El salar se encuentra al suroeste de Ollagüe y tiene una superficie de aprox. 108 km² y está a una altitud de 3.690 m.^[1]​ El paisaje del área está dominado por el volcán Ollagüe al este y Aucanquilcha al norte. El ítem 020 del inventario de cuencas de Chile en que está incluida la cuenca hidrográfica del salar, limita con la cuenca del río Loa al oeste y la cuenca del salar de Ascotán al sur,^[1]​ e incluye también a los salares de Ollagüe y Ascotán.

El salar de Carcote era en su día un lago del que quedan pequeñas lagunas repartidas por el salar. Están concentradas principalmente a lo largo de su orilla occidental y comprenden una superficie de entre 3 y 4 km² aproximadamente. El principal de ellos es la laguna Verde.^[1]​

Sus principales características morfométricas y climatológicas son:^[2]​^: II-15

• altura: 3690 m
• superficie de la cuenca: 561 km²
• superficie del salar: 108 km²
• superficie de las lagunas 3 - 4 km²
• precipitaciones: 100 - 150 mm/año
• evaporación potencial: 1630 mm/año
• temperatura media: 5,8 °C

• Niemeyer F., Hans (1980). Hoyas hidrográficas de Chile, Segunda Región. Santiago de Chile: Ministerio de Obras Públicas (Chile), Dirección General de Aguas. Archivado desde el original el 4 de marzo de 2016. Consultado el 23 de mayo de 2019. 
• Alonso; Risacher; Salazar (1999(III)). Geoquímica de aguas en cuencas cerradas: I, II y III regiones-Chile III. Archivado desde el original el 27 de marzo de 2019. Consultado el 30 de octubre de 2019.