A pesar de que existe un vínculo histórico entre estos dos países, al ser ambos territorios que formaron parte del Imperio español, no hubo mayores contactos entre el Reino de Chile y las colonias que conformaron la Guinea española (Elobey, Annobón y Corisco, Fernando Poo y Río Muni). Las relaciones diplomáticas entre ambos países comenzaron el 9 de noviembre de 1971 con la firma en Nueva York de un acuerdo entre los representantes de ambos países en las Naciones Unidas,^[1]​ aunque recién en 1985 quedó conformada la concurrencia desde Gabón. Tras el cierre de esta misión y de la existente en el entonces Zaire, Chile quedó sin concurrencia en Guinea Ecuatorial, correspondiendo a la misión ante la Organización de las Naciones Unidas la administración de los asuntos bilaterales.^[2]​ En 1982, ambos países suscribieron dos convenios básicos de cooperación, uno en materia científica y técnica, y otro en el ámbito cultural.^[3]​

Miembros de la administración de Guinea Ecuatorial han realizado pasantías en el Ministerio de Desarrollo Social de Chile, como parte de una colaboración bilateral con Chile, y con la asistencia técnica del Banco Mundial. El objeto de estas pasantías es conocer y extraer experiencias del sistema de inversiones en Chile.^[4]​

En materia económica, el intercambio comercial entre ambos países ascendió a los 17 millones de dólares estadounidenses en 2016, lo que significó un aumento del 71% en los últimos cinco años. Los principales productos exportados por Chile a Guinea Ecuatorial fueron barcos, vinos y pavo congelado, mientras que Guinea Ecuatorial exporta exclusivamente gas natural licuado al país sudamericano.^[5]​

•   La embajada de Chile ante las Naciones Unidas concurre con representación diplomática ante Guinea Ecuatorial.
•   La embajada de Guinea Ecuatorial en Brasil concurre con representación diplomática ante Chile.