Acorde a medios de prensa, el personaje de Rhaenyra Targaryen está basado en el de Matilde de Inglaterra, quien se disputó el trono de Inglaterra durante la Edad Media en una guerra civil contra Esteban de Blois, llegando a acceder al trono, pero nunca a ser reconocida formalmente como «Reina de Inglaterra».^[1]​

En la obra escrita se menciona que Rhaenyra es la heredera de su padre, el rey Viserys. Rhaenyra es descrita como una mujer de fuerte carácter, orgullosa, ambiciosa, calculadora, petulante e inteligente. Su carácter dependía de sus objetivos; se mostraba encantadora cuando le era necesario, pero también podía ser cruel y vengativa. Asimismo, no olvidaba una ofensa y no gustaba de las discrepancias hacia sus decisiones.

Respecto a su apariencia, Rhaenyra posee en la obra los rasgos típicos valyrios de los Targaryen. Se menciona que le gustaba vestir ricamente, de maneras llamativas e imitando a Visenya Targaryen, la hermana-esposa de Aegon el Conquistador, si bien ella distaba de ser una guerrera. Físicamente, durante su juventud, era afamada en los Siete Reinos por su belleza y lozanía, aunque con el paso del tiempo, y sus múltiples embarazos, ganaría peso y perdería movilidad.

Tal y como se señala en la obra Fuego y sangre, Rhaenyra nace en el año 97 DC, siendo la primogénita y única hija del rey Viserys I Targaryen y de su primera esposa, Aemma Arryn, quien moriría de parto tras dar a luz a un varón que apenas la sobrevivió.

La cuestión de la herencia al Trono de Hierro había sido un tema polémico dentro de la saga desde el reinado de Jaehaerys I el Conciliador, cuando se convocó un consejo en el año 101 para decidir a su sucesor, siendo elegido el propio Viserys. En el año 105, Viserys decidió proclamar a Rhaenyra como su heredera al otorgarle el título de «Princesa de Rocadragón»; por ello, múltiples señores de todos los Siete Reinos acudieron a Desembarco del Rey a jurarle lealtad. Desde entonces, Rhaenyra fue criada para ser su heredera, permaneciendo al lado de su padre cuando realizaba las tareas de gobierno.

Sin embargo, un giro dramático de los acontecimientos se sucede en el año 106, cuando Viserys se casa de nuevo con Alicent Hightower, la hija de su Mano del Rey. El rey y Alicent tendrían varios hijos varones; Aegon en el 107 y Aemond en el 110. Pese a que en la saga el varón posee preeminencia sobre la mujer en cuestiones de herencia, Viserys se negó a alterar sus planes, ratificando a Rhaenyra como su heredera y desautorizando a cualquiera que osase contradecir su decisión.

La postura de Viserys no fue aceptada unánimemente, sino que muchos postulaban que Aegon debería ser el heredero de Viserys, y no Rhaenyra, postura que era defendida por la reina y su Mano del Rey, Otto Hightower, así como por otros influyentes miembros de la corte.

Desde que Viserys ascendió al trono, debido a su condición de sucesora del Trono de Hierro, la cuestión del noviazgo de Rhaenyra era uno de los puntos fundamentales de la corte durante ese tiempo. En la saga se menciona que múltiples señores e hijos de nobles pretendían a la joven princesa, quien no estaba interesada en contraer matrimonio con ninguno pues, a instancias de fuentes dentro de la saga, estaba encaprichada de su tío Daemon Targaryen.

Durante un torneo en el año 104, Rhaenyra se encaprichó de Ser Criston Cole, un caballero que derrotó en liza al propio Daemon. Viserys lo nombró su espada juramentada, convirtiéndose desde entonces en la persona más cercana a ella; poco después, ingresaría en la Guardia Real. A partir de este punto, diversas teorías dentro de la obra se contradicen respecto a qué ocurrió entre ellos ^[a]​

• En una de ellas, Rhaenyra y Ser Criston se convirtieron en amantes. Ser Criston se enamoró de la princesa y la instó a huir juntos a las Ciudades Libres. Rhaenyra se negó, afirmando que no renunciaría al Trono de Hierro y que si él estaba tan dispuesto a romper sus votos, también se olvidaría de los que le haría a Rhaenyra.

• Según otra teoría, Rhaenyra estaba enamorada de Ser Criston y practicó las artes amatorias junto a su tío Daemon. Sin embargo, al declararse a Ser Criston, este la rechazó, lo que le ganó el despecho de Rhaenyra.

Sea cual fuese lo sucedido, Ser Criston pasó de ser la persona más cercana a la princesa a su enemigo declarado, alineándose con Alicent Hightower y el bando de los «Verdes». A su vez, Rhaenyra tomó a una nueva espada juramentada: Ser Harwin Strong, el hijo de la nueva Mano del Rey de Viserys.

