Nació en la ciudad vizcaína de Bilbao el 19 de noviembre de 1611, hijo de Martín Rafael de Micoleta y María Ochoa de Lamudio.^[1]​ Escribió Modo Breve de aprender la lengua Vizcayna (1653) que no fue publicado hasta 1881. Fue uno de los primeros intentos de trabajar la gramática vascongada y está escrita en el habla de Bilbao. Es una obra de gran interés para el estudio del euskera de la época.

• Villavaso, Camilo de (abril-junio de 1882). «Curiosidades bascongadas. El doctor Rafael Micoleta». Euskal-Erria: revista bascongada (San Sebastián) 6: 178-179.