Tras la campaña, Emanuel se desempeñó como asesor principal de Clinton en la Casa Blanca de 1993 a 1998. En la Casa Blanca, Emanuel fue inicialmente asistente del presidente para asuntos políticos,[35] y luego asesor principal del presidente para política y estrategia. Fue un estratega destacado en los esfuerzos de la Casa Blanca para implementar el TLCAN, entre otras iniciativas de Clinton.

Emanuel es conocido por su estilo implacable, que le ha valido el apodo de "Rahmbo". Emanuel envió un pez muerto en una caja a un encuestador que se retrasó en la entrega de los resultados de las encuestas. La noche después de las elecciones de 1992, furioso con los demócratas y republicanos que los "traicionaron" en las elecciones de 1992, Emanuel se levantó en una cena de celebración con colegas de la campaña, clavó un cuchillo de carne en la mesa y empezó a recitar nombres mientras gritaba "¡Muerto! ¡Muerto! ¡Muerto!". Antes de que Tony Blair diera un discurso a favor de Clinton durante la crisis del impeachment, se dice que Emanuel le gritó a Blair "¡No lo arruines!" mientras Clinton estaba presente. Blair y Clinton estallaron en carcajadas. Sin embargo, para 2007, amigos de Emanuel decían que se había "suavizado". Historias sobre su estilo personal han entrado en la cultura popular, inspirando artículos y sitios web que narran estas y otras citas e incidentes. Se decía que el personaje Josh Lyman en The West Wing estaba basado en Emanuel, aunque el productor ejecutivo Lawrence O'Donnell lo negó.^[7]​

Emanuel y su esposa, Amy Merritt Rule, tienen un hijo y dos hijas. En 2011, su familia vivía en el barrio de Ravenswood, al norte de Chicago.^[8]​ Rule se convirtió al judaísmo poco antes de su boda.^[9]​ Emanuel es amigo cercano de su compatriota de Chicago, David Axelrod, estratega principal de la campaña presidencial de Obama de 2008 y 2012, y Axelrod firmó la ketubá, el contrato matrimonial judío, en la boda de Emanuel. Los Emanuel son miembros de la sinagoga de Chicago Anshe Sholom B'nai Israel. El rabino Asher Lopatin, de la congregación, describió a la familia de Emanuel como «una familia judía muy comprometida», y añadió que «Amy fue una de las maestras de una clase para niños durante las Altas Fiestas hace dos años». Emanuel ha dicho sobre su judaísmo: «Estoy orgulloso de mi herencia y valoro mucho los valores que me ha enseñado». Sus hijos asistieron a las escuelas privadas de laboratorio de la Universidad de Chicago, en el barrio de Hyde Park, al sur de Chicago.^[10]​

Cada año, durante las vacaciones de invierno, Emanuel realiza un viaje familiar para que sus hijos conozcan otras culturas y partes del mundo. Anteriormente, ha viajado a Vietnam, India, Kenia, Zambia y Sudamérica. En 2015, programó su viaje de vacaciones a la isla de Cuba.^[11]​ Emanuel es fan de JoJo desde hace mucho tiempo y asistió a su concierto en Chicago en noviembre de 2016. Entrena y participa en triatlones. En 2011, quedó en noveno lugar entre 80 competidores de su categoría. Apasionado del ciclismo, monta una bicicleta de carretera Parlee de última generación, hecha a medida.^[12]​

• Breve biografía Biblioteca del Congreso (en inglés)