Marsala fue fundado en 1912. También es conocido como los lilybetani, en referencia a Lilybaeum, el antiguo nombre de Marsala durante el período del Imperio Romano.

Después de la Primera Guerra Mundial, participó en la Copa Federal Siciliana, disputada entre los principales equipos sicilianos: Marsala, Palermo, Messinese y Catanese. Marsala perdió ampliamente en semifinales ante el eventual ganador, Palermo.

La primera aparición profesional del club fue en 1942, cuando terminó en sexto lugar en el grupo N de la Serie C. Desde entonces, Marsala ha jugado en 28 ocasiones más en la Serie C, quedando cerca del ascenso a la Serie B en 1960 (segundo lugar en el grupo C) y lanzando a varios jugadores jóvenes que posteriormente alcanzaron notoriedad internacional, como Marco Materazzi y Patrice Evra.

El equipo se declaró en bancarrota en 2000 tras una temporada en la Serie C1 que terminó con su descenso. Se fundó un nuevo club, la Associazione Sportiva Marsala 2000, como reubicación del equipo de Eccellenza Don Bosco Partinico. El equipo fue ascendido inmediatamente a Serie D, pero se disolvió en 2004 tras otro descenso, al perder los playoffs contra Ariano Irpino, nuevamente por problemas financieros. Después de la temporada 2006–07, cuatro equipos representaban a la ciudad de Marsala:

• U.S.D. Petrosino Marsala, un equipo de Eccellenza con sede oficial en Petrosino pero que jugaba sus partidos de local en Marsala;

• S.C. Marsala A.S.D., un club local menor anteriormente conocido como Bosco 1970, que fue campeón de Promozione en 2007, ascendiendo así a Eccellenza la temporada siguiente;

• U.S. Kennedy J.F., un club de Prima Categoria proveniente de la frazione de Birgi (donde se encuentra el Aeropuerto de Trapani-Birgi), que logró el ascenso a Promozione en 2007;

• y S.C. Marsala 1912, heredero directo y legal del histórico club local, re-registrado en la Federación Italiana de Fútbol en 2006, que jugó y ganó la Seconda Categoria en 2006–2007.

En junio de 2007, tras no llegar a un acuerdo con el Sport Club Marsala, Marsala 1912 acordó fusionarse con Kennedy Birgi. El nuevo club adoptó el nombre de A.S.D. S.C. Marsala 1912 y participó en la liga regional de Promozione 2007–08.^[1]​^[2]​ En 2008–09, Marsala 1912 consiguió el ascenso a Eccellenza mediante los playoffs, tras vencer al club palermitano Sporting Arenella en la final, por lo que jugó en la sexta categoría italiana la siguiente temporada.^[3]​

En la temporada 2011–12, Marsala fue relegado a Eccellenza. Tras varias temporadas en ligas menores, regresó a la Serie D en 2015 bajo la dirección técnica de Rosario Pergolizzi. Sin embargo, el club volvió a descender a Eccellenza en su primera temporada, regresando nuevamente a Serie D en 2018, donde permaneció dos temporadas antes de un fuerte declive que lo llevó a caer a Eccellenza y luego a Promozione.

En 2024, el club adquirió el título deportivo del equipo de Eccellenza Mazara 46 (anteriormente conocido como Mazarese), asegurando así su lugar en la máxima categoría amateur regional.

Los colores oficiales e históricos del club son el blanco y el azul.

• Perfil (en italiano)