Inició sus transmisiones como Radio Universo el 1 de mayo de 1985, sucediendo a Radio La Naranja. Está dirigida al adulto-joven entre 25 y 45 años; es una de las estaciones con mayor sintonía en este segmento.

El 2 de octubre de 1995, Radio Universo estrenó el programa La Hora del Taco, conducido desde esa fecha hasta el 21 de diciembre de 2010 por el locutor y exanimador de televisión Cristián Velasco Vignola (actualmente en El Conquistador FM).^[2]​^[3]​ En marzo de 2011, Cristián Velasco fue reemplazado por los periodistas Felipe Bianchi (hasta junio de 2015) y Sebastián Esnaola.^[4]​

En diciembre de 2005 Universo fue adquirida por la Compañía Chilena de Comunicaciones, convirtiéndose así en hermana de Radio Cooperativa. Desde su compra, la línea musical y programática tuvo varios cambios dejando a la emisora con una parrilla musical muy reducida y menos variada en comparación a la cantidad de canciones que se tocaban hasta aquella fecha, aunque igualmente centrada en los clásicos del pop y el rock de la década de los 80, con matices respecto a las canciones que se tocaban antiguamente, en las que predominaban éxitos de los años 1970.^[5]​

El 17 de julio de 2006 ocurrió una completa reestructuración en cuanto a programas y conductores. También se eliminó el clásico eslogan de la estación, Classic Pop Music, substituyéndose por Tu espacio y luego el actual Clásicos del Pop y el Rock.

En marzo de 2008 se integran a la radio, Felipe Bianchi, Sebastián Esnaola y Pablo Mackenna para conducir Vueltas por el Universo. Desde marzo de 2011, Bianchi y Esnaola asumen el histórico programa La Hora del Taco, tras la desvinculación de su primer conductor Cristián Velasco.

En enero de 2011 se incorporaron a la radio: Matilda Svensson, Álvaro Escobar, Julián Elfenbein, Marcelo Gopar, Eugenio Figueroa, Loreto Aravena, Ignacio Lira y Raúl Gutiérrez.^[6]​

En diciembre de 2013, el equipo de La hora del taco, encabezado por Felipe Bianchi, Sebastián Esnaola y Ignacio Lira obtuvieron el Copihue de Oro al mejor programa radial del año por votación popular, realizada por el diario La Cuarta.^[7]​

El 6 de mayo de 2015, se oficializa la salida de Matilda Svensson de la radio.^[8]​ El 31 de diciembre de 2015, se emiten por última vez los programas: El pulso, El nuevo taco y Big Bang con Mauricio Jürgensen.^[9]​

El 23 de mayo de 2016, se oficializa la salida de Felipe Bianchi de la radio, él estuvo casi un año alejado de la radio por sus estudios en Estados Unidos.^[10]​ El 29 de diciembre de 2016, se emite por última vez los programas La hora del taco en sus ediciones AM y PM y Reina de Copas.^[11]​

En septiembre de 2016 se especulaba que esta radio fue adquirida por más de US$6 millones de dólares,^[12]​ por parte de Medios Regionales, empresa la cual pertenece a El Mercurio,^[13]​^[14]​ en septiembre es aprobado, por parte de la FNE, la transferencia de Finis Terrae Sociedad Radiodifusora S.A. (sociedad legal de Radio Universo) a Medios Regionales, a finales de 2016 se concretó el traspaso de la sociedad.^[15]​

En marzo de 2017 ha vuelto a transmitir el programa La Hora del Taco, únicamente en horario de la tarde y bajo la conducción de Julián Elfenbein y Natalia del Campo. Además se estrenó el programa Vuelta por el Universo, de corte musical y conducido por el actor Álvaro Espinoza. Además se estrenan los programas de corte informativo Universo al día, conducido por Fernanda Hansen y Patricio Cuevas, y Hora Universo conducido por las periodistas Fernanda Hansen y María Octavia Rivas. Ambos programas se emitían en el horario matinal.^[16]​

A inicios de 2018 salen de la emisora Álvaro Espinoza y Julián Elfenbein, y la programación se reestructura nuevamente, creándose los espacios Informe Universo, Mañana Universo e Informe PM en la mañana y mediodía, y manteniéndose los programas Universo al Día, Hora Universo, Vuelta por el Universo y La Hora del Taco. En el horario PM se crean los programas Tarde Universo y Regreso al Universo. Algunos programas de esta radio son transmitidos por la red de su hermana Digital FM.

El 6 de abril de 2018, Radio Universo regresa tras 10 años de ausencia, al dial de La Serena y Coquimbo por el 92.9 MHz, en reemplazo de su hermana Positiva FM.

El 11 de enero de 2019, Radio Universo despidió a casi todo su equipo de profesionales, encabezados por Fernanda Hansen, Patricio Cuevas y Claudio Salinas, quedando solamente algunos periodistas (Natalia del Campo, María Octavia Rivas) y radiocontroladores.^[17]​

En marzo de 2019, se integra a Radio Universo Marlén Eguiguren, periodista del holding de El Mercurio y de Medios Regionales.

En enero de 2020, se integran a Radio Universo los periodistas Ignacio Franzani y Vicente García-Huidobro.

