Previamente, y con el objeto de convertirla en la boca de acceso a la estación subterránea, en junio de 2013 el Municipio de Quito procedió a expropiar una casa patrimonial de la esquina nororiental de la plaza, ubicada en la intersección de las calles Benalcázar y Sucre, que pertenecía al Banco Pichincha y en la que, además de una agencia de la mencionada institución, existían otros comercios tradicionales que fueron notificados y reubicados en un plazo de tres años.^[1]​

Posteriormente, y debido a las continuas críticas de la población por las afectaciones que la construcción podría producir en un lugar patrimonial como este,^[2]​^[3]​ se desarrolló el seminario «El Metro de Quito y San Francisco: experiencias de conservación patrimonial», en el que participaron delegaciones de los metros de Medellín, Santiago de Chile, Madrid, Barcelona y Roma.^[4]​ Allí se analizaron once propuestas para establecer la parada más conveniente a los intereses histórico-patrimoniales, de accesibilidad geográfica, económicos, y de movilidad del Centro Histórico, siendo justamente la plaza de San Francisco la escogida como mejor.^[5]​

Otras opciones contempladas por los expertos internacionales participantes del seminario fueron la plazoleta de la Merced, Plaza de la Independencia, bulevar 24 de Mayo a la altura de la calle Benalcázar, bulevar 24 de Mayo a la altura de la calle Venezuela, parque La Alameda, plaza de Santo Domingo, plaza Marín, parque García Moreno, plaza de Santa Clara y plaza del Teatro.^[5]​

El proceso constructivo de la estación inició el 7 de marzo de 2016, con la anastilosis de las piedras que cubrían la plaza de San Francisco, que fueron retiradas y almacenadas por el Instituto Metropolitano de Patrimonio para su posterior reubicación,^[6]​ las mismas que fueron colocadas originalmente en el año 1948.^[7]​

Después de la remoción de piedras se procedió a la intervención de rescate arqueológico en el área,^[8]​ esto pese a que un estudio previo arrojó datos de que no existían vestigios importantes en la plaza.^[9]​ La empresa a cargo de todo el proceso fue, como se estipuló en el contrato de la segunda fase de la primera línea, el consorcio hispanobrasilero Acciona-Odebrecht.^[4]​

El 19 de septiembre de 2016 se viralizó en las redes sociales una denuncia masiva por una serie de fotografías tomadas clandestinamente dentro del área de trabajo un día antes; sobre ello, el Municipio anunció que efectivamente se habían encontrado varias estructuras durante los trabajos y el 20 de septiembre se envió un informe al Instituto Nacional de Patrimonio Cultural para que se siga el respectivo proceso.^[10]​^[11]​

El 30 de septiembre un colectivo presentó una acción de protección para detener los trabajos en la Estación hasta que se realizara el pronunciamiento del INPC; el documento fue dirigido contra el alcalde Mauricio Rodas y el gerente de la Empresa Metro de Quito, Mauricio Anderson, misma que sería rechazada, las obras de construcción de la estación continuaron de acuerdo al cronograma establecido .^[12]​

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  Construcción de la estación San Francisco (2016).
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  Construcción de la estación San Francisco (2016).

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