Más adelante, el rey decidió pactar el matrimonio de Rhaenyra con Laenor Velaryon, el hijo del más poderoso y rico señor de los Siete Reinos: Corlys Velaryon. Con su nuevo esposo tendría tres hijos: Jacaerys, Lucerys y Joffrey. Sin embargo, Laenor era conocido por ser homosexual y los hijos de Rhaenyra no heredaron los rasgos valyrios, sino que muchos en la obra consideraron que se parecían a Ser Harwin Strong. Estos rumores sobre la bastardía de sus hijos serían esparcidos, sobre todo, por los el bando de los «Verdes». Pese a esto, el rey se negó a creer los rumores sobre su bastardía, confirmándolos en sus títulos y castigando a aquellos que se atreviesen a cuestionar su legitimidad.^[b]​

Pocos años después, Laenor fallecería en un controversial incidente a manos de uno de sus amantes. Rhaenyra no tardó demasiado en tomar como esposo a un viejo anhelo suyo: su tío Daemon. Ambos contrajeron matrimonio sin el beneplácito del rey y tendrían otros dos hijos: Aegon y Viserys.

Para evitar tensiones, el rey procuró criar a sus hijos con Alicent junto con los de Rhaenyra, pero eso no hizo más que alimentar su enemistad. Durante un banquete, Rhaenyra, Alicent y sus respectivos hijos aparecieron con los colores asociados a las otras casas, de manera que cada bando fue asociado con un color; a los partidarios de Rhaenyra se les conoció como los «Negros», mientras que a los de los Hightower como los «Verdes».

El rey fallece en el año 129 DC. Inmediatamente, su Consejo Privado se reúne; el Consejo estaba controlado por los «Verdes», que se conjuran para que sea Aegon, el primogénito de Viserys con la reina, y no Rhaenyra, quien le suceda en el trono. Rhaenyra se encontraba en Rocadragón, a punto de dar a luz, cuando recibe las noticias de la conspiración que se ha puesto en marcha en su contra. Fruto de la noticia, se pone de parto prematuro, dando a luz a una niña llamada Visenya que nace muerta; Rhaenyra jura vengarse de sus enemigos políticos, proclamándose «Reina de los Siete Reinos», con su esposo Daemon como «Lord Protector» y su primogénito Jacaerys como «Príncipe de Rocadragón».

Pese a que la posición de Rhaenyra parecía más débil que la de sus contrapartes los «Verdes», lo cierto es que contaba con dos apoyos determinantes; el de Daemon, considerado el guerrero más experimentado de los reinos, y el de Lord Corlys Velaryon, dueño de la mayor flota de Poniente. Sus primeros movimientos consistirían en ganarse el apoyo de los grandes señores para su causa. Durante uno de estos viajes, su segundo hijo, Lucerys, fallece a manos de Aemond y de su dragón.

Y con su muerte, la guerra de cuervos y mensajeros y pactos de matrimonio se acabó, y la guerra de fuego y sangre comenzó en serio.^[2]​

La princesa y la reina

Rhaenyra observaría también como su primogénito y heredero, Jacaerys, fallecía combatiendo a una flota enemiga, mientras que uno de sus hijos con Daemon, Viserys, era capturado y dado por desaparecido. A su vez, Daemon parte al bastión de Harrenhal, deteriorándose la relación entre ambos. Todos estos sucesos terminarían afectando profundamente a la estabilidad mental de Rhaenyra, quien cada vez se volvería más paranoica y represiva.

En un determinado momento, Rhaenyra y Daemon, montados en sus dragones Syrax y Caraxes, descienden sobre Desembarco del Rey aprovechando que estaba desguarecida. Rhaenyra toma posesión de manera efectiva del Trono de Hierro, si bien, según cronistas dentro de la obra, sangró visiblemente debido a los cortes producidos por el trono, lo que algunos tomaron como señal de que este la había «rechazado». En un principio, el pueblo acogió con entusiasmo la llegada de Rhaenyra, sin embargo, su política represiva y la subida impositiva para sufragar los costes de la guerra, acrecentaron su impopularidad.

Cuando un ejército de los «Verdes» acudía hacia Desembarco del Rey con varios dragones, la población de la capital entró en pánico y se amotinó contra la guardia de la ciudad. Rhaenyra, al ver cómo sus dragones eran atacados por la multitud, y su hijo pequeño Joffrey fallecía tratando de salvar a su dragón, decide regresar a Rocadragón junto a un pequeño grupo de leales, solo para descubrir que la fortaleza se había pasado al bando de su hermanastro Aegon, quien se había refugiado en la isla-fortaleza tras la toma de Rhaenyra de la capital. Aegon tomó como prisionera a Rhaenyra y se la entregó a su dragón Fuegosolar, quien la devoró ante la mirada impotente de su único hijo superviviente: Aegon, conocido como Aegon «el Joven».

Tras la muerte de Rhaenyra, su causa pasó a la de su hijo Aegon, a quienes los «Negros» apoyaron en la lucha contra el rey Aegon II. Eventualmente, el rey fue envenenado en una conjura y Aegon el Joven ascendió al trono como «Aegon III», después de que los Targaryen perdieran a la mayoría de sus dragones y de sus miembros. Por este motivo, el linaje de los Targaryen sobrevivió a través de Rhaenyra, cuyos descendientes ocuparán el trono hasta que la Rebelión de Robert destronó a los Targaryen dentro de la saga.