El salar está ubicado sobre la línea recta que define el límite internacional de norte a sur en la Puna de Atacama.

Luis Risopatrón describe algunos de sus cuerpos de agua de la siguiente manera:^[1]​

Guachalachte (Quebrada de). Es de corta extensión, corre hacia el E; en su parte inferior, a la orilla de su márjen S, a 4272 m de altitud, se erigió una piramide divisoria con la Arjentina, el 24 de diciembre de 1904.^[1]​^: 365

Mucar (Salar de). Es de poca estensión i se encuentra hácia el E del salar de Quisquiro; en su marjén S se erijió una pirámide divisoria con la Arjentina en 1905, a la altitud de 4170 m. (a veces llamada laguna)^[1]​^: 572

La cuenca drena de oeste a este en Chile y forma las lagunas Guachalajte, de Mucar y de Pampa Cien (o Ciénaga) en los bajos que están casi alineadas a la frontera en toda su extensión longitudinal.

En Argentina el patrón de flujos se orienta en su mayoría de norte a sur. El salar tiene la laguna de mayor superficie de la cuenca. También se encuentran otras lagunas menores al sureste del salar de Jama, alimentadas por afluentes que provienen principalmente del lado argentino. El límite sur de la cuenca en el lado argentino, que cierra los escurrimientos en este país en la forma de punto de salida de la cuenca trazada, es la Laguna Ana.^[2]​^: 8

• Anexo:Salares de Chile
• Anexo:Cuencas hidrográficas de Chile
• Paso de Jama

• CIREN (2016). Sistema de Información Territorial de Humedales Altoandinos. Recursos hídricos II Región de Antofagasta.. Santiago de Chile: CIREN.  (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
• Risopatrón, Luis (1924). Diccionario jeográfico de Chile. Imprenta Universitaria.