El 13 de noviembre de 2021, se integra a Radio Universo el periodista y conductor de televisión Iván Núñez.

El 1 de marzo de 2022, la periodista Natalia del Campo abandona Radio Universo para migrar a Radio Imagina. El 7 de marzo de 2022, Katherine Salosny se integra a Radio Universo al programa La Hora del Taco junto a Ignacio Franzani.

El 30 de septiembre de 2022, Ignacio Franzani abandona Radio Universo migrando a 13c Radio.

El 3 de enero de 2023, la actriz Blanca Lewin se integra a Radio Universo, al programa Mañana Universo.

Bajo el alero de la Compañía Chilena de Comunicaciones, la línea musical de Universo estaba comprendida netamente por clásicos Pop/Rock de los '80s y '90s, predominantemente anglo y una parte de la programación destinada al rock latino de los años '80. Además, debido a la ley del 20 % de música chilena en las radios, Universo transmite un 21,6% de pop y rock nacional principalmente de los años '80, '90 y 2000. También incluye éxitos de la Nueva ola, además de pop y rock lanzado en los últimos tres años, apegándose a ley.^[1]​

Durante la administración de Medios Regionales, la línea musical continuó ampliándose a éxitos anglos de la década de 1990, 2000 y 2010 en menor proporción.

• Queen + Paul Rodgers (Chile, 2008)^[18]​
• Elton John (Chile, 2009)^[19]​

• 1985-1995: Universo FM, la frecuencia en que hacemos contacto.
• 1985-1995: Universo Musical...
• 1995-2006: Universo, Classic-Pop-Music.
• 1995-2006: Universo, es más.
• 1995-2006: Universo, 24 horas de clásicos.
• 2002-2005: Universo FM, la radio de los súper clásicos.
• 2006-2016: Universo, tu espacio.
• 2008-2010: Más 80 que en los 80's, Universo, tu espacio.
• 2010-2018 y 2024-actual: Universo, Clásicos del Pop y el Rock.
• 2018-2019: Universo, lo que quieres escuchar.
• 2019-2021: Un nuevo universo.
• 2021-2024: No estamos solos.

• En 1995, Radio Universo abandona la frecuencia 93.1 MHz de Concepción, siendo reemplazada por Rock & Pop, sin relación con Medios Regionales.
• En 2005, Radio Universo abandona la frecuencia 106.9 MHz de Antofagasta, siendo reemplazada por FM Plus (trasladada actualmente al 106.7 por ley de radios comunitarias), sin relación con Medios Regionales.
• El 6 de marzo de 2008, Radio Universo abandona las frecuencias 106.3 MHz de Copiapó, 95.1 MHz de La Serena/Coquimbo, 99.7 MHz de Ovalle, 98.5 MHz de Temuco, 94.1 MHz de Puerto Montt, 99.9 MHz de Coyhaique y 100.9 MHz de Punta Arenas, siendo vendidas y reemplazada en estas 7 ciudades por La Mega Radio, Guayacan FM, Caramelo FM, Positiva FM, Vértice Radio, FM Virtual y Radio Patagonia Austral Plus respectivamente.
• En agosto de 2013, Radio Universo abandona la frecuencia 104.3 MHz de Villarrica/Pucón, siendo vendida y reemplazada por Radio Universal.
• En junio de 2016, Radio Universo abandona la frecuencia 100.3 MHz de Copiapó, siendo vendida y reemplazada por Radio Nuevo Tiempo, emisora de corte religioso de la Iglesia Adventista del Séptimo Día.
• El 27 de diciembre de 2017, Radio Universo abandona la frecuencia 96.7 MHz de Viña del Mar y Valparaíso, siendo vendida y reemplazada por Pauta FM.

• 107.3 MHz (Iquique); disponible sólo para radios comunitarias.
• 106.9 MHz (Antofagasta); hoy FM Plus en el 106.7, sin relación con Medios Regionales, trasladada por ley de radios comunitarias.
• 106.3 MHz (Copiapó); hoy Radio Corporación y 100.3 MHz; hoy Radio Nuevo Tiempo^[20]​ sin relación con Medios Regionales.
• 95.1 MHz (La Serena/Coquimbo); hoy Guayacán FM, sin relación con Medios Regionales.
• 99.7 MHz (Ovalle); hoy Caramelo FM, sin relación con Medios Regionales.
• 96.7 MHz (Gran Valparaíso); hoy Pauta FM, sin relación con Medios Regionales.
• 93.1 MHz (Concepción) desde 1995, Rock & Pop, sin relación con Medios Regionales
• 98.5 MHz (Temuco); hoy Positiva FM.
• 104.3 MHz (Villarrica/Pucón); hoy Radio Universal, sin relación con Medios Regionales.
• 94.1 MHz (Puerto Montt); hoy Patagonia Radio, sin relación con Medios Regionales.
• 99.9 MHz (Coyhaique); hoy FM Virtual, sin relación con Medios Regionales.
• 100.9 MHz (Punta Arenas); hoy Meridional Radio, sin relación con Medios Regionales.

• Sitio web oficial de Radio Universo
• Cuñas, frases y continuidades Radio Universo 1990-2007