Margolies es autor de más de 55 libros sobre temas judíos. Poseía una memoria fotográfica y estaba bien versado en todos los aspectos de la Biblia escrita, la Torá oral (Talmud y sus comentarios) y la Cábala (Zohar, etc.). Estableció la biblioteca Rambam.
Escribió sobre una amplia gama de temas; sus obras estaban destinadas tanto a eruditos como a laicos. Todos sus escritos están en hebreo.
Escribió sobre la formación de la Mishná y el Talmud mostrando originalidad en el pensamiento y una amplia gama de conocimientos.
Además, escribió sobre la Cábala. Dichos trabajos incluyen "El Rambam y el Zohar" que demuestran las correlaciones entre MaimonidesMishneh Tora y el Zohar; Nitzotzei Zohar demostrando correlaciones entre las obras Tanaim y Amoraim (como el Talmud y Medrashim) y el Zohar.
También estuvo involucrado en una controversia con Gershon Scholem sobre la controversia entre el rabino Jacob Emden y el rabino Jonathan Eybeshuetz. Margulies produjo un panfleto defendiendo a R. Eybeshuetz y, en respuesta, Scholem produjo su propio desacuerdo con las conclusiones de Marguleis.
Escribió una serie de biografías académicas de importantes personalidades judías como Maharsha, Ohr Ha-Chaim Hakodosh, Noam Elimelech, el rabino Moses ben Nachman (Ramban) y R ' Yechiel de París, incluidas valiosas anotaciones que aclaran ideas en sus obras. Las biografías se centran principalmente en sus métodos de erudición y no en sus personalidades. Impresos por primera vez en Polonia, nunca se reimprimieron.
Escribió varios trabajos sobre el desarrollo de un sistema legal en el Estado judío recién formado (Kavei Ohr, Tal Techiyah).
Según el Dr. Yitzchok Raphael, su escritura tiene un estilo conciso diseñado para concentrar una cantidad máxima de información en un espacio mínimo.
Toldot Adam (Lemberg 1912) sobre R. Shmuel Edels, también conocido por el acrónimo "Maharsha"
Kav Bashamaim (Lemberg 1913), notas sobre los escritos de los tosafistas
Kavei Ohr y Tal Techiya (Lemberg 1921), dos volúmenes sobre la ley judía en la Tierra de Israel y ensayos sobre diversos temas, entre ellos "Medicina y curanderos en el Talmud", "Las leyes de Ger Toshav" y la primera impresión de "Yesod Hamishna Va'arichatah"
Yesod Hamishna Va'arichatah (Lemberg, impreso solo primero en 1923, luego en 1933, con adiciones en Jerusalén 1956) sobre la creación de la Mishná
Sefer Hasidim (Lemberg 1924, Jerusalén 1957, 1960, 1964, 1970) del rabino Yehuda Hachassid, con información biográfica, comentarios y sus propias notas tituladas Mekor Hessed
Tolodot Rabbenu Hayyim ben Atar (Lemberg, 1925), biografía sobre el Ohr ha-Hayyim incluye las notas del rabino Meir Dan Plotzky ( Kli Chemdah )
Ohr Meir (Lemberg 1926, Tel Aviv 1964), biografía de R. Meir de Przemyślany
Margenita d'Reb Meir (Lemberg 1926, Alemania 1948, Tel Aviv 1964), dichos del anterior R. Meir
She'elot Uteshuvot Min Hashamayim (Lemberg 1926, 1929, Jerusalén 1957), la responsa de R 'Yaakov el Tosafist, quien afirmó haber recibido respuestas a preguntas de la ley judía de un ángel, con las extensas notas de R. Margolios, así como una introducción completa que analiza la profecía y su efecto en la ley judía y otros temas relacionados
Yalkut Margoliot (Lemberg 1927), material homilético para sábados y días festivos, y varias épocas del año
Imrei Kadosh Hashalem (Lemberg 1928)
