El primitivo nombre del pueblo fue Achuluapa, que en lengua indígena significa 'lugar de los renacuajos'. Más tarde, los españoles lo llamaron Zapota debido a la abundancia de árboles de zapote en la región. Para resolver las rencillas entre los ladinos y los indígenas, intervino el Obispo Francisco de Campoy y Pérez, quien logró mediar en la situación y propiciar una tregua que culminó con la firma de un tratado de paz. En honor a su intervención, el nombre de Zapota fue cambiado al de San Francisco, por el Obispo mediador, y se añadió 'de la Paz' en conmemoración del acuerdo alcanzado entre ambos grupos.

En la división política de Honduras que data de 1582, ya aparecía Olancho como un departamento de Honduras, a su vez Olancho se dividía en dos partidos: el partido de Juticalpa y el partido de Danlí.

En 1829, el pueblo estaba dividido en dos partes, la del norte que estaba ocupada por ladinos y la del sur por los indios.

En 1889, en la División Política Territorial era un municipio que pertenecía al curato de Manto.^[3]​

En 1830 (21 de enero), se celebró una reunión entre el General Francisco Morazan y los rebeldes de Olancho que terminó con la firma de un tratado de paz, que se conoce como la Capitulación de las vueltas del Ocote, por ello; se colocó una placa de mármol en la puerta de entrada del antiguo y actual edificio del palacio municipal con la leyenda vini, vidi, vici que en su traducción significa vine. Vi y vencí.

Aldeas: 13 (2013)^[4]​

Caseríos: 163 (2013)