Fue fundada en el año 1994, y hasta el año 2000 era el tercer nivel del fútbol alemán integrada por los estados que conformaban la desaparecida República Democrática Alemana y de Berlín Oeste y estaba por debajo de la 2. Bundesliga y por encima de las Oberligas Nord, Süd y Mitte, y estaba compuesta por 18 equipos: 2 descendidos de la 2. Bundesliga, 6 de cada Oberliga y 4 de la Región Sur.

Estos fueron los equipos que conformaron la primera Regionalliga Nordost en 1994:

De la 2. Bundesliga:

• FC Carl Zeiss Jena (Süd)
• Tennis Borussia Berlin (Mitte)

De la NOFV-Oberliga Nord:

• BSV Brandenburg
• FC Stahl Eisenhüttenstadt
• Reinickendorfer Füchse
• FC Berlin
• Spandauer SV
• FSV Optik Rathenow

De la NOFV-Oberliga Mitte:

• 1. FC Union Berlin
• Energie Cottbus
• Türkiyemspor Berlin
• Lok Altmark Stendal
• Hertha BSC II
• Hertha Zehlendorf

De la NOFV-Oberliga Süd:

• Rot-Weiß Erfurt
• Erzgebirge Aue
• FC Sachsen Leipzig
• Bischofswerdaer FV 08

La liga siempre estuvo compuesta por 18 equipos entre 1994 y 2000. El campeón de la Regionalliga Nordost no siempre lograba el ascenso a la 2. Bundesliga, ya que debía jugar una serie de eliminatorias ante el ganador de la Regionalliga Nord, donde el ganador lograba el ascenso, mientras que el perdedor debía jugar un play-off ante los subcampeones de las Regionalligas Süd y West/Südwest para lograr el otro cupo de ascenso.

En 1997, el Energie Cottbus se convirtió en el primer equipo de la Regionalliga Nordost en acceder a la final de la Copa de Alemania, la cual perdieron 0-2 ente el VfB Stuttgart.

La liga solo existió 6 años. En el 2000 las Regionalligas fueron reducidas de 4 a 2, permaneciendo las Regionalligas Nord y Süd.

Con los cambios del sistema del fútbol alemán en el año 2008, las Regionalligas aumentaron a 3 con la creación de la Regionalliga West como una reforma a la Regionalliga West/Südwest, pero la Regionalliga Nordost no la reconstruyeron, ya que sus clubes continuaron formando parte de la Regionalliga Nord y se ganaban la promoción a la 3. Liga, el nuevo tercer nivel creado en ese mismo año.

Cuando la liga fue interrumpida en el año 2000, los 7 mejores equipos de la liga pasaron a formar parte de las Regionalligas restantes, 5 en el norte y 2 en el sur, esos 2 equipos del estado federado de Turingia, mientras que los otros 11 descendieron a la Oberliga.

En octubre de 2010 se realizó una nueva reforma a la Regionalliga, ya que se expandieron a 5, la Regionalliga Nordost fue restablecida y nació la Regionalliga Bayern, las Regionalligas West y Süd formaron la nueva Regionalliga Südwest sin incluir a los equipos de Baviera, y el nuevo sistema comenzaría a funcionar a partir de la temporada 2012/13, con los equipos reservas limitados a 7.^[1]​

Los 5 campeones de cada Regionalliga y el subcampeón de la Regionalliga Südwest jugarían un play-off para determinar a los 3 equipos ascendidos a la 3. Liga en series de ida y vuelta. Cada Regionalliga sería administrada por las asociaciones regionales correspondientes y los equipos reserva solo pueden ser un máximo de 7 en cada Regionalliga, pero las reglas pueden cambiar por ciertas circunstancias, ya que no puede haber un equipo reserva de un equipo de la 3. Liga.^[2]​

La reorganización de la Regionalliga se vio necesaria debido a que presentaba un gran número de insolvencias, causadas principalmente por las exigencias de la Liga en cuanto a infraestructura, las cuales eran muy costosas.^[2]​

Fuente:«Regionalliga Nordost». Das deutsche Fussball-Archiv. Consultado el 19 de marzo de 2008. 

• Ascendidos en Negrita.

Se toman en cuenta desde la Temporada 2012/13:

Fuente:«Regionalliga Nordost». Das deutsche Fussball-Archiv. Consultado el 8 de diciembre de 2007. 

Leyenda

• Archivo del Fútbol Alemán (en alemán)
• Fussballdaten.de (en alemán)