Ten Directions. Edited by Zen Center of Los Angeles and The Kuroda Institut. 10:2 (1989)

En castellano

• Ueda, Shizuteru. Zen y filosofía, Barcelona: Herder Editorial, 2004. ISBN 978-84-254-2328-4

• D. Steen: Durchbruch ins Nichts. Der Vergleich zwischen Meister Eckhart und dem Zen-Buddhismus bei Shizutera Ueda. Diplomarbeit Universität Münster 1990
• Steffen Döll: Wozu also suchen? Zur Einführung in das Denken von Ueda Shizuteru. Iudicium, München 2005, ISBN 3-89129-794-7.