En 1947, durante una sesión de la Asamblea General de las Naciones Unidas, la Resolución 181 de la Asamblea General recomendó la partición del Mandato Británico Palestina en un estado judío y un estado árabe. Colombia se abstuvo.^[1]​

A mediados de la década de 1950 ambos países establecieron oficialmente relaciones diplomáticas y establecieron embajadas en Bogotá y Tel Aviv, respectivamente.^[2]​ Las relaciones mejoraron enormemente en 1988 cuando se firmaron importantes acuerdos comerciales entre Israel y Colombia. Se firmó un Tratado de Libre Comercio el 10 de junio de 2013. Sin embargo, Colombia aún no lo ha ratificado y, por lo tanto, aún no está en vigor.^[3]​ Este acuerdo reduce los aranceles a los productos industriales y agrícolas entre los dos países, y permite a las empresas e individuos israelíes invertir con mayor facilidad en la economía colombiana, considerada una de las más fuertes de Sudamérica. Las exportaciones israelíes a Colombia totalizaron cerca de $ 143 millones de dólares en 2012, y consistían principalmente de equipos de comunicaciones, maquinaria, dispositivos eléctricos y mecánicos y productos químicos.^[4]​

Colombia también apoya la aspiración del pueblo palestino a establecerse como un Estado libre e independiente en la región.^{[cita requerida]} Además, Colombia es el principal socio diplomático de Israel en la región y es el segundo mayor socio comercial en Sudamérica después de Brasil. Las relaciones bilaterales se han profundizado a través de visitas de alto nivel en la historia reciente.^[5]​

El 1.º de mayo de 2024, el presidente colombiano Gustavo Petro anunció que romperá relaciones diplomáticas con Israel sobre la Guerra Israel-Gaza.^[6]​

Colombia ha comprado aviones, aviones no tripulados, armas y sistemas de inteligencia de Israel.^[7]​ Los vínculos profundos de Colombia con Israel son vistos por algunos como un método para contrarrestar la creciente influencia de Irán^[8]​ En el año 2023, seguido del agravamiento en el conflicto Palestina-Israel, Israel anunció la suspensión parcial de exportaciones militares a Colombia debido a la posición del presidente de Colombia, Gustavo Petro, en el conflicto. El presidente colombiano dio a conocer su postura en el conflicto clasificando las acciones del ejército israelí como masacres. A su vez, el mandatario colombiano recordó por medio de su cuenta de X (antes Twitter) los nexos de personajes israelíes (mayormente exmilitares) con la extrema derecha colombiana, asegurando que en algún futuro el pueblo de Israel y sus mandatarios se disculparán con el pueblo colombiano por la participación en el conflicto interno armado colombiano. Israel llevó a cabo la suspensión de exportaciones militares por parte de Israel a Colombia.

En mayo de 2024 a través de un comunicado Colombia rompió relaciones con Israel: "Lamentablemente, ni los llamados de Colombia ni de la comunidad internacional han sido escuchados y por el contrario, lo único que ha recibido el país y el presidente Gustavo Petro han sido insultos, acusaciones tergiversadas de antisemitismo y actos inamistosos por parte del gobierno de Israel y sus representantes.

Colombia no puede ser cómplice ni guardar silencio manteniendo relaciones diplomáticas con un gobierno que se comporta de esa manera y enfrenta tan graves acusaciones de la comisión de un genocidio, crímenes de guerra y violaciones al Derecho internacional Humanitario". Tras la imputación del premier israelí Netanyahu como criminal de guerra por la Corte Penal de La Haya^[9]​

• Reconocimiento internacional de Israel

• jewishvirtuallibrary.org The Virtual Jewish History Tour Colombia By Sarah Szymkowicz