Vikuach Rabbenu Yehiel miParis (Lemberg, 1928), la disputa del rabino Yehiel de París en 1240, con biografía de R. Yehiel
Mekor Jesed (Lemberg 1928)
Lecheker Shemot Vekinuyim Batalmud (Lemberg 1928, Jerusalén 1960), sobre nombres y apodos en el Talmud
Hilula D'Tzidkaya (Lemberg 1929, Tel Aviv 1930, 1961), una colección de diferentes puntos de vista y costumbres de grandes estudiosos de la Torá
Vikuach HaRamban (Bilgoraj 1928), la disputa de Nachmanides contra Pablo Christiani en 1263, con sus notas
Butzina D'Nehora Hashalem (Bilgoraj 1930)
Guevurat Arí (Lemberg 1930)
Toldot Rabbenu Avrohom Maimoni (Lemberg 1930), biografía del hijo de Maimónides, el rabino Abraham ben HaRambam, incluida su responsa traducida del árabe original
Mekor Baruch (Lemberg 1931)
Shem Olam (Lemberg 1931, 1962), un intento de descubrir las autoridades detrás de la frase talmúdica "Uno dijo... y otro dijo..." en Midrash, Talmud de Babilonia y Talmud de Jerusalén
Nefesh Haya (Lemberg 1932, Tel Aviv 1954), notas sobre Shulchan Orakh Orakh Haim
Hagadah shel Pesach (Tel Aviv 1937, 1950), con comentario
Sichot Chachamim (Tel Aviv 1938), una colección de dichos y citas de varios sabios rabínicos
Ner LaMaor (Bilgoraj 1932, Jerusalén 1959), notas y enmiendas al libro Ohr HaHaim del rabino Haim ben Atar
Mekor Habracha (Lember 1934), sobre la aclaración del concepto de hacer una bendición para un mandamiento de la Torá "al asiyatan", así como la formulación de las bendiciones
Zohar (Jerusalén 1940–1946, 1960) con sus extensas notas (múltiples ediciones)
Sibat Hitnagduto (Tel Aviv 1941), discutiendo el R. Emden/R. Controversia de Eybeschitz
Mal'ache Elyon (Jerusalén 1945, 1964) sobre los ángeles en el pensamiento de Hazal
Olelot (Jerusalén 1947), ensayos sobre diversos temas
Tekunei Zohar (Tel Aviv 1948), una obra cabalística atribuida al rabino Shimon Bar Yohai, con extensas notas del rabino Margolies
Sefer HaBahir (Jerusalén 1951), una obra cabalística atribuida al rabino Nehunye Ben HaKaneh con extensas notas del rabino Margolies
Zohar Hadash (Jerusalén 1953), una colección de declaraciones del Zohar, ordenadas según la porción semanal. Incluye una discusión de la tradición del Zohar, así como comparaciones de dichos del Talmud y Midrash, con el Zohar.
Milchamot Hashem (Jerusalén 1953), el famoso libro del rabino Abraham ben HaRambam sobre la controversia en torno a su padre, Maimónides. Esta versión está basada en el manuscrito del Vaticano. La introducción es una biografía del rabino Abraham ben HaRambam por el rabino Morgolies
Mefarshei HaTalmud (Jerusalén 1954-1961), un comentario sobre algunas partes del Talmud
Shaarei Zohar (Jerusalén 1957) notas sobre el Talmud que dirigen a uno a los pasajes relevantes en Zohar.
Margalios HaYam (Jerusalén 1958), un comentario sobre el Sanedrín
D'varim B'Itam (Tel Aviv 1959), material homilético para sábados y días festivos y varias épocas del año
HaMikra Vehamesora (Jerusalén 1964, 1965), varios artículos relacionados con cuestiones de la cadena de tradición en el judaísmo, así como otros temas diversos
Mechkarim Bedarkei Hatalmud Vechidotav (Jerusalén 1967), ensayos variados sobre el Talmud
Peninim U'Margoliyot Una colección de ensayos publicada póstumamente.
También hay un volumen conmemorativo editado por el Dr. Yitchak Raphael y publicado por Mossad R' Kook, que describe estos y más libros con más detalle.